More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0753 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0753  NADH dehydrogenase subunit H  100 
 
 
345 aa  686    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.112017  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1321  NADH dehydrogenase subunit H  87.83 
 
 
345 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.967577  normal  0.0180993 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1998  NADH dehydrogenase subunit H  82.03 
 
 
345 aa  533  1e-150  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.222188  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2522  NADH dehydrogenase subunit H  82.32 
 
 
345 aa  523  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1184  NADH dehydrogenase subunit H  82.65 
 
 
341 aa  518  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.503975  normal  0.452124 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1185  NADH dehydrogenase subunit H  75.43 
 
 
346 aa  489  1e-137  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.317431  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2239  NADH dehydrogenase subunit H  73.33 
 
 
345 aa  482  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.188746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1078  NADH dehydrogenase subunit H  62.69 
 
 
340 aa  412  1e-114  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.425523 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2052  NADH dehydrogenase subunit H  62.39 
 
 
340 aa  414  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0871855  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1012  NADH dehydrogenase subunit H  62.69 
 
 
340 aa  412  1e-114  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.850491 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1207  NADH dehydrogenase subunit H  62.69 
 
 
340 aa  412  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2581  NADH dehydrogenase subunit H  59.7 
 
 
341 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  0.135958 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2878  NADH dehydrogenase subunit H  61.49 
 
 
341 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.67433  normal  0.171106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4626  NADH dehydrogenase subunit H  63.96 
 
 
339 aa  409  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0842951 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4397  NADH dehydrogenase subunit H  66.89 
 
 
340 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2391  NADH dehydrogenase subunit H  64.88 
 
 
342 aa  402  1e-111  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.0000491536  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4133  NADH dehydrogenase subunit H  60.42 
 
 
340 aa  402  1e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.196856  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0897  NADH dehydrogenase subunit H  60.35 
 
 
347 aa  400  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.135331  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2925  NADH dehydrogenase subunit H  67.7 
 
 
342 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1360  NADH dehydrogenase subunit H  59.18 
 
 
347 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0549439  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1721  NADH dehydrogenase subunit H  59.18 
 
 
347 aa  395  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3291  NADH dehydrogenase subunit H  61.19 
 
 
341 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.347185  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1268  NADH dehydrogenase subunit H  58.6 
 
 
347 aa  397  1e-109  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.279404  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1880  NADH dehydrogenase subunit H  58.86 
 
 
356 aa  392  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.517536  normal  0.265736 
 
 
-
 
NC_004310  BR0809  NADH dehydrogenase subunit H  65.79 
 
 
347 aa  389  1e-107  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.519776  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2416  NADH dehydrogenase subunit H  65.79 
 
 
347 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.792289  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0804  NADH dehydrogenase subunit H  65.79 
 
 
347 aa  390  1e-107  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3219  NADH dehydrogenase subunit H  60.57 
 
 
337 aa  386  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2411  NADH dehydrogenase subunit H  60.9 
 
 
341 aa  384  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.21924  hitchhiker  0.00524741 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0785  NADH dehydrogenase subunit H  61.51 
 
 
348 aa  382  1e-105  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.181346  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4554  NADH dehydrogenase subunit H  57.36 
 
 
356 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.212256 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1562  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  58.79 
 
 
337 aa  378  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2213  NADH dehydrogenase subunit H  58.57 
 
 
356 aa  375  1e-103  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0909649  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1029  NADH dehydrogenase subunit H  59.04 
 
 
347 aa  376  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182867  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1362  NADH dehydrogenase subunit H  60.53 
 
 
356 aa  368  1e-101  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.736309  normal  0.1215 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3335  NADH dehydrogenase (quinone)  56.5 
 
 
341 aa  360  2e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.214759  normal  0.324573 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1302  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  54.41 
 
 
347 aa  358  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0656687  normal  0.344257 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0928  NADH dehydrogenase (quinone)  55.32 
 
 
338 aa  348  8e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.546214  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2826  NADH dehydrogenase subunit H  58.33 
 
 
357 aa  346  3e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.276364  normal  0.0731875 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0422  NADH dehydrogenase subunit H  52.58 
 
 
369 aa  330  3e-89  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00267889  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0617  NADH dehydrogenase subunit H  53.23 
 
 
367 aa  327  1.0000000000000001e-88  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  decreased coverage  0.00942155  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1749  NADH dehydrogenase (quinone)  48.94 
 
 
349 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.658277  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2054  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.63 
 
 
339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.470094  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1149  NADH dehydrogenase I chain H  51.13 
 
 
343 aa  325  9e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3628  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.67 
 
 
343 aa  320  1.9999999999999998e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.154077 
 
 
-
 
NC_002978  WD0159  NADH dehydrogenase subunit H  51.06 
 
 
341 aa  318  6e-86  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0956  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  50.47 
 
 
349 aa  318  6e-86  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0350312  normal  0.369744 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2293  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  53.1 
 
 
347 aa  318  6e-86  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2992  NADH dehydrogenase (quinone)  54.93 
 
 
348 aa  315  6e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.857355 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2558  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.18 
 
 
344 aa  312  4.999999999999999e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.59058  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1098  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.13 
 
 
366 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2698  NADH-quinone oxidoreductase chain H  47.74 
 
 
340 aa  309  5e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2829  NADH-quinone oxidoreductase chain H  47.56 
 
 
340 aa  306  4.0000000000000004e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1610  NADH dehydrogenase (ubiquinone), H subunit  45.43 
 
 
340 aa  302  6.000000000000001e-81  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0553  NADH-quinone oxidoreductase chain H  45.43 
 
 
340 aa  302  6.000000000000001e-81  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1537  NADH dehydrogenase (quinone)  47.88 
 
 
341 aa  299  5e-80  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1963  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.48 
 
 
339 aa  298  8e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.787687  normal  0.0372303 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0054  NADH dehydrogenase I, H subunit  48.43 
 
 
336 aa  297  1e-79  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2250  NADH dehydrogenase (quinone)  47.51 
 
 
341 aa  296  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.6256  hitchhiker  0.0000133524 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2623  NADH-quinone oxidoreductase, H subunit  47.51 
 
 
341 aa  296  2e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.434757  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1957  NADH dehydrogenase (quinone)  47.71 
 
 
352 aa  294  2e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.206938  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1044  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  47.54 
 
 
357 aa  288  9e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0828  NADH dehydrogenase (quinone)  47.54 
 
 
357 aa  288  1e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.508833  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0993  NADH dehydrogenase (quinone)  47.59 
 
 
354 aa  287  2e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1661  NADH dehydrogenase (quinone)  47.54 
 
 
322 aa  287  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1884  NADH dehydrogenase subunit H  45.48 
 
 
354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.499476 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2207  NADH dehydrogenase subunit H  45.48 
 
 
354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0824  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  46.99 
 
 
354 aa  286  4e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.877991  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0934  NADH dehydrogenase subunit H  43.77 
 
 
354 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.284795  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1431  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.09 
 
 
347 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3503  NADH dehydrogenase (quinone)  45.14 
 
 
358 aa  283  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3207  NADH dehydrogenase subunit H  47.25 
 
 
354 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.010712  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1068  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
354 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.393482  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0730  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
352 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0420  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
352 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1137  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
352 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.21954  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1822  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
354 aa  281  9e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01294  NADH dehydrogenase subunit H  42.9 
 
 
363 aa  281  9e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.31889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1297  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
354 aa  281  9e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1306  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
354 aa  281  9e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310295  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1350  NADH dehydrogenase subunit H  46.6 
 
 
354 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0612742  hitchhiker  0.00613103 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1442  NADH dehydrogenase subunit H  45 
 
 
333 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.583863  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2824  NADH dehydrogenase subunit H  43.2 
 
 
364 aa  281  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00869776  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0247  NADH dehydrogenase subunit H  42.82 
 
 
363 aa  280  2e-74  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2055  NADH dehydrogenase subunit H  43.08 
 
 
354 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.845348  normal  0.111844 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0276  NADH dehydrogenase subunit H  42.82 
 
 
363 aa  280  2e-74  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1500  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.44 
 
 
360 aa  280  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.407622  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3249  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  45.17 
 
 
359 aa  278  8e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.820751  normal  0.99493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1410  NADH-ubiquinone oxidoreductase, chain H  42.86 
 
 
354 aa  277  1e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0192046 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1270  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  44.2 
 
 
358 aa  277  2e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0577463  normal  0.231678 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0968  NADH dehydrogenase subunit H  42.55 
 
 
354 aa  276  3e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000216716  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1508  NADH dehydrogenase (quinone)  43.25 
 
 
352 aa  275  7e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00230102 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5173  NADH dehydrogenase (quinone)  43.75 
 
 
358 aa  275  8e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1035  NADH dehydrogenase subunit H  44.98 
 
 
355 aa  274  1.0000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.262933  normal  0.291469 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5570  NADH dehydrogenase subunit H  44.98 
 
 
355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.171146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2806  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.89 
 
 
360 aa  273  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.18008 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2280  NADH dehydrogenase subunit H  44.66 
 
 
355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.421689  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2159  NADH dehydrogenase subunit H  44.66 
 
 
355 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.367995  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2002  NADH dehydrogenase subunit H  46.93 
 
 
354 aa  273  3e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.4994  normal  0.0583966 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0964  respiratory-chain NADH dehydrogenase, subunit 1  43.89 
 
 
358 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.890655  normal  0.0815435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>