117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1217 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1217  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 		 188 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.443893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1620  hypothetical protein  75.42 
 
 		 189 aa  268  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0978634 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2773  hypothetical protein  70.97 
 
 		 212 aa  266  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.0089778  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1415  hypothetical protein  70.97 
 
 		 188 aa  265  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1034  hypothetical protein  68.82 
 
 		 188 aa  265  4e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1238  hypothetical protein  70.39 
 
 		 186 aa  248  3e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0154317  normal  0.697669 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2144  twin-arginine translocation pathway signal  66.3 
 
 		 185 aa  241  7e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.138304  normal  0.565906 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1034  hypothetical protein  42.54 
 
 		 186 aa  142  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.874027  normal  0.457533 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1502  hypothetical protein  39.66 
 
 		 182 aa  138  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.651988  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2514  twin-arginine translocation pathway signal  46.72 
 
 		 187 aa  136  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.465464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1932  hypothetical protein  39.33 
 
 		 182 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2394  protein of unknown function DUF882  39.33 
 
 		 182 aa  136  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0868273  normal  0.0323721 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1899  hypothetical protein  39.33 
 
 		 182 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1925  hypothetical protein  39.11 
 
 		 182 aa  136  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0363719  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0042  protein of unknown function DUF882  44.52 
 
 		 179 aa  136  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.004948  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0380  hypothetical protein  40.56 
 
 		 178 aa  135  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1829  hypothetical protein  42.47 
 
 		 163 aa  132  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.124556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1441  twin-arginine translocation pathway signal  39.44 
 
 		 183 aa  129  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1614  hypothetical protein  42.08 
 
 		 183 aa  129  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0183846  normal  0.251445 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0888  putative lipoprotein  39.44 
 
 		 182 aa  128  5.0000000000000004e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000101636  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003128  hypothetical protein  44.83 
 
 		 169 aa  127  7.000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000559341  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02709  hypothetical protein  40.33 
 
 		 195 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1958  hypothetical protein  39.66 
 
 		 182 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1893  hypothetical protein  41.1 
 
 		 182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.745932  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2450  hypothetical protein  37.99 
 
 		 182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00221503  normal  0.212903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2154  hypothetical protein  41.46 
 
 		 171 aa  126  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00468929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1832  hypothetical protein  36.87 
 
 		 182 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.68574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2145  hypothetical protein  36.87 
 
 		 182 aa  125  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0692827 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1890  hypothetical protein  36.87 
 
 		 182 aa  125  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.186402 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3448  hypothetical protein  37.02 
 
 		 659 aa  125  3e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.156424  normal  0.411175 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1727  hypothetical protein  49.64 
 
 		 182 aa  124  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.061203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4669  protein of unknown function DUF882  40 
 
 		 540 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.227252  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1613  hypothetical protein  42.07 
 
 		 163 aa  122  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.148751  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2110  hypothetical protein  39.04 
 
 		 182 aa  122  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1029  Tat (twin-arginine translocation) pathway signal sequence domain/peptidase M15 family protein  44.85 
 
 		 182 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00657191 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1094  Tat (twin-arginine translocation) pathway signal sequence domain/peptidase M15 family protein  44.85 
 
 		 182 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.664633 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1111  Tat (twin-arginine translocation) pathway signal sequence domain/peptidase M15 family protein  44.85 
 
 		 182 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.402136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1002  putative exported protein, Tat-dependent  44.85 
 
 		 182 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.104829  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1061  hypothetical protein  44.85 
 
 		 182 aa  122  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000755595 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2751  hypothetical protein  37.97 
 
 		 496 aa  120  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2591  protein of unknown function DUF882  43.07 
 
 		 184 aa  120  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000549055  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1782  hypothetical protein  38.79 
 
 		 225 aa  120  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.043222 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2663  protein of unknown function DUF882  39.06 
 
 		 190 aa  120  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00451545  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00930  hypothetical protein  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.132407  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2717  protein of unknown function DUF882  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.223198  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3978  hypothetical protein  40.67 
 
 		 541 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.346542 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2053  protein of unknown function DUF882  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0538389  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1781  hypothetical protein  43.38 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00287342  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00937  hypothetical protein  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.16592  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1033  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1025  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0547598  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2670  hypothetical protein  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0302417  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2194  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.908212  normal  0.255483 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2392  putative exported protein, Tat-dependent  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.163953  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2874  protein of unknown function DUF882  40.67 
 
 		 502 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.276689  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1328  putative membrane associated peptidase  37.78 
 
 		 183 aa  119  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.632221  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1087  putative exported protein, Tat-dependent  44.12 
 
 		 182 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00130799  normal  0.598369 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2156  protein of unknown function DUF882  38.51 
 
 		 625 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2978  protein of unknown function DUF882  40.67 
 
 		 496 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.182299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1445  hypothetical protein  44.12 
 
 		 183 aa  119  3.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.485223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1572  protein of unknown function DUF882  38.3 
 
 		 189 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2562  hypothetical protein  45.59 
 
 		 182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00126389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1974  hypothetical protein  45.59 
 
 		 182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0878651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2653  hypothetical protein  45.59 
 
 		 182 aa  118  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.268193  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0009  hypothetical protein  40.13 
 
 		 205 aa  118  4.9999999999999996e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000226186 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0796  Tat pathway signal sequence domain-containing protein  38.62 
 
 		 195 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.145099  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2067  hypothetical protein  39.33 
 
 		 502 aa  115  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.465944  normal  0.602002 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1661  protein of unknown function DUF882  41.91 
 
 		 182 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0167  protein of unknown function DUF882  40.41 
 
 		 190 aa  114  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0138763  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1427  hypothetical protein  39.33 
 
 		 529 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2732  hypothetical protein  39.74 
 
 		 635 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0830197  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0083  hypothetical protein  37.91 
 
 		 637 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6865  hypothetical protein  38.41 
 
 		 544 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498075  normal  0.034026 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0078  hypothetical protein  37.91 
 
 		 659 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3814  twin-arginine translocation (TAT) pathway signal protein  39.04 
 
 		 203 aa  112  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0149  hypothetical protein  39.73 
 
 		 190 aa  112  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.820879 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1406  hypothetical protein  38 
 
 		 589 aa  111  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1073  hypothetical protein  42.14 
 
 		 187 aa  111  5e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3151  hypothetical protein  40 
 
 		 501 aa  112  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.745168  normal  0.0708418 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3585  hypothetical protein  37.84 
 
 		 186 aa  111  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1633  protein of unknown function DUF882  40.44 
 
 		 182 aa  111  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.959014  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0205  hypothetical protein  37.24 
 
 		 186 aa  110  9e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.187216 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2682  hypothetical protein  36.2 
 
 		 608 aa  110  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.043341  normal  0.427449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3941  twin-arginine translocation pathway signal  40.58 
 
 		 187 aa  108  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3698  hypothetical protein  38.06 
 
 		 497 aa  107  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.3093  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3189  protein of unknown function DUF882  37.08 
 
 		 458 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4258  hypothetical protein  37.27 
 
 		 636 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.374856  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2932  protein of unknown function DUF882  36.52 
 
 		 452 aa  107  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2806  hypothetical protein  36.67 
 
 		 499 aa  105  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.835595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0216  protein of unknown function DUF882  37.33 
 
 		 510 aa  105  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.217337  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1222  hypothetical protein  37.09 
 
 		 526 aa  105  5e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1575  hypothetical protein  34.81 
 
 		 186 aa  105  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.281218  normal  0.176285 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0990  hypothetical protein  36.42 
 
 		 529 aa  102  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.850849 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3294  protein of unknown function DUF882  37.01 
 
 		 597 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3595  protein of unknown function DUF882  36.13 
 
 		 598 aa  100  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.733122  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5086  protein of unknown function DUF882  35.46 
 
 		 194 aa  96.3  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.25036 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2807  hypothetical protein  32.04 
 
 		 229 aa  92.8  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0027608  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4302  hypothetical protein  34.22 
 
 		 180 aa  91.7  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.315098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0028  hypothetical protein  34.48 
 
 		 186 aa  89  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000227212  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1751  twin-arginine translocation pathway signal  30.34 
 
 		 187 aa  89  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.159115 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>