34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1160 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1160  cupin 2, barrel  100 
 
 		 104 aa  210  3.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677962  decreased coverage  0.00806774 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1177  cyclic nucleotide-binding protein  62.5 
 
 		 103 aa  130  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.886024  normal  0.414565 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0481  hypothetical protein  60.58 
 
 		 119 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1663  hypothetical protein  63.46 
 
 		 103 aa  128  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.231428  hitchhiker  0.00700115 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1238  cyclic nucleotide-binding protein  62.5 
 
 		 103 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.103405  normal  0.772826 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5987  cupin domain-containing protein  61.54 
 
 		 103 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0536952 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5970  Cupin 2 conserved barrel domain protein  61.54 
 
 		 103 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.374591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0656  cupin 2 domain-containing protein  59.62 
 
 		 103 aa  126  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2206  hypothetical protein  59.62 
 
 		 121 aa  125  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.747866 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4719  cupin domain-containing protein  59.62 
 
 		 103 aa  123  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.0255317 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16440  hypothetical protein  58.65 
 
 		 103 aa  122  1e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0373897  normal  0.0647577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0638  cupin 2 domain-containing protein  59.62 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2580  cupin 2 domain-containing protein  59.62 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2048  cupin 2, barrel  59.62 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2659  cupin 2 domain-containing protein  59.62 
 
 		 103 aa  122  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.4748  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2688  cupin 2 domain-containing protein  58.65 
 
 		 103 aa  121  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2706  cupin 2 domain-containing protein  57.69 
 
 		 103 aa  120  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0826  DSBH domain-containing protein  57.69 
 
 		 203 aa  118  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.432318  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1800  hypothetical protein  57.69 
 
 		 103 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2513  cupin domain-containing protein  57.69 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2374  cupin domain-containing protein  57.69 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0471  cupin domain-containing protein  57.69 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0422  hypothetical protein  57.69 
 
 		 105 aa  118  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0633  hypothetical protein  57.69 
 
 		 120 aa  117  6e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.641228  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2431  hypothetical protein  54.81 
 
 		 103 aa  114  5e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4056  cupin 2, barrel  56.31 
 
 		 103 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.27583  normal  0.219742 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2050  DSBH domain-containing protein  47.12 
 
 		 103 aa  101  4e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1271  cupin 2 domain-containing protein  51.52 
 
 		 103 aa  95.9  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.113842  hitchhiker  0.00655091 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0253  hypothetical protein  55.77 
 
 		 83 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0026  double-stranded beta-helix-like protein  32.47 
 
 		 123 aa  52.8  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5232  hypothetical protein  31.58 
 
 		 131 aa  44.7  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.234619 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0773  cupin 2 protein  35.82 
 
 		 116 aa  41.2  0.004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.707426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2876  cupin 2 domain-containing protein  28.95 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.859242  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6454  cyclic nucleotide-binding protein  36.36 
 
 		 133 aa  40.8  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0782544  normal  0.0803587 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>