64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1650 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1650  hypothetical protein  100 
 
 
269 aa  548  1e-155  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0578979  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1604  hypothetical protein  98.88 
 
 
269 aa  544  1e-154  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000491659  normal  0.639423 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0826  hypothetical protein  98.51 
 
 
269 aa  541  1e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000568663  normal  0.254553 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4298  protein of unknown function DUF847  44.76 
 
 
213 aa  180  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3888  protein of unknown function DUF847  53.8 
 
 
212 aa  179  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2014  protein of unknown function DUF847  44.08 
 
 
213 aa  177  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2597  protein of unknown function DUF847  43.13 
 
 
213 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2437  protein of unknown function DUF847  52.83 
 
 
213 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2370  hypothetical protein  36.5 
 
 
252 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.672652  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5744  protein of unknown function DUF847  52.83 
 
 
214 aa  171  7.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0617  protein of unknown function DUF847  52.2 
 
 
214 aa  170  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5041  protein of unknown function DUF847  50.94 
 
 
214 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0856  hypothetical protein  35.36 
 
 
253 aa  160  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0848  hypothetical protein  35.36 
 
 
253 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4087  hypothetical protein  46.99 
 
 
209 aa  149  5e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.114514  normal  0.565066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1652  hypothetical protein  45.81 
 
 
158 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3175  hypothetical protein  49.69 
 
 
290 aa  142  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0236568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6576  protein of unknown function DUF847  49.04 
 
 
191 aa  142  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7310  protein of unknown function DUF847  49.68 
 
 
191 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0984  secretion activator protein, putative  36.36 
 
 
220 aa  137  2e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2985  hypothetical protein  43.21 
 
 
171 aa  132  6.999999999999999e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.704918  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0570  hypothetical protein  43.31 
 
 
205 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3382  protein of unknown function DUF847  41.92 
 
 
304 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4077  hypothetical protein  41.36 
 
 
158 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.302325  normal  0.129343 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3063  protein of unknown function DUF847  38.46 
 
 
260 aa  105  6e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3868  hypothetical protein  34.16 
 
 
575 aa  104  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.845697  normal  0.696464 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3374  hypothetical protein  34.48 
 
 
257 aa  102  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.998278  normal  0.344579 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0491  hypothetical protein  34.78 
 
 
160 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.494407  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4030  protein of unknown function DUF847  32.92 
 
 
160 aa  94.4  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.788419  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6144  hypothetical protein  33.12 
 
 
160 aa  92.4  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.550355 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2285  protein of unknown function DUF847  33.33 
 
 
160 aa  89.7  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.249746  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3784  XRE family transcriptional regulator  35.54 
 
 
176 aa  88.6  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000271514  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0771  hypothetical protein  38.98 
 
 
182 aa  82  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0726932  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0666  hypothetical protein  38.98 
 
 
182 aa  82  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00221115  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4946  hypothetical protein  33.58 
 
 
225 aa  81.6  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0293  secretion activator protein, putative  36.81 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.308779 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1590  hypothetical protein  34.94 
 
 
203 aa  73.2  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0864583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2671  hypothetical protein  30.64 
 
 
196 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7163  hypothetical protein  31.06 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0900  hypothetical protein  34.94 
 
 
203 aa  69.7  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0605553 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2944  hypothetical protein  38.02 
 
 
203 aa  68.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3975  hypothetical protein  38.84 
 
 
203 aa  67.8  0.0000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.620659  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1757  hypothetical protein  40 
 
 
203 aa  66.2  0.0000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.522722 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1125  hypothetical protein  30 
 
 
202 aa  65.1  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0674  hypothetical protein  33.08 
 
 
180 aa  62.4  0.000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0723  protein of unknown function DUF847  25.22 
 
 
227 aa  60.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.711054  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2334  hypothetical protein  34.45 
 
 
203 aa  60.1  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.336603  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2137  hypothetical protein  30.64 
 
 
200 aa  59.3  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.330275  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1717  hypothetical protein  29.85 
 
 
189 aa  58.2  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1584  hypothetical protein  27.88 
 
 
185 aa  58.2  0.0000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.232051  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0018  hypothetical protein  32.58 
 
 
177 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0018  hypothetical protein  32.58 
 
 
177 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.931727  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0017  hypothetical protein  32.58 
 
 
177 aa  57.8  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.413407  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1871  hypothetical protein  29.14 
 
 
185 aa  57  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0018  hypothetical protein  32.58 
 
 
177 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.88968 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0018  hypothetical protein  34.58 
 
 
185 aa  56.6  0.0000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0542374  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1027  hypothetical protein  31.88 
 
 
180 aa  54.3  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0339083 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0276  hypothetical protein  28.34 
 
 
195 aa  53.9  0.000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1963  hypothetical protein  28.32 
 
 
168 aa  53.5  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1323  hypothetical protein  31.06 
 
 
180 aa  49.7  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.337716 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0018  hypothetical protein  29.92 
 
 
173 aa  49.3  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377986  normal  0.533928 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2943  protein of unknown function DUF847  43.18 
 
 
107 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.94317  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0666  hypothetical protein  28.8 
 
 
179 aa  46.6  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1360  hypothetical protein  31.25 
 
 
186 aa  42.4  0.008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00314965  hitchhiker  7.76106e-17 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>