211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0218 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0218  major facilitator transporter  100 
 
 
369 aa  700    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.851402  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3597  major facilitator transporter  46.39 
 
 
387 aa  250  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2486  major facilitator transporter  45.62 
 
 
385 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.576024 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0828  major facilitator transporter  45.62 
 
 
385 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5723  major facilitator superfamily MFS_1  29.14 
 
 
378 aa  126  6e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1100  major facilitator transporter  34.19 
 
 
386 aa  122  7e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0923  major facilitator superfamily MFS_1  29.92 
 
 
385 aa  122  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.174621  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0461  major facilitator superfamily MFS_1  32.69 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3589  transporter, putative  32.85 
 
 
383 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18660  hypothetical protein  33.33 
 
 
383 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.166024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1615  hypothetical protein  33.04 
 
 
383 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5733  major facilitator superfamily MFS_1  32.37 
 
 
394 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.594753  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5020  major facilitator superfamily MFS_1  28.03 
 
 
390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850855  normal  0.118195 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1165  major facilitator superfamily MFS_1  27.95 
 
 
387 aa  112  9e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.104586 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1853  putative transporter  31.71 
 
 
417 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.117056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3360  major facilitator transporter  33.33 
 
 
383 aa  111  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0738289  normal  0.406179 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6269  major facilitator superfamily MFS_1  29.25 
 
 
394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.280386  normal  0.421192 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1552  major facilitator superfamily MFS_1  28.16 
 
 
386 aa  109  6e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5300  major facilitator superfamily MFS_1  31.78 
 
 
394 aa  109  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3265  major facilitator transporter  31.64 
 
 
384 aa  109  8.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.025013  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8644  major facilitator superfamily MFS_1  30.43 
 
 
407 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.700499 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5362  major facilitator superfamily MFS_1  29.23 
 
 
403 aa  108  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2151  major facilitator superfamily MFS_1  27.37 
 
 
388 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000894415  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3423  major facilitator superfamily MFS_1  29.66 
 
 
402 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0909  major facilitator superfamily MFS_1  30.7 
 
 
377 aa  107  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4331  MFS permease  30.59 
 
 
384 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6975  major facilitator transporter  31.75 
 
 
385 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.868376  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1180  major facilitator transporter  33.43 
 
 
393 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.260259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4432  major facilitator transporter  32.54 
 
 
388 aa  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00669065 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4705  major facilitator superfamily MFS_1  32.78 
 
 
470 aa  104  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00787464  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1567  major facilitator transporter  31.42 
 
 
392 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.251372 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1512  major facilitator transporter  31.2 
 
 
385 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6317  major facilitator transporter  31.2 
 
 
385 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.384124 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1860  major facilitator superfamily MFS_1  31.52 
 
 
385 aa  100  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3330  major facilitator transporter  31.52 
 
 
391 aa  100  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0434  major facilitator transporter  32.64 
 
 
441 aa  100  6e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3134  major facilitator transporter  28.34 
 
 
396 aa  99.8  7e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1877  major facilitator superfamily MFS_1  30.35 
 
 
392 aa  98.6  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1167  major facilitator transporter  24.86 
 
 
405 aa  98.6  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0585  putative transport transmembrane protein  27.25 
 
 
408 aa  97.4  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2159  major facilitator superfamily MFS_1  28.07 
 
 
391 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0853792  normal  0.5938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3832  major facilitator superfamily MFS_1  29.39 
 
 
397 aa  97.4  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0602  major facilitator superfamily MFS_1  31.51 
 
 
413 aa  96.7  5e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.101866  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15630  hypothetical protein  27.83 
 
 
432 aa  96.7  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0399318  hitchhiker  3.8947399999999994e-20 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3782  major facilitator transporter  31.86 
 
 
383 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1109  major facilitator superfamily MFS_1  28.49 
 
 
389 aa  95.9  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0848827  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2808  major facilitator superfamily MFS_1  26.57 
 
 
398 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.794185  normal  0.146653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1715  putative transporter  25.51 
 
 
397 aa  94.4  3e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12450  Major Facilitator Superfamily transporter  28.95 
 
 
428 aa  94  4e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0744182  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4953  major facilitator superfamily MFS_1  28.77 
 
 
465 aa  94  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2920  major facilitator transporter  29.85 
 
 
382 aa  93.2  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.146582 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4160  major facilitator superfamily MFS_1  29.57 
 
 
396 aa  93.2  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1509  major facilitator superfamily MFS_1  27.03 
 
 
387 aa  93.2  7e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1162  major facilitator transporter  29.97 
 
 
384 aa  92.8  8e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.019331  normal  0.470763 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0503  major facilitator superfamily MFS_1  26.46 
 
 
369 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2244  major facilitator transporter  31.56 
 
 
400 aa  92  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.802988 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1769  major facilitator transporter  28.3 
 
 
388 aa  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.632189  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1070  putative transporter  30.25 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.44302  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3400  major facilitator transporter  29.03 
 
 
400 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0062  putative transporter  30.25 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1471  major facilitator superfamily transporter  27.11 
 
 
392 aa  91.3  3e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.490092  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0357  putative transporter  30.25 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.39371  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1735  major facilitator superfamily permease  30.25 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1647  major facilitator family transporter  30.25 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1229  putative transporter  30.25 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.277921  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2285  major facilitator transporter  22.16 
 
 
386 aa  90.5  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1121  major facilitator transporter  25.74 
 
 
397 aa  90.1  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3207  major facilitator superfamily MFS_1  28.13 
 
 
389 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0490  major facilitator superfamily MFS_1  26.49 
 
 
383 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.300495 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1792  major facilitator superfamily MFS_1  30.75 
 
 
386 aa  89.7  8e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0367  putative transporter  29.49 
 
 
462 aa  89.4  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0228  putative transport protein  29.97 
 
 
378 aa  89.4  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402008  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2088  major facilitator superfamily MFS_1  29.81 
 
 
398 aa  89.4  1e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1030  major facilitator transporter  29.65 
 
 
411 aa  88.2  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7621  major facilitator superfamily permease  30.57 
 
 
398 aa  87.4  4e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.262333 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4432  major facilitator transporter  30.14 
 
 
419 aa  87.4  4e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2374  major facilitator superfamily MFS_1  30.57 
 
 
401 aa  87  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1499  major facilitator superfamily MFS_1  29.21 
 
 
379 aa  87  5e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.276684  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1792  major facilitator superfamily protein  30 
 
 
403 aa  87  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3084  major facilitator superfamily MFS_1  28.25 
 
 
415 aa  86.7  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.11728  normal  0.436987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4332  major facilitator transporter  25.8 
 
 
400 aa  86.3  8e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.823836 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2631  twin-arginine translocation pathway signal  33.33 
 
 
352 aa  85.9  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.774949  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4261  major facilitator superfamily MFS_1  29.64 
 
 
427 aa  85.5  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.426527  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5894  major facilitator transporter  32.97 
 
 
389 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1181  transporter, putative  29.65 
 
 
377 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.510237  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2952  major facilitator superfamily MFS_1  29.09 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3238  major facilitator transporter  28.7 
 
 
373 aa  84  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2464  major facilitator superfamily MFS_1  24.6 
 
 
387 aa  84  0.000000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.163506  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2563  major facilitator superfamily MFS_1  27.65 
 
 
430 aa  83.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.134659  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1885  putative integral membrane protein  28.16 
 
 
403 aa  83.2  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31500  fucose permease  29.1 
 
 
404 aa  82.8  0.00000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1953  major facilitator superfamily MFS_1  29.8 
 
 
411 aa  82.4  0.00000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0177432  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2537  major facilitator transporter  30.36 
 
 
404 aa  82.4  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.274022  normal  0.434493 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0114  major facilitator transporter  28.33 
 
 
403 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3571  major facilitator superfamily MFS_1  34.66 
 
 
408 aa  81.6  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000688855  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3086  major facilitator superfamily MFS_1  31.03 
 
 
391 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.269541 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2868  major facilitator transporter  29.58 
 
 
399 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2912  major facilitator superfamily transporter  29.58 
 
 
399 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.452412  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2898  major facilitator transporter  29.58 
 
 
399 aa  80.5  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.681989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4303  major facilitator superfamily MFS_1  30.2 
 
 
433 aa  80.9  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.530625  normal  0.111618 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>