116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0912 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0912  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 840 aa  1582    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1722  hypothetical protein  65.98 
 
 		 245 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.22489 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1782  MerR family transcriptional regulator  39 
 
 		 266 aa  146  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.139972 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1268  MerR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 272 aa  139  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.194356 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2610  MerR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 281 aa  138  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2652  MerR family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 227 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  hitchhiker  0.00282985  normal  0.0609514 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2516  MerR family transcriptional regulator  59.26 
 
 		 179 aa  136  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1588  MerR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 195 aa  134  6.999999999999999e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2688  regulatory protein, MerR  62.5 
 
 		 229 aa  134  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.539161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1409  MerR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 206 aa  134  1.0000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.783915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3022  transcriptional regulator, MerR family  63.64 
 
 		 250 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.165787  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2678  MerR family transcriptional regulator  60.44 
 
 		 252 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00961924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4387  MerR family transcriptional regulator  58.06 
 
 		 757 aa  130  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0772  hypothetical protein  61.68 
 
 		 193 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3966  MerR family transcriptional regulator  62.07 
 
 		 167 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.200799  normal  0.0248998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0831  MerR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 177 aa  127  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.087298  normal  0.0939438 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1148  MerR family transcriptional regulator  55 
 
 		 169 aa  126  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7073  transcriptional regulator, MerR family  58.62 
 
 		 172 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.323694  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3031  MerR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 142 aa  124  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.532106 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2331  transcriptional regulator, MerR family  59.77 
 
 		 160 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.461102 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2056  regulatory protein MerR  59.77 
 
 		 165 aa  124  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.880106  normal  0.300945 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6232  MerR family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 166 aa  123  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2017  transcriptional regulator, MerR family  59.77 
 
 		 165 aa  123  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1669  MerR family transcriptional regulator  61.18 
 
 		 241 aa  122  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0650  transcriptional regulator, MerR family  60.71 
 
 		 172 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00809015 
 
 
-
 
NC_004310  BR0779  hypothetical protein  61.17 
 
 		 180 aa  120  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4629  MerR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 187 aa  120  7e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00782953  normal  0.030329 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1521  MerR family transcriptional regulator  59.3 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0401274  normal  0.779885 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0640  MerR family transcriptional regulator  51.67 
 
 		 168 aa  120  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1288  transcriptional regulator, MerR family  46.81 
 
 		 179 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2925  MerR family transcriptional regulator  64.63 
 
 		 155 aa  117  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00455933  hitchhiker  0.00151967 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1199  transcriptional regulator, MerR family  46.1 
 
 		 179 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1633  hypothetical protein  52.68 
 
 		 181 aa  114  7.000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3377  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 208 aa  113  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.680996  normal  0.153202 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3295  transcriptional regulator, MerR family  62.82 
 
 		 231 aa  112  3e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.987974  normal  0.206317 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0267  MerR family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 196 aa  111  6e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1864  MerR family transcriptional regulator  61.84 
 
 		 201 aa  106  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0288491  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2364  MerR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 151 aa  92  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3558  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 136 aa  89  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.994671 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1014  MerR family transcriptional regulator  50.72 
 
 		 121 aa  81.6  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00986669 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1416  MerR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 130 aa  81.3  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0849625  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1970  transcriptional regulator, MerR family  43.18 
 
 		 143 aa  81.6  0.00000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.858434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1366  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  81.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1406  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  81.3  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4622  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.206932  normal  0.899334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1000  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.861508  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1482  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.858746  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1772  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 136 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.328935  normal  0.318397 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1459  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 137 aa  80.9  0.00000000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.323541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1640  transcriptional regulator, MerR family  49.28 
 
 		 143 aa  80.5  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.402978  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1719  MerR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 134 aa  80.1  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1313  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 173 aa  78.6  0.0000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0108  MerR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 124 aa  77  0.000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1455  transcriptional regulator, MerR family  46.48 
 
 		 142 aa  77.4  0.000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2670  regulatory protein, MerR  45.78 
 
 		 125 aa  75.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1551  MerR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 132 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.724017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1147  MerR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 118 aa  75.1  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0571667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0761  MerR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 118 aa  75.1  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0874748  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1877  transcriptional regulator, MerR family  34 
 
 		 159 aa  74.7  0.000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2749  transcriptional regulator, MerR family  49.28 
 
 		 137 aa  75.1  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3018  transcriptional regulator, MerR family  46.84 
 
 		 126 aa  74.7  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438934  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1584  putative transcription regulator protein  49.3 
 
 		 146 aa  74.3  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0494  MerR family transcriptional regulator  48.72 
 
 		 121 aa  74.3  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0739492  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0978  transcriptional regulator, MerR family  42.31 
 
 		 254 aa  73.6  0.00000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.114884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2852  MerR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 130 aa  74.3  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.164617  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4609  MerR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 136 aa  73.9  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.401376  normal  0.0601167 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2092  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 118 aa  73.6  0.00000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.681298  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01390  transcription regulator protein  42.86 
 
 		 118 aa  73.9  0.00000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.249906  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1996  MerR family transcriptional regulator  50.68 
 
 		 141 aa  73.6  0.00000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000181748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1378  MerR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 137 aa  73.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0815083  normal  0.541754 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0713  MerR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 127 aa  73.2  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.245561  normal  0.461713 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1408  transcriptional regulator, MerR family  40.82 
 
 		 126 aa  73.2  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00332069  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1471  transcriptional regulator domain-containing protein  40.82 
 
 		 126 aa  73.2  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.22835  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1167  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 144 aa  72.4  0.00000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354578  normal  0.670626 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2109  MerR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 159 aa  72  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.208629  normal  0.127157 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2393  MerR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 142 aa  71.2  0.00000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.161279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1282  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 143 aa  70.9  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1974  MerR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 118 aa  70.9  0.00000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0566268 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2588  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 134 aa  70.9  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3096  MerR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 140 aa  70.9  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714876 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2013  MerR family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 120 aa  70.5  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.065719  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2472  hypothetical protein  38.61 
 
 		 118 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1457  transcriptional regulator, MerR family  41.67 
 
 		 118 aa  70.1  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0919  transcriptional regulator, MerR family  49.28 
 
 		 118 aa  70.1  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0163  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 126 aa  70.1  0.0000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1584  MerR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 118 aa  69.7  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2054  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 121 aa  69.7  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3218  MerR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 118 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.330484 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3474  MerR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 118 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00283655 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1752  MerR family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 161 aa  69.7  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0206721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1938  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 118 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.24556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1343  MerR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 149 aa  69.3  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0836  MerR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 116 aa  68.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1983  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 118 aa  68.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00884217  normal  0.359201 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1089  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1898  MerR family regulatory protein  41.05 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1532  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.591284  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0196  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1742  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 134 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.405254  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0970  MerR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 126 aa  68.9  0.0000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>