55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1704 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1704  hypothetical protein  100 
 
 
361 aa  741    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.271153  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2084  hypothetical protein  54.75 
 
 
357 aa  356  2.9999999999999997e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3090  hypothetical protein  53.97 
 
 
367 aa  342  4e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.472406 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1992  hypothetical protein  54.43 
 
 
393 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0702  hypothetical protein  54.11 
 
 
367 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3459  hypothetical protein  44.02 
 
 
364 aa  298  8e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2320  hypothetical protein  46.2 
 
 
383 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.246253 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0894  hypothetical protein  35.79 
 
 
345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0887704  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1208  Protein of unknown function DUF2235  35.74 
 
 
396 aa  162  1e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1365  Protein of unknown function DUF2235  34.97 
 
 
341 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.149808  normal  0.119646 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3711  hypothetical protein  34.57 
 
 
345 aa  153  5e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2948  hypothetical protein  33.83 
 
 
345 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0847  hypothetical protein  34.2 
 
 
345 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3175  hypothetical protein  34.2 
 
 
345 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3273  hypothetical protein  33.46 
 
 
345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1016  hypothetical protein  33.83 
 
 
344 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1004  hypothetical protein  33.46 
 
 
344 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1357  hypothetical protein  36.32 
 
 
349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.518592  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3359  hypothetical protein  33.46 
 
 
344 aa  146  6e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1654  hypothetical protein  35.77 
 
 
349 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0982  hypothetical protein  33.46 
 
 
344 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0553  hypothetical protein  32.44 
 
 
523 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.576668  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07939  conserved hypothetical protein  37.1 
 
 
411 aa  133  6e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3675  hypothetical protein  33.82 
 
 
337 aa  132  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631226 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2435  hypothetical protein  33.82 
 
 
337 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1595  hypothetical protein  31.09 
 
 
371 aa  129  7.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0220779 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1132  hypothetical protein  35.42 
 
 
347 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3072  hypothetical protein  31.62 
 
 
595 aa  122  8e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0870  hypothetical protein  33.33 
 
 
514 aa  122  9e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0826211  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0955  hypothetical protein  34.02 
 
 
530 aa  121  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4814  hypothetical protein  32.32 
 
 
416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.856348  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3233  hypothetical protein  30.11 
 
 
407 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.394866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37820  hypothetical protein  30.03 
 
 
407 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268347  normal  0.0937384 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1746  hypothetical protein  29.78 
 
 
721 aa  110  5e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2233  hypothetical protein  32.14 
 
 
566 aa  108  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0531954  hitchhiker  0.00189611 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1831  hypothetical protein  27.56 
 
 
432 aa  106  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5354  hypothetical protein  26.74 
 
 
831 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00826917 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4488  hypothetical protein  29.55 
 
 
424 aa  97.4  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466121  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5666  hypothetical protein  26.85 
 
 
406 aa  96.7  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3124  hypothetical protein  28.44 
 
 
428 aa  95.9  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.850184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7549  hypothetical protein  26.89 
 
 
420 aa  89.7  7e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.826361  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4091  hypothetical protein  25.33 
 
 
498 aa  89.7  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01725  conserved hypothetical protein  26.6 
 
 
456 aa  89.4  8e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1986  hypothetical protein  26.2 
 
 
427 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0071  hypothetical protein  30 
 
 
777 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.303295  normal  0.035165 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0079  hypothetical protein  28.8 
 
 
746 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0941  hypothetical protein  27.86 
 
 
334 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0930  hypothetical protein  27.4 
 
 
336 aa  73.9  0.000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05027  conserved hypothetical protein  26.16 
 
 
632 aa  72.4  0.00000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1542  hypothetical protein  32.14 
 
 
474 aa  70.5  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.93985 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4409  hypothetical protein  29.26 
 
 
503 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8382  hypothetical protein  26.6 
 
 
520 aa  60.5  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5124  hypothetical protein  28.84 
 
 
342 aa  59.7  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1078  hypothetical protein  30.71 
 
 
514 aa  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1227  hypothetical protein  27.8 
 
 
335 aa  45.8  0.001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.104509  normal  0.624953 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>