More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0834 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0834  amidohydrolase 3  100 
 
 
555 aa  1141    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.644909 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3836  putative metal-dependent hydrolase  48.36 
 
 
550 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3532  amidohydrolase 3  48.91 
 
 
550 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3821  hypothetical protein  48.03 
 
 
406 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2770  Amidohydrolase 3  35.63 
 
 
553 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0730355  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2366  Amidohydrolase 3  32.03 
 
 
553 aa  242  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.662277  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1018  amidohydrolase-like  31.97 
 
 
541 aa  238  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.121748 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3053  amidohydrolase family  26.83 
 
 
574 aa  223  9e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1321  Amidohydrolase 3  32.26 
 
 
532 aa  221  3e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000608926 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3443  amidohydrolase 3  28.8 
 
 
556 aa  213  9e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.6586 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2070  amidohydrolase 3  29 
 
 
560 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2930  amidohydrolase 3  29.91 
 
 
606 aa  208  3e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.143401 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1362  Amidohydrolase 3  29.18 
 
 
569 aa  207  4e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1551  amidohydrolase 3  30.4 
 
 
542 aa  204  4e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.56072  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1441  amidohydrolase 3  30.18 
 
 
583 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.822576  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6181  putative amidohydrolase  30.67 
 
 
542 aa  200  5e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0743865  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3185  amidohydrolase 3  28.72 
 
 
560 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.214251  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1988  amidohydrolase 3  29.55 
 
 
535 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.118371  normal  0.562077 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1214  Amidohydrolase 3  28.4 
 
 
527 aa  193  7e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2780  amidohydrolase  27.83 
 
 
576 aa  192  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1290  Amidohydrolase 3  27.94 
 
 
603 aa  191  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0346185  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1950  amidohydrolase 3  30.11 
 
 
530 aa  190  5e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2425  Amidohydrolase 3  29.84 
 
 
545 aa  189  9e-47  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2427  amidohydrolase 3  29.77 
 
 
543 aa  189  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0799616  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3333  amidohydrolase 3  31.67 
 
 
538 aa  186  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.827227 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4734  Amidohydrolase 3  31.62 
 
 
547 aa  185  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.238595  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3848  Amidohydrolase 3  32.07 
 
 
564 aa  185  2.0000000000000003e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3832  amidohydrolase 3  29.57 
 
 
556 aa  185  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.988411 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4594  putative secreted protein  29.48 
 
 
522 aa  184  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3024  amidohydrolase 3  26.71 
 
 
556 aa  183  7e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4125  amidohydrolase 3  30.85 
 
 
544 aa  183  7e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.101406  normal  0.239825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3246  amidohydrolase 3  28.82 
 
 
564 aa  183  8.000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00403694 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2556  Amidohydrolase 3  30.58 
 
 
556 aa  182  2e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.12202 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0480  Amidohydrolase 3  27.8 
 
 
544 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000298357  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6024  putative amidohydrolase  29.19 
 
 
537 aa  181  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.148196  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0948  amidohydrolase 3  27.42 
 
 
619 aa  181  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.497988  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09320  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  27.92 
 
 
544 aa  181  4e-44  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.112209  normal  0.40819 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32950  hypothetical protein  29.62 
 
 
580 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000236745 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3380  amidohydrolase 3  28.8 
 
 
583 aa  181  4e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121577 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3329  amidohydrolase 3  28.8 
 
 
583 aa  181  4e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.842  normal  0.159954 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3258  amidohydrolase 3  28.26 
 
 
548 aa  180  4.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.826014  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3318  twin-arginine translocation pathway signal  28.77 
 
 
543 aa  179  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.5989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2245  amidohydrolase 3  24.78 
 
 
596 aa  179  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.320188  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0970  Amidohydrolase 3  26.68 
 
 
616 aa  178  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.31521  hitchhiker  0.000183819 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1904  Amidohydrolase 3  27.31 
 
 
520 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4441  Amidohydrolase 3  31.06 
 
 
535 aa  178  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3129  amidohydrolase 3  26.61 
 
 
568 aa  177  4e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2586  amidohydrolase 3  30.67 
 
 
537 aa  176  9e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0687512  normal  0.83708 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1184  amidohydrolase 3  28.42 
 
 
544 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0005  twin-arginine translocation pathway signal  27.85 
 
 
584 aa  174  3.9999999999999995e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1859  amidohydrolase 3  30.36 
 
 
549 aa  173  5.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4693  amidohydrolase 3  28.13 
 
 
565 aa  173  6.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.141664 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2060  Amidohydrolase 3  27.87 
 
 
547 aa  173  9e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000181577  normal  0.134966 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09378  Predicted metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  28.65 
 
 
540 aa  172  1e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2802  hypothetical protein  30.03 
 
 
580 aa  171  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.992935  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1746  Amidohydrolase 3  27.29 
 
 
552 aa  171  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.717309  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0715  amidohydrolase 3  28.86 
 
 
564 aa  171  5e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.993176  decreased coverage  0.000630389 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3154  amidohydrolase-like  27.51 
 
 
585 aa  170  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3957  amidohydrolase 3  25.72 
 
 
553 aa  170  5e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3245  amidohydrolase 3  28.95 
 
 
569 aa  169  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00990212 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2795  amidohydrolase family protein  25.18 
 
 
557 aa  168  2.9999999999999998e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2289  amidohydrolase 3  28.34 
 
 
579 aa  168  2.9999999999999998e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3132  metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  28.44 
 
 
565 aa  167  4e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4653  putative metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  27.85 
 
 
560 aa  166  8e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.707824  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1574  Amidohydrolase 3  29.85 
 
 
540 aa  166  9e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3353  amidohydrolase 3  26.77 
 
 
583 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742336  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0927  amidohydrolase 3  26.68 
 
 
582 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3223  amidohydrolase 3  28.39 
 
 
538 aa  165  2.0000000000000002e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1013  Amidohydrolase 3  30.18 
 
 
548 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.668342  normal  0.733638 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4051  amidohydrolase 3  27.02 
 
 
620 aa  163  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0253  amidohydrolase 3  27.82 
 
 
551 aa  163  9e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0426  Amidohydrolase 3  27.56 
 
 
539 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0751  amidohydrolase 3  27.32 
 
 
575 aa  162  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.696305 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5168  amidohydrolase 3  30.04 
 
 
541 aa  162  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.54245 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1054  amidohydrolase-like  28.52 
 
 
576 aa  161  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.655132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4281  Amidohydrolase 3  26.6 
 
 
601 aa  161  3e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.240414  normal  0.834979 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06721  amidohydrolase family protein (AFU_orthologue; AFUA_5G01480)  29.04 
 
 
541 aa  159  1e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03085  signal peptide protein  29.22 
 
 
574 aa  159  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.432233  normal  0.347904 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0635  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  25.54 
 
 
575 aa  157  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0597  twin-arginine translocation pathway signal sequence domain-containing protein  25.54 
 
 
575 aa  158  3e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3417  Amidohydrolase 3  26.95 
 
 
545 aa  157  6e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.151731 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3406  amidohydrolase 3  26.71 
 
 
550 aa  157  7e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.155233  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1172  hypothetical protein  26.4 
 
 
560 aa  155  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0178452  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1075  exoenzymes regulatory protein aepa  26.33 
 
 
543 aa  156  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00663021  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_10795  conserved hypothetical protein  27.78 
 
 
549 aa  155  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2637  Amidohydrolase 3  27.66 
 
 
533 aa  155  2e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3767  amidohydrolase 3  25.67 
 
 
544 aa  155  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1793  hypothetical protein  29.98 
 
 
539 aa  154  4e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00778  predicted metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold protein  24.42 
 
 
546 aa  153  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06920  predicted TIM-barrel fold metal-dependent hydrolase  25.62 
 
 
542 aa  152  1e-35  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.256585 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0463  amidohydrolase 3  25.52 
 
 
552 aa  152  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.810621  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2928  Amidohydrolase 3  27.3 
 
 
562 aa  151  2e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.548866  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4369  amidohydrolase 3  29.26 
 
 
548 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4456  amidohydrolase 3  29.26 
 
 
548 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.359354  normal  0.0420903 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4750  amidohydrolase 3  29.26 
 
 
548 aa  152  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4778  hypothetical protein  24.25 
 
 
522 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7493  amidohydrolase family  27.92 
 
 
564 aa  148  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0605616  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3171  amidohydrolase 3  25.26 
 
 
539 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3242  amidohydrolase 3  26.18 
 
 
573 aa  147  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077662  normal  0.0113117 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4779  hypothetical protein  23.89 
 
 
522 aa  147  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>