More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1355 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_1355  GTP-binding protein, HSR1-related  100 
 
 
423 aa  852    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.427111  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2245  GTP-binding protein, HSR1-related  70.12 
 
 
435 aa  550  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.157865  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2844  putative GTP-binding protein  67.72 
 
 
416 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1566  GTP-binding protein  70.63 
 
 
415 aa  534  1e-150  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517889  normal  0.0486132 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1450  small GTP-binding protein  67.48 
 
 
447 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0438949 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1494  GTP-binding protein, HSR1-related  68.93 
 
 
448 aa  527  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.172375 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4123  small GTP-binding protein  67.61 
 
 
435 aa  511  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.214153  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4392  small GTP-binding protein  57.25 
 
 
457 aa  418  1e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.583201  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2142  GTP-binding protein HFLX  57 
 
 
444 aa  414  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.501341  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1096  GTP-binding protein HSR1-related  53.58 
 
 
465 aa  409  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.774913  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1820  GTP-binding proten HflX  55.33 
 
 
441 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0332414  normal  0.106789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1633  GTP-binding proten HflX  55.33 
 
 
441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.192278  normal  0.293033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2943  GTP-binding proten HflX  56.86 
 
 
471 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0068  GTP-binding proten HflX  54.63 
 
 
474 aa  392  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3052  GTP-binding proten HflX  54.13 
 
 
471 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2825  GTP-binding proten HflX  54.13 
 
 
471 aa  394  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.162481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1494  GTP-binding proten HflX  54.48 
 
 
470 aa  394  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.669095  normal  0.278154 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1450  GTP-binding protein, HSR1-related  53.08 
 
 
442 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.475087  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2595  GTP-binding protein, HSR1-related  53.32 
 
 
434 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0324515 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1842  GTP-binding protein, HSR1-related  54.52 
 
 
444 aa  391  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1612  GTP-binding protein, HSR1-related  55.64 
 
 
460 aa  390  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2868  GTP-binding proten HflX  54.02 
 
 
455 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2877  GTP-binding protein, HSR1-related  53.32 
 
 
457 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4074  putative GTP-binding protein (hflX)  54.27 
 
 
459 aa  382  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.843647 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3123  GTP-binding protein HSR1-related  55.05 
 
 
474 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2583  GTP-binding protein, HSR1-related  52.38 
 
 
461 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0894246  normal  0.17165 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1449  small GTP-binding protein  50.36 
 
 
450 aa  382  1e-105  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.948671  hitchhiker  0.000728125 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2207  GTP-binding protein HSR1-related  55.87 
 
 
472 aa  381  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0625  GTP-binding proten HflX  51.58 
 
 
457 aa  381  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00182649  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5943  GTP-binding proten HflX  55.01 
 
 
474 aa  380  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.163243 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1526  GTP-binding proten HflX  55.53 
 
 
466 aa  380  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.482475 
 
 
-
 
NC_004310  BR1110  GTP-binding protein, putative  54.48 
 
 
472 aa  375  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.259751  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1069  GTP-binding proten HflX  54.48 
 
 
490 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2611  GTP-binding proten HflX  53.61 
 
 
446 aa  377  1e-103  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.182167  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6545  GTP-binding proten HflX  55.38 
 
 
471 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1685  small GTP-binding protein domain-containing protein  53.47 
 
 
418 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0481  GTP-binding proten HflX  53.21 
 
 
436 aa  374  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.738379  decreased coverage  0.000424503 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0536  GTP-binding proten HflX  54.36 
 
 
469 aa  369  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1761  GTP-binding protein, HSR1-related  51.9 
 
 
435 aa  365  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0252  GTP-binding protein, HSR1-related  50.69 
 
 
442 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.240813  normal  0.141615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1932  small GTP-binding protein domain-containing protein  51.8 
 
 
426 aa  363  4e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1271  GTP-binding protein, HSR1-related  48.81 
 
 
432 aa  342  7e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.51955  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0278  GTP-binding protein, HSR1-related  50.14 
 
 
432 aa  309  5e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.134684  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2768  GTP-binding protein, HSR1-related  45.05 
 
 
432 aa  309  5.9999999999999995e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0665  GTP-binding protein, HSR1-related  46.75 
 
 
445 aa  301  1e-80  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0655164  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0898  GTP-binding proten HflX  46.39 
 
 
417 aa  298  9e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105158  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2666  putative GTP-binding protein  47.63 
 
 
441 aa  298  1e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5672  GTP-binding proten HflX  48.07 
 
 
433 aa  296  3e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0574  GTP-binding protein, HSR1-related  46.21 
 
 
421 aa  296  4e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.227405  hitchhiker  0.000000000264606 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65300  putative GTP-binding protein  47.79 
 
 
433 aa  296  6e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2012  GTP-binding proten HflX  44.82 
 
 
440 aa  295  1e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0497  GTP-binding proten HflX  44.9 
 
 
441 aa  294  2e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.135524  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1408  GTP-binding proten HflX  45.74 
 
 
441 aa  293  4e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0010  hypothetical protein  44.83 
 
 
414 aa  290  3e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00154  GTP-binding protein  44.82 
 
 
428 aa  290  3e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0432  putative GTPase HflX  43.28 
 
 
426 aa  290  3e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000150209  unclonable  0.0000000363353 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0355  GTP - binding protein, phage lambda cII repressor  42.86 
 
 
489 aa  290  4e-77  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0396  GTP-binding protein, HSR1-related  42.86 
 
 
489 aa  289  5.0000000000000004e-77  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3820  GTP-binding proten HflX  42.46 
 
 
426 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0373648  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0010  hypothetical protein  44.58 
 
 
414 aa  288  1e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0636  GTP-binding protein, HSR1-related  48.12 
 
 
433 aa  287  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0477069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04040  predicted GTPase  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.188583  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3840  putative GTPase HflX  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.209609  hitchhiker  0.000000230034 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4704  putative GTPase HflX  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4731  putative GTPase HflX  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04002  hypothetical protein  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.170688  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4415  putative GTPase HflX  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.446722  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5689  putative GTPase HflX  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0600434  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4644  putative GTPase HflX  42.46 
 
 
426 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0602066 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4893  GTP-binding protein HflX  43.83 
 
 
433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4769  GTP-binding protein, HSR1-related  43.83 
 
 
433 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4945  GTP-binding proten HflX  43.83 
 
 
433 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.017296 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3918  putative GTPase HflX  42.68 
 
 
426 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.240209  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4780  putative GTPase HflX  41.96 
 
 
426 aa  282  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0452958  normal  0.331117 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4640  putative GTPase HflX  41.96 
 
 
426 aa  282  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.208484  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0356  putative GTPase HflX  43.18 
 
 
426 aa  282  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.152366  hitchhiker  0.00466267 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4723  putative GTPase HflX  41.96 
 
 
426 aa  282  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002260  GTP-binding protein HflX  43.92 
 
 
429 aa  283  6.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4630  putative GTPase HflX  41.96 
 
 
426 aa  282  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048412  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3720  putative GTPase HflX  42.68 
 
 
426 aa  283  6.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00523075  n/a   
 
 
-
 
NC_011696  PHATRDRAFT_1719  predicted protein  42.51 
 
 
415 aa  282  7.000000000000001e-75  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0536  putative GTPase HflX  42.68 
 
 
426 aa  282  7.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000302275  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4759  putative GTPase HflX  41.96 
 
 
426 aa  282  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3979  GTP-binding protein, HSR1-related  42.14 
 
 
432 aa  282  9e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2631  GTP-binding protein HSR1-related  44.11 
 
 
429 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.315157  unclonable  0.00000000000608691 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2926  GTP1/OBG protein  46.87 
 
 
444 aa  282  1e-74  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0180067  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0493  putative GTPase HflX  42.35 
 
 
433 aa  281  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0353897  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00093  putative GTPase HflX  43.85 
 
 
429 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2535  GTP-binding proten HflX  51.64 
 
 
404 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955087  hitchhiker  0.0000726108 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2776  putative GTPase HflX  41.79 
 
 
439 aa  280  3e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.114582  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1600  small GTP-binding protein  51.64 
 
 
404 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0793347  normal  0.128476 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1830  GTP-binding proten HflX  48.96 
 
 
395 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.497778 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1806  small GTP-binding protein  48.96 
 
 
395 aa  280  3e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2759  putative GTPase HflX  43.12 
 
 
429 aa  280  4e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.563886  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1744  small GTP-binding protein  48.96 
 
 
396 aa  280  4e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1472  GTP-binding proten HflX  44.77 
 
 
436 aa  279  5e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5107  small GTP-binding protein  48.66 
 
 
396 aa  279  7e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245706  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1469  GTP-binding proten HflX  48.36 
 
 
396 aa  279  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.795442  normal  0.339069 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1982  GTP-binding protein  43.62 
 
 
433 aa  279  8e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.699413  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3097  GTP-binding proten HflX  42.49 
 
 
461 aa  278  1e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000356343  normal  0.400149 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>