More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1485 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1485  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
273 aa  549  1e-155  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1272  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.96 
 
 
288 aa  90.5  3e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0174113 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3399  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.06 
 
 
287 aa  88.6  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5188  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.11 
 
 
322 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0996963 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1582  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.62 
 
 
303 aa  87  3e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1133  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0507  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.58 
 
 
298 aa  82.4  0.000000000000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.260305  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23780  UDP-glucose 4-epimerase  29.59 
 
 
308 aa  82  0.000000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00097023  normal  0.178512 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.74 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.39 
 
 
290 aa  81.3  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.1 
 
 
281 aa  81.6  0.00000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.36 
 
 
301 aa  81.3  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0159  UDP-galactose 4-epimerase  28.98 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.15603  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.8 
 
 
285 aa  80.5  0.00000000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0560  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.12 
 
 
288 aa  80.1  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1793  UDP-glucose 4-epimerase  28.9 
 
 
330 aa  79.7  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.13 
 
 
293 aa  79.3  0.00000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72000  oxidoreductase Rmd  32.55 
 
 
304 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.19 
 
 
296 aa  77.8  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1081  UDP-glucose 4-epimerase  24.63 
 
 
321 aa  77  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0000142619  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.19 
 
 
281 aa  77  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18870  UDP-galactose 4-epimerase  28.87 
 
 
337 aa  77  0.0000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1727  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.26 
 
 
284 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.681532  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4242  UDP-glucose 4-epimerase  28.06 
 
 
332 aa  76.6  0.0000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3768  UDP-glucose 4-epimerase  28.67 
 
 
329 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0160561 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4320  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.12 
 
 
327 aa  76.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5600  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.74 
 
 
340 aa  75.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0877  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.22 
 
 
303 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.753943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3804  putative UDP-glucose 4-epimerase  31.09 
 
 
303 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0871  UDP-galactose-4-epimerase  27.21 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.38 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5681  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.81 
 
 
303 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.971447 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0926  UDP-galactose-4-epimerase  27.21 
 
 
338 aa  74.7  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0730766 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0756  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
295 aa  74.3  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0903  UDP-galactose-4-epimerase  27.21 
 
 
338 aa  73.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4013  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.51 
 
 
290 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.75839 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0812  UDP-galactose-4-epimerase  27.21 
 
 
338 aa  74.3  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1700  NDP-hexose epimerase/oxydoreductase  33.6 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0751046  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  25.29 
 
 
294 aa  73.9  0.000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.92 
 
 
315 aa  73.6  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.6 
 
 
304 aa  73.9  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.356198  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.8 
 
 
292 aa  73.9  0.000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.13 
 
 
353 aa  73.6  0.000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0840  UDP-galactose-4-epimerase  27.21 
 
 
338 aa  73.6  0.000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3834  UDP-galactose 4-epimerase  28.33 
 
 
342 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1332  GDP-6-deoxy-D-lyxo-4-hexulose reductase, putative  30.8 
 
 
297 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1563  UDP-glucose 4-epimerase  28.06 
 
 
337 aa  73.2  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.81 
 
 
294 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.81 
 
 
294 aa  72.8  0.000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13295  dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase rmlD  39.46 
 
 
304 aa  73.2  0.000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.10261  normal  0.625833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1050  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.26 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.3 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.57 
 
 
333 aa  72.8  0.000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0745  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
308 aa  72.8  0.000000000006  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.409564  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0221  UDP-galactose 4-epimerase  25 
 
 
347 aa  72.8  0.000000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  decreased coverage  0.000600389  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3276  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.77 
 
 
296 aa  72.4  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  28.68 
 
 
337 aa  72.4  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  27.92 
 
 
310 aa  72.4  0.000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1657  UDP-glucose 4-epimerase  28.85 
 
 
322 aa  72  0.000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.408778  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0215  UDP-glucose 4-epimerase  26.69 
 
 
344 aa  72  0.000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.42 
 
 
298 aa  71.6  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.59 
 
 
316 aa  72  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0320  UDP-galactose 4-epimerase  28.15 
 
 
332 aa  71.6  0.00000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
307 aa  72  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1848  UDP-glucose 4-epimerase  26.95 
 
 
337 aa  70.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1101  UDP-glucose 4-epimerase protein  30.61 
 
 
341 aa  70.5  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.139946  normal  0.0944899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0024  UDP-glucose 4-epimerase  29.64 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0524  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.69 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1332  UDP-glucose 4-epimerase  31.09 
 
 
330 aa  70.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2971  UDP-glucose 4-epimerase  28.62 
 
 
336 aa  70.9  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.86287  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0867  UDP-galactose 4-epimerase  34.86 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.640943  normal  0.227397 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3135  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.91 
 
 
282 aa  70.9  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.51 
 
 
296 aa  71.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0163  UDP-galactose 4-epimerase  26.71 
 
 
331 aa  71.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.507846  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 
308 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1250  UDP-galactose-4-epimerase  26.5 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477195  normal  0.398419 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.12 
 
 
310 aa  71.2  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.41 
 
 
305 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2883  UDP-glucose 4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.330981  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0680  UDP-galactose-4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0813  UDP-galactose-4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4249  UDP-galactose 4-epimerase  28.34 
 
 
327 aa  70.1  0.00000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.444052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0782  UDP-galactose-4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2903  UDP-galactose-4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.348521 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.54 
 
 
278 aa  70.5  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0862  UDP-galactose-4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.1  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0889309  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0786  UDP-galactose-4-epimerase  26.15 
 
 
338 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.57 
 
 
293 aa  70.1  0.00000000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  34.23 
 
 
296 aa  70.1  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.92 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.8 
 
 
296 aa  70.1  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.44 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1573  UDP-glucose 4-epimerase  26.57 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.95776  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0208  UDP-glucose 4-epimerase  28.15 
 
 
328 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163102  normal  0.146368 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4918  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.98 
 
 
316 aa  69.3  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.05 
 
 
308 aa  69.3  0.00000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0248885  hitchhiker  0.0015787 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.67 
 
 
292 aa  68.9  0.00000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  0.0000135991  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0419  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.81 
 
 
350 aa  68.9  0.00000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4345  UDP-glucose 4-epimerase  29.22 
 
 
341 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.697217  normal  0.478622 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4235  UDP-glucose 4-epimerase  29.22 
 
 
341 aa  68.9  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>