144 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1000 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1000  heme exporter protein CcmB  100 
 
 		 218 aa  396  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.298258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1412  heme exporter protein CcmB  73.85 
 
 		 218 aa  243  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.451001  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0448  heme exporter protein CcmB  74.21 
 
 		 218 aa  227  1e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1802  ABC heme exporter, inner membrane subunit CcmB  73.68 
 
 		 218 aa  226  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.813429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0460  heme exporter protein CcmB  73.16 
 
 		 218 aa  225  4e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421512  normal  0.196055 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1854  heme exporter protein B  71.36 
 
 		 218 aa  195  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.116967  normal  0.847567 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0206  heme exporter protein CcmB  51.83 
 
 		 222 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0283137 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3662  heme exporter protein CcmB  50.23 
 
 		 222 aa  190  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.218885  hitchhiker  0.00482221 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0176  heme exporter protein CcmB  53 
 
 		 222 aa  188  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.384995  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2648  heme exporter protein CcmB  72.48 
 
 		 218 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0244767  normal  0.0118832 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0293  heme exporter protein CcmB  49.07 
 
 		 222 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0327308 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5769  heme exporter protein CcmB  50.23 
 
 		 222 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0201  heme exporter protein CcmB  51.39 
 
 		 222 aa  178  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.168434  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2859  heme exporter protein CcmB  49.77 
 
 		 221 aa  177  9e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2634  heme exporter protein CcmB  49.77 
 
 		 221 aa  177  9e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0523  heme exporter protein CcmB  50.46 
 
 		 222 aa  174  6e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0321  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  52.31 
 
 		 222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0380  heme ABC transporter (heme exporter protein B), permease protein (cytochrome c biogenesis)  51.39 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969313 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0410  heme exporter protein CcmB  51.39 
 
 		 222 aa  171  9e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0262  heme exporter protein CcmB  46.95 
 
 		 228 aa  168  5e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0230  heme exporter protein CcmB  46.48 
 
 		 228 aa  168  5e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.101455  unclonable  0.0000000000289214 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0225  heme exporter protein CcmB  46.48 
 
 		 228 aa  168  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.933912  hitchhiker  0.0051729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0230  heme exporter protein CcmB  45.83 
 
 		 228 aa  168  5e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051216  unclonable  0.0000000000381646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2758  heme exporter protein CcmB  51.01 
 
 		 222 aa  165  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3728  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  165  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.77019  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3507  heme exporter protein CcmB  56.73 
 
 		 239 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00483881 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0227  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00899447  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4025  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0197345  hitchhiker  0.00000969961 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0227  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00610069  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0230  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0288437  normal  0.0595118 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3570  heme exporter protein CcmB  44.13 
 
 		 228 aa  161  7e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0688064  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0244  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  160  1e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00742888  hitchhiker  0.00325312 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4288  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  159  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000664896 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1179  heme exporter protein CcmB  50.93 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1545  heme exporter protein CcmB  46.97 
 
 		 237 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.328783 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3359  heme exporter protein CcmB  51.23 
 
 		 221 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.428461  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2596  heme exporter protein CcmB  45.97 
 
 		 219 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.395869 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4208  heme exporter protein CcmB  45.97 
 
 		 219 aa  151  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3992  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  49.08 
 
 		 222 aa  150  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2437  heme exporter protein CcmB  45.5 
 
 		 219 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.249417  normal  0.632911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0178  heme exporter protein CcmB  45.12 
 
 		 228 aa  150  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4101  heme exporter protein CcmB  45.5 
 
 		 219 aa  150  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0039  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  49.77 
 
 		 222 aa  149  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.46619  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2388  heme exporter protein CcmB  45.97 
 
 		 218 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4046  heme exporter protein CcmB  45.97 
 
 		 218 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1867  UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase  42.92 
 
 		 239 aa  149  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0214  heme exporter protein CcmB  45.07 
 
 		 228 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.130113  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1365  heme exporter protein CcmB  46.67 
 
 		 222 aa  148  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0189  heme exporter protein CcmB  45.54 
 
 		 228 aa  148  6e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000173434  hitchhiker  0.00165227 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4150  heme exporter protein CcmB  45.5 
 
 		 218 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2493  heme exporter protein CcmB  45.5 
 
 		 218 aa  147  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00437502 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4189  heme exporter protein CcmB  47.27 
 
 		 219 aa  147  1.0000000000000001e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4660  heme exporter protein CcmB  46.01 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000168562 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4029  heme exporter protein CcmB  45.5 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2479  heme exporter protein CcmB  45.5 
 
 		 218 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.567833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3390  heme exporter protein CcmB  45.87 
 
 		 219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.677279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1405  heme exporter protein CcmB  56.38 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3085  heme exporter protein CcmB  46.36 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1517  heme exporter protein CcmB  40.82 
 
 		 206 aa  143  2e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3854  heme exporter protein CcmB  49.76 
 
 		 223 aa  142  5e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.174193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002842  ABC transporter involved in cytochrome c biogenesis CcmB subunit  45.41 
 
 		 222 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3740  heme exporter protein CcmB  45.45 
 
 		 219 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02127  heme exporter subunit  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1459  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3337  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0741  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.756064  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1382  heme exporter protein CcmB  41.74 
 
 		 221 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.691654  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02086  hypothetical protein  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2338  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2499  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1450  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2348  heme exporter protein CcmB  47.39 
 
 		 220 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4063  heme exporter protein CcmB  45 
 
 		 219 aa  138  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.405961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03134  hypothetical protein  44.5 
 
 		 222 aa  139  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1216  heme exporter protein CcmB  48.37 
 
 		 219 aa  138  6e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0095  heme exporter protein CcmB  47 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0093  heme exporter protein CcmB  47 
 
 		 221 aa  137  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0107  heme exporter protein CcmB  48.28 
 
 		 221 aa  136  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.879407  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1959  heme exporter protein CcmB  45.16 
 
 		 241 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0044  heme exporter protein CcmB  46.33 
 
 		 227 aa  132  5e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1285  heme exporter protein CcmB  40.56 
 
 		 221 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.583971  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2280  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  44.5 
 
 		 222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00864  heme exporter protein CcmB  43.52 
 
 		 231 aa  128  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.257235  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06063  heme exporter protein CcmB  43.52 
 
 		 231 aa  128  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.101689  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4059  cytochrome c heme exporter protein  44.65 
 
 		 222 aa  127  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2442  heme exporter protein CcmB  42.79 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2848  heme exporter protein CcmB  42.79 
 
 		 222 aa  126  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.245741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1644  heme exporter protein B  46.33 
 
 		 222 aa  124  9e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3023  heme exporter protein CcmB  42.92 
 
 		 222 aa  124  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3634  heme exporter protein CcmB  46.98 
 
 		 223 aa  123  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0214  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  42.08 
 
 		 217 aa  122  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179143  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0371  ABC heme exporter, inner membrane subunit CcmB  43.88 
 
 		 222 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000646849 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1684  heme exporter protein CcmB  46.45 
 
 		 222 aa  120  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2386  heme exporter protein CcmB  43.98 
 
 		 228 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000961285  hitchhiker  0.0000188714 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0394  heme ABC transporter, permease (heme exporter protein B)  44.7 
 
 		 221 aa  117  9.999999999999999e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1033  heme exporter protein CcmB  48.36 
 
 		 271 aa  116  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0953  heme exporter protein CcmB  44.7 
 
 		 225 aa  116  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3255  heme exporter protein CcmB  39.72 
 
 		 222 aa  115  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcmB  42.59 
 
 		 220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0588  heme exporter protein CcmB  47.22 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.598346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>