More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0245 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0245  30S ribosomal protein S10  100 
 
 		 104 aa  211  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.814405  normal  0.941593 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0758  30S ribosomal protein S10  97.06 
 
 		 102 aa  204  4e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.389687  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0275  30S ribosomal protein S10  96.08 
 
 		 106 aa  201  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0582  30S ribosomal protein S10  98 
 
 		 103 aa  200  5e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1715  30S ribosomal protein S10  93.14 
 
 		 102 aa  197  3e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.380329  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0360  30S ribosomal protein S10  93.14 
 
 		 102 aa  197  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2535  30S ribosomal protein S10  93.14 
 
 		 102 aa  197  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.112296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2689  30S ribosomal protein S10  89.22 
 
 		 102 aa  187  5e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.283235  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3449  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.852431 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5071  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.755306 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1363  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.562313 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2294  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.335659 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3668  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3185  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1544  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  186  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1353  30S ribosomal protein S10  88.24 
 
 		 102 aa  185  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.777643  normal  0.0177608 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1796  SSU ribosomal protein S10P  87.25 
 
 		 104 aa  184  3e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.13057  normal  0.040484 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2735  ribosomal protein S10  87.25 
 
 		 102 aa  184  4e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.796099  normal  0.119445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1678  30S ribosomal protein S10  87.25 
 
 		 102 aa  184  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.196634  hitchhiker  0.0000449756 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1839  30S ribosomal protein S10  87.25 
 
 		 102 aa  183  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.051766  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0581  30S ribosomal protein S10  87.25 
 
 		 102 aa  183  7e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0985  30S ribosomal protein S10  86.27 
 
 		 102 aa  183  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.547253  normal  0.0405609 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1429  30S ribosomal protein S10  85.29 
 
 		 102 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0117668  normal  0.0108914 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1331  30S ribosomal protein S10  85.29 
 
 		 102 aa  182  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.104333  normal  0.0980723 
 
 
-
 
NC_004310  BR1234  30S ribosomal protein S10  85.29 
 
 		 102 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.159706  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1955  30S ribosomal protein S10  85.29 
 
 		 102 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158653  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1907  30S ribosomal protein S10  84.31 
 
 		 102 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000187857  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1197  30S ribosomal protein S10  85.29 
 
 		 102 aa  182  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.56445  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0354  30S ribosomal protein S10  84.31 
 
 		 102 aa  181  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1947  30S ribosomal protein S10  86.27 
 
 		 102 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2439  30S ribosomal protein S10  84.31 
 
 		 102 aa  181  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0697  ribosomal protein S10  83.33 
 
 		 102 aa  181  3e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000000000581864  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0665  ribosomal protein S10  83.33 
 
 		 102 aa  181  3e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232715  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2122  30S ribosomal protein S10  84.31 
 
 		 102 aa  181  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.854148  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2161  30S ribosomal protein S10  84.31 
 
 		 102 aa  181  3e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.589096 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1679  30S ribosomal protein S10  86.27 
 
 		 102 aa  181  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00213683  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2965  30S ribosomal protein S10  86.27 
 
 		 102 aa  181  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118126  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1613  30S ribosomal protein S10  87.25 
 
 		 102 aa  179  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.215544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2217  30S ribosomal protein S10  83.33 
 
 		 102 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.507157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2819  30S ribosomal protein S10  80.39 
 
 		 103 aa  174  4e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.662958 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0846  SSU ribosomal protein S10P  80.39 
 
 		 103 aa  173  6e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000264723  decreased coverage  0.00000947215 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1354  30S ribosomal protein S10  80.39 
 
 		 103 aa  172  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.546745  normal  0.0408576 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0679  30S ribosomal protein S10  81.37 
 
 		 102 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330255  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0718  30S ribosomal protein S10  80.39 
 
 		 103 aa  170  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000141431  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1345  30S ribosomal protein S10  80.39 
 
 		 102 aa  169  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.312234  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1911  30S ribosomal protein S10  79.21 
 
 		 101 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.253834 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2018  30S ribosomal protein S10  79.21 
 
 		 101 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1933  30S ribosomal protein S10  79.21 
 
 		 101 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1946  30S ribosomal protein S10  79.21 
 
 		 101 aa  169  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0700  30S ribosomal protein S10  79.41 
 
 		 102 aa  168  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000505972  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00729  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 		 103 aa  166  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4277  ribosomal protein S10  77.45 
 
 		 103 aa  166  1e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000346918  unclonable  0.00000000000359419 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001743  SSU ribosomal protein S10p (S20e)  77.45 
 
 		 103 aa  166  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000127695  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2858  30S ribosomal protein S10  79.41 
 
 		 102 aa  165  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.800784  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0625  30S ribosomal protein S10  79.41 
 
 		 102 aa  165  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000558853  hitchhiker  0.0000000000000328358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3298  30S ribosomal protein S10  76.7 
 
 		 103 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.0000231204  hitchhiker  0.000170279 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2951  30S ribosomal protein S10  76.7 
 
 		 103 aa  164  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00000133875  hitchhiker  0.000000722255 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1248  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  164  2.9999999999999998e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2175  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  163  5.9999999999999996e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000032436  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3329  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 		 102 aa  163  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000189761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0932  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 		 102 aa  163  5.9999999999999996e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0025936  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3339  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  6.9999999999999995e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000104246  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3645  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000475308  hitchhiker  0.0000000000162231 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0313  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000233009  normal  0.0207604 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2841  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000513436  normal  0.19032 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0248  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000127153  normal  0.202124 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3170  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000357931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2633  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000272648  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3777  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000424797  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3446  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000122515  normal  0.0314834 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3069  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000998747  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2760  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000915461  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3747  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000000016598  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3805  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00677019  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0275  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000312385  normal  0.114579 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0266  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00303963  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3477  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000483294  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1923  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000013045  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0347  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0012099  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0326  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  163  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00113902  normal  0.0302801 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3020  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 104 aa  162  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000044729  hitchhiker  0.00550197 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3865  30S ribosomal protein S10  73.79 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0625  ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.000000466292  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0052  30S ribosomal protein S10  75.73 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000149229  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4549  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000213954  normal  0.0597614 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0766  30S ribosomal protein S10  77.45 
 
 		 102 aa  162  1.0000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.300244  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0420  SSU ribosomal protein S10P  76.47 
 
 		 103 aa  162  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00124832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0483  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.000151275  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0453  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0704355  unclonable  0.000000189493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0486  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000131122  normal  0.0380301 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5080  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000793453  normal  0.270334 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0319  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 		 103 aa  162  2.0000000000000002e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0188597  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0959  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 		 103 aa  162  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000233604  unclonable  0.00000000572443 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4750  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  161  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000671466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3181  30S ribosomal protein S10  74.51 
 
 		 102 aa  161  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000486821  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0404  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 		 102 aa  161  3e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000000016581  normal  0.139805 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0278  30S ribosomal protein S10  75.49 
 
 		 102 aa  161  3e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000078248  unclonable  0.0000000940306 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08840  30S ribosomal protein S10  76.47 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000352676  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3444  30S ribosomal protein S10  73.79 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.000018475  normal  0.343621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1554  30S ribosomal protein S10  74.51 
 
 		 103 aa  161  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.0000633059  normal  0.961708 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>