More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0112 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_4013  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.61 
 
 
636 aa  645    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
634 aa  1288    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2216  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  55.85 
 
 
640 aa  623  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2280  PAS sensor hybrid histidine kinase  56.21 
 
 
640 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0955  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  56.21 
 
 
640 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.872977  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.45 
 
 
626 aa  604  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.928233  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0225  PAS  34.04 
 
 
673 aa  337  5e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3281  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.84 
 
 
680 aa  324  3e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3375  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.84 
 
 
714 aa  316  7e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.25 
 
 
676 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3589  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
652 aa  275  1.0000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.89 
 
 
851 aa  175  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  28.89 
 
 
851 aa  174  3.9999999999999995e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  28.7 
 
 
851 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.23 
 
 
662 aa  171  4e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  29.47 
 
 
695 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4260  sensor histidine kinase/response regulator  32.71 
 
 
669 aa  165  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1809  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.06 
 
 
927 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.295908 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.04 
 
 
673 aa  164  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1028  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.04 
 
 
870 aa  163  8.000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.636365 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.94 
 
 
740 aa  162  2e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.92 
 
 
795 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524225  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2024  fused PAS sensor histidine kinase protein and response regulator  31.07 
 
 
1005 aa  162  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00627468  normal  0.216163 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4307  multi-sensor hybrid histidine kinase  30 
 
 
806 aa  162  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.767019  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3692  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.7 
 
 
951 aa  161  3e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.408416  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.61 
 
 
727 aa  160  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1276  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.7 
 
 
642 aa  160  7e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6615  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.58 
 
 
660 aa  160  7e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0224174  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2181  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 
712 aa  160  8e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.113069  normal  0.344517 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  28.12 
 
 
646 aa  159  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.45 
 
 
741 aa  159  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2377  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
688 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 
1089 aa  158  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.03 
 
 
999 aa  158  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3546  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.64 
 
 
688 aa  158  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36 
 
 
1050 aa  157  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5603  hypothetical protein  32.46 
 
 
756 aa  157  4e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.17 
 
 
1165 aa  157  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.49 
 
 
1022 aa  156  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2228  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.23 
 
 
688 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.899414 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3211  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.36 
 
 
696 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.7085  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.09 
 
 
1036 aa  156  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0018  ATPase domain-containing protein  31.99 
 
 
681 aa  155  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.434302  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0019  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.99 
 
 
681 aa  155  2e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.746553  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  30.47 
 
 
695 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2725  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.2 
 
 
834 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0569323  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.7 
 
 
943 aa  154  4e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.24 
 
 
957 aa  154  4e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 
807 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.64 
 
 
632 aa  154  5.9999999999999996e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 
822 aa  154  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0038  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.49 
 
 
681 aa  154  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0323591 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6442  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.07 
 
 
688 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.381857  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.73 
 
 
762 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3549  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.83 
 
 
702 aa  153  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  30.17 
 
 
726 aa  152  1e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  29 
 
 
812 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.75 
 
 
1086 aa  153  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.75 
 
 
1381 aa  153  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2947  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.67 
 
 
642 aa  153  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48160  putative sensor/response regulator hybrid  29.04 
 
 
858 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.63 
 
 
689 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.800994 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 
789 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.51 
 
 
789 aa  150  5e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0134  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
682 aa  150  6e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.574481  normal  0.0374693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4456  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.79 
 
 
1415 aa  150  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  27.44 
 
 
646 aa  150  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
998 aa  150  7e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1893  LOV-regulator, Blue-light sensing  32.12 
 
 
920 aa  150  8e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.423791  normal  0.136547 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  33.25 
 
 
847 aa  150  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3362  PAS sensor protein  31.03 
 
 
678 aa  150  8e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.34 
 
 
743 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 
810 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6354  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.43 
 
 
699 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.82 
 
 
1095 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.03 
 
 
1134 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.66 
 
 
845 aa  148  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  27.52 
 
 
949 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.49 
 
 
711 aa  148  3e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 
916 aa  148  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.52 
 
 
949 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.02 
 
 
943 aa  148  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.61 
 
 
905 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.51 
 
 
637 aa  147  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.48 
 
 
827 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.82 
 
 
1092 aa  147  6e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0290  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 
758 aa  147  6e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.312795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2229  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.5 
 
 
553 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.638317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3545  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.82 
 
 
553 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.70141  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.3 
 
 
913 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  35.82 
 
 
1086 aa  147  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.25 
 
 
933 aa  146  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1939  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.37 
 
 
691 aa  146  9e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0201512 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.94 
 
 
845 aa  146  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.43 
 
 
1105 aa  146  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3668  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.69 
 
 
653 aa  146  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0873112  normal  0.0648404 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  28.57 
 
 
793 aa  146  1e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.79 
 
 
589 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3021  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 
812 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.510865  normal  0.160517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4151  sensor histidine kinase/response regulator hybrid  35.94 
 
 
571 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.579562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>