29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0088 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0088  hypothetical protein  100 
 
 
64 aa  127  7.000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.618149  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2766  hypothetical protein  65.62 
 
 
62 aa  75.5  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3034  protein of unknown function DUF1674  62.71 
 
 
74 aa  69.7  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.349071 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4297  hypothetical protein  70.37 
 
 
76 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.240048  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3416  hypothetical protein  69.81 
 
 
70 aa  69.3  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.972665  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0070  hypothetical protein  60.32 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.118669  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2922  hypothetical protein  67.92 
 
 
75 aa  61.6  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3193  hypothetical protein  67.31 
 
 
66 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1425  protein of unknown function DUF1674  62.5 
 
 
98 aa  59.7  0.00000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.327786 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3919  protein of unknown function DUF1674  56.52 
 
 
74 aa  59.3  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00556977  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0032  protein of unknown function DUF1674  62.5 
 
 
72 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00605  hypothetical protein  74.19 
 
 
88 aa  56.6  0.0000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2072  hypothetical protein  67.86 
 
 
75 aa  56.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1812  hypothetical protein  71.43 
 
 
75 aa  55.5  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4039  hypothetical protein  78.57 
 
 
57 aa  56.2  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1745  hypothetical protein  71.43 
 
 
72 aa  55.1  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1104  hypothetical protein  65.62 
 
 
62 aa  54.3  0.0000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.572981  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4777  hypothetical protein  75 
 
 
71 aa  52.8  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.110738  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1091  hypothetical protein  64.81 
 
 
69 aa  51.6  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.117403  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0087  hypothetical protein  54.55 
 
 
73 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.41867  normal  0.216691 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1806  hypothetical protein  65.62 
 
 
65 aa  46.6  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.465275 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2858  hypothetical protein  59.38 
 
 
58 aa  45.4  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0326  hypothetical protein  65.52 
 
 
76 aa  43.9  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.469377  normal  0.154186 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0377  hypothetical protein  72 
 
 
72 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0341  hypothetical protein  72 
 
 
72 aa  43.5  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1534  protein of unknown function DUF1674  72 
 
 
56 aa  42.4  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0155  hypothetical protein  57.58 
 
 
88 aa  41.6  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0026  hypothetical protein  68 
 
 
77 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0588676  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4244  protein of unknown function DUF1674  64.29 
 
 
74 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0959773 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>