More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0463 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0463  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
263 aa  525  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4217  ABC type amino acid transport system periplasmic component protein  69.65 
 
 
265 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3756  extracellular solute-binding protein family 3  69.29 
 
 
265 aa  360  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.720347  normal  0.831757 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3102  extracellular solute-binding protein  69.67 
 
 
269 aa  360  9e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4079  extracellular solute-binding protein family 3  69.87 
 
 
265 aa  359  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.711512  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0910  extracellular solute-binding protein  62.92 
 
 
266 aa  318  7.999999999999999e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31827  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4039  extracellular solute-binding protein  59.45 
 
 
262 aa  314  7e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0395  extracellular solute-binding protein  56.64 
 
 
267 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2760  extracellular solute-binding protein  44.3 
 
 
277 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0759  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 
265 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.221068  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  34.2 
 
 
265 aa  125  9e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.77 
 
 
265 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  123  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  33.33 
 
 
265 aa  122  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0501  extracellular solute-binding protein  33.62 
 
 
281 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2357  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.56 
 
 
253 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2763  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
248 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.219891  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3298  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
254 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  32.46 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0398  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 
257 aa  110  3e-23  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.00000000444097  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3158  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 
250 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0137955  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1487  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 
250 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1495  glutamine ABC transporter periplasmic protein  32.03 
 
 
247 aa  110  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000566563  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3272  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.01 
 
 
250 aa  109  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1406  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 
250 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.584446  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2098  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 
250 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.230871  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0727  extracellular solute-binding protein  30 
 
 
264 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00114827  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 
250 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1126  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.4 
 
 
250 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  30.08 
 
 
266 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1773  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.47 
 
 
247 aa  107  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000148695  normal  0.114873 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1600  glutamine ABC transporter periplasmic protein  31.47 
 
 
247 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  28.74 
 
 
265 aa  107  3e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1961  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.71 
 
 
250 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.40948  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  29.96 
 
 
266 aa  105  8e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  29.96 
 
 
266 aa  105  8e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  29.96 
 
 
285 aa  105  9e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  29.96 
 
 
266 aa  105  9e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  29.96 
 
 
266 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  29.96 
 
 
285 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  29.96 
 
 
266 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  30.74 
 
 
247 aa  104  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0800  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.63 
 
 
256 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38805  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0419  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  29.74 
 
 
260 aa  103  3e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000266261  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1132  extracellular solute-binding protein  32.3 
 
 
240 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0869  extracellular solute-binding protein  31.03 
 
 
241 aa  102  6e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3045  extracellular solute-binding protein  29.6 
 
 
252 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.29813  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  30.4 
 
 
266 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  30.4 
 
 
266 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  30.4 
 
 
266 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4928  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
250 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0454768  hitchhiker  0.0000000841601 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  30.4 
 
 
266 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_362  amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.31 
 
 
260 aa  100  2e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.000000000000733431  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  30.4 
 
 
266 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2002  extracellular solute-binding protein family 3  29.49 
 
 
302 aa  100  3e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.167195  normal  0.663907 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1231  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
260 aa  100  3e-20  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.62778 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4284  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.6 
 
 
250 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4082  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.6 
 
 
250 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.314608  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3441  glutamine ABC transporter periplasmic protein  30.6 
 
 
250 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0372  ABC basic amino acid transporter, solute-binding protein  29 
 
 
241 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0429  extracellular solute-binding protein family 3  30.45 
 
 
283 aa  99.4  5e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2016  extracellular solute-binding protein  29 
 
 
241 aa  99.4  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.504663  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0925  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.25 
 
 
248 aa  99  6e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0376492  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  30.6 
 
 
263 aa  99.4  6e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1459  extracellular solute-binding protein family 3  29.06 
 
 
246 aa  99  8e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3473  extracellular solute-binding protein  32.51 
 
 
263 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.71315  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3742  ABC amino acid transporter, periplasmic binding protein  32.51 
 
 
263 aa  98.2  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.126223  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
264 aa  97.8  1e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  29.52 
 
 
263 aa  97.8  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0724  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.531273  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0866  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.717155  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1345  extracellular solute-binding protein family 3  28.03 
 
 
244 aa  97.4  2e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.706269 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2391  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.96 
 
 
248 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0957  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0849319  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0978  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0375425  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.49 
 
 
503 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0894  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3406  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  28.08 
 
 
251 aa  97.1  3e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.940811  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2537  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  97.1  3e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3136  extracellular solute-binding protein  29.29 
 
 
257 aa  97.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.598939  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3699  glutamine ABC transporter periplasmic protein  28.69 
 
 
248 aa  96.3  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0756284  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1959  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 
222 aa  96.3  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.553895 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  30.47 
 
 
502 aa  96.3  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00778  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2831  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0546212  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1298  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
247 aa  96.3  5e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219686  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00795  hypothetical protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2832  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.220182  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0960  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000163371  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0835  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000431676  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  30.47 
 
 
502 aa  96.3  5e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0867  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000156347  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0880  glutamine ABC transporter periplasmic protein  29.3 
 
 
248 aa  96.3  5e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000245333  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  27.1 
 
 
264 aa  95.9  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>