More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1409 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1409  peptidase RseP  100 
 
 
450 aa  903    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.139701 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1498  putative membrane-associated zinc metalloprotease  58.06 
 
 
445 aa  502  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.21525  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2148  putative membrane-associated zinc metalloprotease  56.44 
 
 
444 aa  497  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1367  putative membrane-associated zinc metalloprotease  56.22 
 
 
444 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0141782 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2710  putative membrane-associated zinc metalloprotease  56.22 
 
 
444 aa  487  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0608503  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2454  peptidase RseP  55.88 
 
 
443 aa  454  1.0000000000000001e-126  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000129388 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3998  putative membrane-associated zinc metalloprotease  48.55 
 
 
441 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.434108 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1387  putative membrane-associated zinc metalloprotease  35.48 
 
 
480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.0100882 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2798  membrane-associated zinc metalloprotease  32.12 
 
 
494 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000647763  normal  0.117018 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3783  zinc metallopeptidase RseP  33.12 
 
 
451 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00251012  hitchhiker  0.00253041 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2590  peptidase RseP  32.34 
 
 
466 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0359861  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1782  membrane-associated zinc metalloprotease  35.78 
 
 
377 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.5938 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3158  zinc metallopeptidase RseP  33.12 
 
 
451 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00293978  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03230  protease  32.55 
 
 
452 aa  211  2e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002753  membrane-associated zinc metalloprotease  33.19 
 
 
452 aa  211  3e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.422522  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0570  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.41 
 
 
451 aa  209  7e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114456  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5322  peptidase RseP  33.62 
 
 
456 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1589  membrane-associated zinc metalloprotease  34.02 
 
 
375 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0263  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0154737  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0261  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.522145 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0245  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.249878 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0248  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  207  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1490  RIP metalloprotease RseP  33.19 
 
 
450 aa  207  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2420  protease EcfE  31.57 
 
 
452 aa  206  6e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0697135  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1153  membrane-associated zinc metalloprotease  32.83 
 
 
450 aa  206  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386407  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0245  zinc metallopeptidase RseP  32.59 
 
 
450 aa  205  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00582579  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0664  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  30.84 
 
 
455 aa  204  2e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.399038  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17140  putative membrane-associated zinc metalloprotease  33.41 
 
 
450 aa  205  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2171  membrane-associated zinc metalloprotease  32.39 
 
 
454 aa  204  3e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661507  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2045  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.84 
 
 
462 aa  203  7e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4075  membrane-associated zinc metalloprotease  32.62 
 
 
450 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.274449 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1073  zinc metallopeptidase RseP  32.44 
 
 
451 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00125076  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2032  membrane-associated zinc metalloprotease  33.33 
 
 
457 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3353  zinc metallopeptidase RseP  33.78 
 
 
451 aa  202  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0274947  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6065  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.33 
 
 
457 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2012  putative membrane-associated zinc metalloprotease  33.33 
 
 
457 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1020  zinc metallopeptidase RseP  32.44 
 
 
451 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073944  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3428  zinc metallopeptidase RseP  32.21 
 
 
451 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000803412  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1914  membrane-associated zinc metalloprotease  32.63 
 
 
462 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1459  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.48 
 
 
455 aa  200  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1598  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  32.39 
 
 
452 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0948  zinc metallopeptidase RseP  33.7 
 
 
451 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000214354  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4179  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.39 
 
 
450 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.374735  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0178  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  197  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1137  putative membrane-associated zinc metalloprotease  34.62 
 
 
374 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.615392  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00174  zinc metallopeptidase  32.37 
 
 
450 aa  196  7e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0881068  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3427  membrane-associated zinc metalloprotease  32.37 
 
 
450 aa  196  7e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000034207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00173  hypothetical protein  32.37 
 
 
450 aa  196  7e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.131717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0186  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  196  7e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000411751  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0187  zinc metallopeptidase RseP  32.37 
 
 
450 aa  196  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000756829  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1953  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.88 
 
 
361 aa  195  1e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.667099  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1447  membrane-associated zinc metalloprotease  30.63 
 
 
469 aa  195  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.843225  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0180  zinc metallopeptidase RseP  32.14 
 
 
450 aa  195  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000271457  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01380  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  30.84 
 
 
450 aa  194  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1490  membrane-associated zinc metalloprotease  33.19 
 
 
453 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3484  zinc metallopeptidase RseP  32.21 
 
 
450 aa  194  2e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00175231  normal  0.0731606 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1844  hypothetical protein  31.61 
 
 
452 aa  194  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000001193  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38920  membrane-associated zinc metallopeptidase MucP  31.99 
 
 
450 aa  194  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.241633  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2969  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.13 
 
 
458 aa  193  6e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.3628  normal  0.340979 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0714  zinc metallopeptidase RseP  32.59 
 
 
450 aa  193  7e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000864253  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1279  putative membrane-associated zinc metalloprotease  29.76 
 
 
448 aa  192  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.196606  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2895  membrane-associated zinc metalloprotease  29.98 
 
 
456 aa  192  9e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000920242  normal  0.27342 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0792  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.19 
 
 
454 aa  192  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.534623  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1488  putative membrane-associated zinc metalloprotease  29.57 
 
 
456 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000665578  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0534  protease EcfE  29.21 
 
 
459 aa  191  2.9999999999999997e-47  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.196657  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1874  peptidase RseP  31.91 
 
 
463 aa  190  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1856  peptidase RseP  32.97 
 
 
454 aa  189  5.999999999999999e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1108  peptidase RseP  30.47 
 
 
450 aa  189  8e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.200515  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0169  zinc metallopeptidase RseP  31.7 
 
 
450 aa  189  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000438283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1749  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  29.49 
 
 
455 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.853109  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2701  peptidase RseP  29.39 
 
 
456 aa  189  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000971838  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3274  membrane-associated zinc metalloprotease  28.75 
 
 
461 aa  188  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000455239  hitchhiker  0.000441416 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2634  peptidase RseP  29.39 
 
 
456 aa  188  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113842  normal  0.0898661 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0296  membrane-associated zinc metalloprotease  33.26 
 
 
381 aa  187  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0791125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3046  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.75 
 
 
450 aa  187  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0892  membrane-associated zinc metalloprotease  28.51 
 
 
439 aa  187  5e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1331  membrane-associated zinc metalloprotease  32.26 
 
 
462 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2808  peptidase RseP  28.33 
 
 
456 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000246609  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2973  zinc metallopeptidase RseP  29.27 
 
 
451 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1166  membrane-associated zinc metalloprotease  32.21 
 
 
454 aa  183  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351032  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1541  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  30.04 
 
 
450 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.521262  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1451  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  31.08 
 
 
452 aa  182  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1636  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  28.27 
 
 
456 aa  182  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2606  membrane-associated zinc metalloprotease  32.63 
 
 
456 aa  182  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1167  membrane-associated zinc metalloprotease  31.08 
 
 
452 aa  182  1e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1256  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32 
 
 
450 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000401781  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2628  putative membrane-associated zinc metalloprotease  29.68 
 
 
453 aa  182  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000538528  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1411  hypothetical protein  32.49 
 
 
462 aa  181  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.73492 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1914  putative membrane-associated Zn-dependent protease  29.54 
 
 
446 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0382298  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1561  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  28.69 
 
 
456 aa  181  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000461405  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1146  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  28.27 
 
 
456 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106908  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2541  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.49 
 
 
449 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2878  putative membrane-associated zinc metalloprotease  27.93 
 
 
456 aa  180  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000126252  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1442  peptidase RseP  33.12 
 
 
463 aa  179  8e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000104376 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1350  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  30.26 
 
 
450 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1523  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  30.19 
 
 
455 aa  179  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24636  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2448  membrane-associated zinc metalloprotease  32.83 
 
 
461 aa  179  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699947  hitchhiker  0.00215564 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01122  membrane-associated Zn-dependent protease  30.47 
 
 
448 aa  178  2e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.496446  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1277  putative membrane-associated zinc metalloprotease  28.75 
 
 
456 aa  178  2e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358202  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0981  peptidase RseP  29.83 
 
 
443 aa  177  3e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.238067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>