91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1176 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1176  hypothetical protein  100 
 
 		 335 aa  673    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00359132  normal  0.490439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3020  secreted hydrolase-like protein  63.66 
 
 		 364 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0547861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6286  hypothetical protein  59.76 
 
 		 359 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.107341  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0255  hypothetical protein  61.68 
 
 		 350 aa  409  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6017  hypothetical protein  59.23 
 
 		 356 aa  401  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3352  hypothetical protein  61.58 
 
 		 354 aa  404  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.779902 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1540  secreted hydrolase  61.86 
 
 		 364 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.86814  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0191  secreted hydrolase  61.49 
 
 		 364 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.212117  normal  0.791095 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4688  hypothetical protein  58.46 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4398  hypothetical protein  58.63 
 
 		 362 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.117298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0344  hypothetical protein  56.68 
 
 		 362 aa  368  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0639153  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5298  hypothetical protein  56.29 
 
 		 361 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0078  hypothetical protein  56.38 
 
 		 346 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2668  hypothetical protein  54.9 
 
 		 362 aa  361  8e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00325621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3733  ABC transporter lipoprotein, putative  54.38 
 
 		 352 aa  352  4e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2173  putative lipoprotein  54.98 
 
 		 351 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.296969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2028  hypothetical protein  51.36 
 
 		 355 aa  348  6e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2030  secreted hydrolase-like protein  53.47 
 
 		 351 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0684  hypothetical protein  53.27 
 
 		 360 aa  345  7e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.270101  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2555  putative lipoprotein  54.68 
 
 		 352 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1636  hypothetical protein  50.45 
 
 		 353 aa  338  7e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3745  hypothetical protein  49.55 
 
 		 359 aa  332  5e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.114151  normal  0.0295635 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04770  hydrolase  44.81 
 
 		 369 aa  291  9e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001048  hypothetical protein  44.21 
 
 		 374 aa  289  6e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3955  hypothetical protein  44.41 
 
 		 393 aa  286  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.779914  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0554  hypothetical protein  45.02 
 
 		 395 aa  286  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.817301  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4108  hypothetical protein  45.92 
 
 		 390 aa  286  4e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0625  hypothetical protein  47.08 
 
 		 368 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3423  hypothetical protein  43.68 
 
 		 416 aa  277  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3146  hypothetical protein  42.86 
 
 		 403 aa  272  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0711  hypothetical protein  42.24 
 
 		 416 aa  270  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3311  hypothetical protein  41.95 
 
 		 416 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0855  hypothetical protein  41.48 
 
 		 425 aa  268  7e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3203  hypothetical protein  40.33 
 
 		 412 aa  263  4e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3509  hypothetical protein  41.76 
 
 		 394 aa  258  8e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0866  hypothetical protein  41.79 
 
 		 390 aa  258  1e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0831  hypothetical protein  40.87 
 
 		 400 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0854  hypothetical protein  40 
 
 		 404 aa  252  6e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0311  hypothetical protein  42.77 
 
 		 360 aa  251  9.000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01330  predicted secreted hydrolase  34.48 
 
 		 450 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.101344  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0065  secreted hydrolase-like protein  40.87 
 
 		 376 aa  238  1e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2957  hypothetical protein  40.33 
 
 		 400 aa  233  5e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.338576 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2208  hypothetical protein  40.54 
 
 		 375 aa  225  8e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.543456  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2642  putative lipoprotein  36.07 
 
 		 384 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.513743  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2019  hypothetical protein  40.24 
 
 		 375 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000706045 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0002  secreted hydrolase-like protein  41.95 
 
 		 387 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000706868  unclonable  0.000000000576659 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1415  hypothetical protein  38.46 
 
 		 387 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.541755  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2025  membrane protein  35.67 
 
 		 373 aa  208  8e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1686  Protein of unknown function DUF2006  37.78 
 
 		 384 aa  208  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.190003 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2186  hypothetical protein  39.38 
 
 		 389 aa  205  8e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.34033  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003768  hypothetical protein  33.96 
 
 		 374 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02647  hydrolase  33.96 
 
 		 374 aa  199  5e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11006  hypothetical protein  35.91 
 
 		 386 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  9.19907e-56  normal  0.122138 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1993  secreted hydrolase-like protein  37.5 
 
 		 413 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1313  hypothetical protein  36.8 
 
 		 381 aa  192  7e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.447479  normal  0.673608 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4754  hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase  35.11 
 
 		 383 aa  192  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.772037  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1006  hypothetical protein  36.9 
 
 		 378 aa  187  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1580  putative secreted hydrolase  35.48 
 
 		 375 aa  183  4.0000000000000006e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.125275  normal  0.120908 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0192  secreted hydrolase-like protein  35.76 
 
 		 374 aa  174  9.999999999999999e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400683  normal  0.94158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1922  hypothetical protein  39.29 
 
 		 392 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.245485  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1837  hypothetical protein  38.44 
 
 		 398 aa  169  5e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1774  hypothetical protein  36.45 
 
 		 370 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.341768  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2041  hypothetical protein  38.74 
 
 		 390 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.010776  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1234  hypothetical protein  32.59 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000051189  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2143  hypothetical protein  35.26 
 
 		 387 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3228  secreted hydrolase-like  34.3 
 
 		 364 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2048  hypothetical protein  35.01 
 
 		 374 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.356094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3480  secreted hydrolase-like protein  34.46 
 
 		 358 aa  156  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3629  putative AttH  35.84 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00823607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1279  hypothetical protein  36.31 
 
 		 409 aa  153  4e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000467326 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1458  secreted hydrolase-like protein  33.63 
 
 		 372 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1611  hypothetical protein  30.52 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1642  putative AttH  33.91 
 
 		 389 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0384305  normal  0.0577815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1286  secreted hydrolase-like protein  35.16 
 
 		 377 aa  144  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3116  secreted hydrolase-like protein  34.11 
 
 		 380 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2462  secreted hydrolase-like protein  33.82 
 
 		 380 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.249104  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5157  secreted hydrolase-like protein  33.72 
 
 		 374 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5005  secreted hydrolase-like protein  32.95 
 
 		 513 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.203879  hitchhiker  0.00394498 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0803  hypothetical protein  32.62 
 
 		 380 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0653  hypothetical protein  32.62 
 
 		 408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0893  putative AttH  32.05 
 
 		 386 aa  132  6.999999999999999e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.27416  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1194  hypothetical protein  29.39 
 
 		 360 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1519  putative AttH  31.86 
 
 		 392 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1194  hypothetical protein  28.79 
 
 		 371 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000162993  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1599  secreted hydrolase-like protein  24.21 
 
 		 663 aa  80.1  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000036978  normal  0.453344 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1176  hypothetical protein  26.37 
 
 		 355 aa  75.5  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000944356  normal  0.803843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4472  secreted hydrolase-like protein  29.21 
 
 		 360 aa  68.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.214249  normal  0.243711 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1886  Protein of unknown function DUF2006  28.05 
 
 		 341 aa  67  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0752233  normal  0.497381 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0983  prefoldin molecular chaperone  22.64 
 
 		 550 aa  59.3  0.00000008  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.415206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5452  secreted hydrolase-like protein  29.1 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2888  hypothetical protein  32.91 
 
 		 375 aa  45.4  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.179405  normal  0.172957 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>