45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0794 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0794  hypothetical protein  100 
 
 
243 aa  496  1e-139  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000436094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1318  hypothetical protein  41.98 
 
 
255 aa  85.5  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3448  hypothetical protein  31.4 
 
 
237 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01960  hypothetical protein  37.1 
 
 
318 aa  59.3  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1906  GP60  28.48 
 
 
339 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.000000738533  normal  0.0210495 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1975  hypothetical protein  28.77 
 
 
278 aa  53.1  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00555051  normal  0.0479802 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2558  putative replication protein  28.77 
 
 
263 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3263  hypothetical protein  45.1 
 
 
294 aa  53.1  0.000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.102407  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3490  hypothetical protein  28.77 
 
 
278 aa  53.1  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0314566  unclonable  0.00000747295 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3366  putative replication protein  28.77 
 
 
278 aa  52.8  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00263749  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3257  putative replication protein  28.77 
 
 
278 aa  52.8  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.699419  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1653  hypothetical protein  31.82 
 
 
251 aa  52.8  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000671597  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3439  putative transcriptional regulator  36.25 
 
 
249 aa  52.4  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119584  unclonable  9.09525e-17 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4446  phage O protein family  26.9 
 
 
313 aa  52  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0401993  unclonable  0.00000000141211 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2025  hypothetical protein  24.44 
 
 
278 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0214118  normal  0.864983 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3007  hypothetical protein  25.1 
 
 
247 aa  49.7  0.00004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2872  hypothetical protein  38.89 
 
 
314 aa  49.3  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.802618  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1691  hypothetical protein  28.12 
 
 
411 aa  49.3  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.073088 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3394  putative replication protein  35.82 
 
 
285 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000899226 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1858  putative replication protein  35.82 
 
 
285 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0634038  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1970  putative replication protein  35.82 
 
 
285 aa  48.5  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.068192  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2159  replication protein  25 
 
 
274 aa  47.8  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000201859  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1672  gp60  27.78 
 
 
311 aa  47.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0382632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3621  hypothetical protein  34.34 
 
 
283 aa  46.6  0.0003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0768512  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3123  hypothetical protein  27.72 
 
 
246 aa  46.2  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00465086  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3327  hypothetical protein  40.38 
 
 
344 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1441  hypothetical protein  28.1 
 
 
269 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1059  hypothetical protein  31.01 
 
 
295 aa  46.2  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000696221  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1431  hypothetical protein  41.1 
 
 
368 aa  46.2  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.464405  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1423  hypothetical protein  28.1 
 
 
269 aa  46.2  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0244  hypothetical protein  43.48 
 
 
80 aa  45.8  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.201216  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1033  gp60  34.85 
 
 
311 aa  45.8  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1139  replication protein  32.53 
 
 
326 aa  45.8  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00398063  hitchhiker  2.1893400000000002e-24 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2497  Terminase  43.48 
 
 
455 aa  45.8  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0224039  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06400  hypothetical protein  32.65 
 
 
352 aa  45.4  0.0007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4654  hypothetical protein  39.58 
 
 
392 aa  45.4  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.467164  normal  0.232451 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0773  hypothetical protein  31.82 
 
 
249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0743  putative replication protein  31.82 
 
 
249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3612  putative replication protein  31.82 
 
 
249 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000425732  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0770  hypothetical protein  31.82 
 
 
244 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0218266  normal  0.283783 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2069  hypothetical protein  41.54 
 
 
257 aa  44.3  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0383  hypothetical protein  30.77 
 
 
333 aa  42.7  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.455969  normal  0.476132 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3746  hypothetical protein  28.8 
 
 
269 aa  42.4  0.006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6266  hypothetical protein  35 
 
 
330 aa  42.4  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3117  hypothetical protein  30.36 
 
 
197 aa  42  0.009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.240493  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>