More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0277 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0277  30S ribosomal protein S13  100 
 
 		 122 aa  246  9e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.630615 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0615  30S ribosomal protein S13  92.62 
 
 		 122 aa  228  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0307  30S ribosomal protein S13  87.7 
 
 		 147 aa  222  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.322221 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1737  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 		 122 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2512  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 		 122 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0383  30S ribosomal protein S13  86.07 
 
 		 122 aa  208  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.087289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0782  30S ribosomal protein S13  83.61 
 
 		 122 aa  201  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.630132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1865  30S ribosomal protein S13  81.15 
 
 		 122 aa  196  9e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1978  30S ribosomal protein S13  81.97 
 
 		 122 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.234  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1211  30S ribosomal protein S13  81.97 
 
 		 122 aa  196  1.0000000000000001e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1174  30S ribosomal protein S13  81.97 
 
 		 122 aa  196  1.0000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.119406  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2758  ribosomal protein S13  81.97 
 
 		 122 aa  195  2.0000000000000003e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.221978 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1354  30S ribosomal protein S13  81.15 
 
 		 122 aa  194  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0146999  normal  0.399807 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1008  30S ribosomal protein S13  81.15 
 
 		 122 aa  193  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.836667  normal  0.0493097 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0331  30S ribosomal protein S13  81.15 
 
 		 122 aa  193  8.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2142  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2457  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2179  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.980549  normal  0.303897 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1930  30S ribosomal protein S13  81.15 
 
 		 122 aa  192  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.427555  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1452  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  191  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0642708  normal  0.430095 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1328  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 		 122 aa  189  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.74324 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2317  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572032  normal  0.403503 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1656  30S ribosomal protein S13  79.51 
 
 		 122 aa  189  1e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.819734  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1773  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  189  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.540759  normal  0.275864 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5048  30S ribosomal protein S13  79.51 
 
 		 122 aa  188  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0590197  normal  0.99624 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3162  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.548712  normal  0.297498 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1636  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 		 122 aa  189  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556196  normal  0.0187712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3644  30S ribosomal protein S13  80.33 
 
 		 122 aa  188  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.17106  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2529  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 		 122 aa  188  2.9999999999999997e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.186837  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2036  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 		 122 aa  187  5e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.818597  normal  0.51135 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2989  30S ribosomal protein S13  78.69 
 
 		 122 aa  186  7e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.183417 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0720  30S ribosomal protein S13  77.05 
 
 		 122 aa  186  8e-47  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.401773  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4776  ribosomal protein S13  78.69 
 
 		 122 aa  186  8e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000216682 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2988  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 		 125 aa  186  1e-46  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.24286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2194  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 		 122 aa  186  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.122574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3426  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 		 122 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.968346  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1386  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 		 122 aa  184  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35161 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2666  30S ribosomal protein S13  77.05 
 
 		 122 aa  184  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1567  30S ribosomal protein S13  77.87 
 
 		 122 aa  184  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0795251  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1924  30S ribosomal protein S13  72.95 
 
 		 125 aa  181  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.38502  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0567  30S ribosomal protein S13  75.41 
 
 		 122 aa  179  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.625639 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0869  30S ribosomal protein S13  70.49 
 
 		 122 aa  168  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000182214  hitchhiker  0.00600411 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0703  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 		 122 aa  168  2e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000885174  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1370  ribosomal protein S13  66.39 
 
 		 122 aa  167  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0625987  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2594  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 		 126 aa  166  1e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0246557  normal  0.889591 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1579  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 		 124 aa  165  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743687  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2882  30S ribosomal protein S13  66.39 
 
 		 126 aa  165  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.617187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2042  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 		 123 aa  164  4e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00070968  hitchhiker  0.000175358 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0423  ribosomal protein S13  65.57 
 
 		 125 aa  164  5e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1935  30S ribosomal protein S13  65 
 
 		 127 aa  163  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.610956 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2686  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 		 122 aa  162  1.0000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000961805  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0591  30S ribosomal protein S13  69.11 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000407723  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0650  30S ribosomal protein S13  64.75 
 
 		 122 aa  162  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.221495  hitchhiker  0.00000484055 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0430  30S ribosomal protein S13  68.29 
 
 		 123 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1158  ribosomal protein S13  64.75 
 
 		 125 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.000034359  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0957  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 		 122 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.787526  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1742  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 		 122 aa  162  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0498579  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3304  30S ribosomal protein S13  63.93 
 
 		 122 aa  162  2.0000000000000002e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0001925 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1089  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 		 122 aa  161  3e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0717686  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2834  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 		 122 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.161157  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1136  ribosomal protein S13  59.84 
 
 		 122 aa  158  2e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000957458  normal  0.0444923 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2234  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 		 122 aa  157  4e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0102  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 		 122 aa  157  4e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.158693 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1843  30S ribosomal protein S13  65.57 
 
 		 126 aa  157  5e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.911295 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2752  30S ribosomal protein S13  61.48 
 
 		 123 aa  157  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0683  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 		 122 aa  157  6e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0342  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 		 121 aa  157  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.158727  hitchhiker  0.00039866 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1957  30S ribosomal protein S13  62.71 
 
 		 128 aa  156  7e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1922  30S ribosomal protein S13  62.71 
 
 		 128 aa  156  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2042  30S ribosomal protein S13  62.5 
 
 		 128 aa  156  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.643752  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3672  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 		 122 aa  156  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0725  30S ribosomal protein S13  62.3 
 
 		 122 aa  156  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.848573  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0253  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1214  30S ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 126 aa  155  2e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00698597 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0789  30S ribosomal protein S13  65.81 
 
 		 125 aa  155  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0549018  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0344  30S ribosomal protein S13  64.96 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000253424  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0892  30S ribosomal protein S13  63.11 
 
 		 122 aa  155  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000000337976  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0221  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224904  unclonable  0.0000000000165465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0216  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000313091  hitchhiker  0.00577803 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0221  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000205657  unclonable  0.0000000000430972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0235  30S ribosomal protein S13  68.38 
 
 		 118 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000771174  unclonable  0.00000829235 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0981  30S ribosomal protein S13  65.81 
 
 		 118 aa  154  3e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000395911  hitchhiker  0.00390271 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2131  30S ribosomal protein S13  59.84 
 
 		 122 aa  154  4e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0523363  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0590  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 		 126 aa  154  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.635023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3737  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000000153865  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0302  30S ribosomal protein S13  65.29 
 
 		 120 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000420412  hitchhiker  0.0000142456 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0192  30S ribosomal protein S13  65.81 
 
 		 118 aa  153  6e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000000985744  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0250  ribosomal protein S13  59.84 
 
 		 123 aa  154  6e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000527618  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0218  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000881294  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4034  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000102079  unclonable  0.00000000000266347 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4148  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000162209  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0170  30S ribosomal protein S13  65.81 
 
 		 118 aa  153  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000107267  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2307  30S ribosomal protein S13  60.66 
 
 		 122 aa  153  7e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00023627  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0221  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  153  7e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000000185697  normal  0.027536 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0342  30S ribosomal protein S13  63.64 
 
 		 120 aa  153  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000749433  unclonable  0.0000000390706 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0206  30S ribosomal protein S13  66.67 
 
 		 118 aa  153  8e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000458575  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01420  ribosomal protein S13  61.86 
 
 		 122 aa  152  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000243035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0427  30S ribosomal protein S13  65.81 
 
 		 118 aa  152  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.137933 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4937  30S ribosomal protein S13  62.6 
 
 		 127 aa  152  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000115792  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2807  ribosomal protein S13  58.2 
 
 		 122 aa  152  1e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000334253  hitchhiker  0.00000000478637 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>