More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0102 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0363  DNA mismatch repair protein  71.43 
 
 		 621 aa  850    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2933  DNA mismatch repair protein  69.5 
 
 		 612 aa  826    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2758  DNA mismatch repair protein  68.85 
 
 		 616 aa  818    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0293  DNA mismatch repair protein  56.54 
 
 		 602 aa  651    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1095  DNA mismatch repair protein  69.33 
 
 		 632 aa  826    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045837  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2713  DNA mismatch repair protein  68.01 
 
 		 606 aa  812    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4062  DNA mismatch repair protein  55.91 
 
 		 643 aa  653    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2946  DNA mismatch repair protein  55.97 
 
 		 629 aa  647    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4047  DNA mismatch repair protein  69.85 
 
 		 610 aa  844    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0102  DNA mismatch repair protein  100 
 
 		 644 aa  1292    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0441  DNA mismatch repair protein  55.59 
 
 		 620 aa  627  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0218  DNA mismatch repair protein  52.92 
 
 		 623 aa  622  1e-177  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0787206  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0198  DNA mismatch repair protein  52.92 
 
 		 623 aa  622  1e-177  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3049  DNA mismatch repair protein  53.46 
 
 		 626 aa  622  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0428  DNA mismatch repair protein  54.15 
 
 		 605 aa  625  1e-177  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329312  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0616  DNA mismatch repair protein  52.86 
 
 		 633 aa  609  1e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0800065 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0496  DNA mismatch repair protein  53.7 
 
 		 600 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0539  DNA mismatch repair protein  53.39 
 
 		 600 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0895  DNA mismatch repair protein  52.75 
 
 		 617 aa  595  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380086  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7371  DNA mismatch repair protein MutL  53.82 
 
 		 621 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0061  DNA mismatch repair protein MutL  52.31 
 
 		 648 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4176  DNA mismatch repair protein  51.59 
 
 		 597 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4032  DNA mismatch repair protein  51.83 
 
 		 597 aa  589  1e-167  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.733731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1201  DNA mismatch repair protein  49.37 
 
 		 611 aa  589  1e-167  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.894444  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2548  DNA mismatch repair protein  52.14 
 
 		 603 aa  587  1e-166  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4632  DNA mismatch repair protein MutL  52.22 
 
 		 661 aa  585  1e-166  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.56362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1389  DNA mismatch repair protein  51.57 
 
 		 599 aa  586  1e-166  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41073  normal  0.777612 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1703  DNA mismatch repair protein  50.39 
 
 		 618 aa  587  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.346146  normal  0.342232 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4265  DNA mismatch repair protein MutL  51.45 
 
 		 687 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.221737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4855  DNA mismatch repair protein  51.11 
 
 		 595 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6625  DNA mismatch repair protein MutL  53.32 
 
 		 641 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.406254  normal  0.264989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4780  DNA mismatch repair protein MutL  51.36 
 
 		 671 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.131576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3169  DNA mismatch repair protein  50.16 
 
 		 603 aa  578  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.484911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2869  DNA mismatch repair protein MutL  51.58 
 
 		 605 aa  569  1e-161  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3054  DNA mismatch repair protein  50 
 
 		 643 aa  552  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0230443  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1011  DNA mismatch repair protein MutL  50.16 
 
 		 637 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.266056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0491  DNA mismatch repair protein  48.32 
 
 		 594 aa  540  9.999999999999999e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0595243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2127  DNA mismatch repair protein  47.07 
 
 		 603 aa  521  1e-146  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1626  DNA mismatch repair protein  49.84 
 
 		 603 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.951242 
 
 
-
 
NC_002978  WD1306  DNA mismatch repair protein  43.32 
 
 		 608 aa  488  1e-136  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.66007  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1040  DNA mismatch repair protein MutL  43.91 
 
 		 632 aa  482  1e-135  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2669  DNA mismatch repair protein  41.88 
 
 		 630 aa  473  1e-132  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.680786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2771  DNA mismatch repair protein  42.33 
 
 		 629 aa  466  9.999999999999999e-131  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0884  DNA mismatch repair protein  38.88 
 
 		 673 aa  464  1e-129  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.277202  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1692  DNA mismatch repair protein  43.33 
 
 		 611 aa  458  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0633  DNA mismatch repair protein  43.95 
 
 		 623 aa  456  1e-127  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00410  DNA mismatch repair protein  42.04 
 
 		 625 aa  449  1e-125  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07520  DNA mismatch repair protein  43.07 
 
 		 641 aa  449  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0509  DNA mismatch repair protein  41.36 
 
 		 598 aa  446  1.0000000000000001e-124  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.587743  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4948  DNA mismatch repair protein  41.88 
 
 		 632 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167425  normal  0.037125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4896  DNA mismatch repair protein  41.84 
 
 		 632 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4772  DNA mismatch repair protein  41.56 
 
 		 633 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0521  DNA mismatch repair protein  42.81 
 
 		 635 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525121  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1144  DNA mismatch repair protein MutL  42.99 
 
 		 616 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.513301  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4687  DNA mismatch repair protein  40.42 
 
 		 633 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1275  DNA mismatch repair protein  41.65 
 
 		 644 aa  440  9.999999999999999e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2634  DNA mismatch repair protein  39.38 
 
 		 641 aa  442  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00330895  unclonable  0.0000000000120627 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0628  DNA mismatch repair protein MutL  44.75 
 
 		 582 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.100256  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65350  DNA mismatch repair protein  41.94 
 
 		 633 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4944  DNA mismatch repair protein MutL  41.05 
 
 		 645 aa  436  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5675  DNA mismatch repair protein  42.1 
 
 		 633 aa  438  1e-121  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0570  DNA mismatch repair protein  40.59 
 
 		 648 aa  434  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.963062 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2754  DNA mismatch repair protein  42.3 
 
 		 634 aa  435  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0895  DNA mismatch repair protein MutL  42.63 
 
 		 611 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2002  DNA mismatch repair protein  41.81 
 
 		 619 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0845  DNA mismatch repair protein  40.29 
 
 		 574 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00243998  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1186  DNA mismatch repair protein  40.45 
 
 		 575 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00913008  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0571  DNA mismatch repair protein MutL  41.63 
 
 		 636 aa  427  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.707368  hitchhiker  0.00000000963067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1384  DNA mismatch repair protein MutL  40.29 
 
 		 613 aa  423  1e-117  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.664684 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2081  DNA mismatch repair protein  41.11 
 
 		 621 aa  422  1e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1304  DNA mismatch repair protein  38.95 
 
 		 628 aa  416  9.999999999999999e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0761454  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2908  DNA mismatch repair protein  39.88 
 
 		 655 aa  417  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2563  DNA mismatch repair protein  40.55 
 
 		 636 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0494  DNA mismatch repair protein MutL  42.59 
 
 		 626 aa  412  1e-113  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.220055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3164  DNA mismatch repair protein MutL  40.98 
 
 		 615 aa  411  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2001  DNA mismatch repair protein  39.9 
 
 		 606 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0369313  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2769  DNA mismatch repair protein  39.31 
 
 		 652 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286219  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1084  DNA mismatch repair protein MutL  38.67 
 
 		 630 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.967595  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1823  DNA mismatch repair protein MutL  41.27 
 
 		 628 aa  409  1.0000000000000001e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000270616  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2836  DNA mismatch repair protein  40 
 
 		 647 aa  402  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3308  DNA mismatch repair protein  38.18 
 
 		 681 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.554472  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3264  DNA mismatch repair protein  38.1 
 
 		 681 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.815986  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2053  DNA mismatch repair protein  38.75 
 
 		 622 aa  395  1e-109  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00117239  hitchhiker  0.0000000712721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3308  DNA mismatch repair protein MutL  39.91 
 
 		 664 aa  398  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2430  DNA mismatch repair protein  39.29 
 
 		 635 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1927  mismatch repair protein MutL  38.96 
 
 		 595 aa  393  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2485  DNA mismatch repair protein  38.39 
 
 		 691 aa  395  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1320  DNA mismatch repair protein  38.73 
 
 		 705 aa  395  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1599  DNA mismatch repair protein MutL  38.96 
 
 		 595 aa  393  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.907039  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0978  DNA mismatch repair protein  37.22 
 
 		 647 aa  395  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1770  DNA mismatch repair protein  39.78 
 
 		 602 aa  395  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00259733  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1466  DNA mismatch repair protein MutL  40.49 
 
 		 635 aa  390  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.643627  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2962  DNA mismatch repair protein  39.77 
 
 		 608 aa  391  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000126227  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3282  DNA mismatch repair protein  37.96 
 
 		 650 aa  391  1e-107  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1517  DNA mismatch repair protein MutL  39.81 
 
 		 598 aa  391  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.249931 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3209  DNA mismatch repair protein MutL  39.42 
 
 		 660 aa  389  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1157  DNA mismatch repair protein MutL  38.65 
 
 		 644 aa  392  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3466  DNA mismatch repair protein MutL  39.61 
 
 		 622 aa  386  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.52693  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2015  DNA mismatch repair protein MutL  40.89 
 
 		 617 aa  383  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4225  DNA mismatch repair protein MutL  38.49 
 
 		 687 aa  379  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.724774  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>