More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0069 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0069  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
209 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3107  homoserine/homoserine lactone efflux protein  64.14 
 
 
205 aa  239  2e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.845161  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2384  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.77 
 
 
205 aa  97.4  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  31.22 
 
 
207 aa  95.9  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002123  putative threonine efflux protein  31.5 
 
 
205 aa  95.1  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00299  homoserine/homoserine lactone efflux protein  31.5 
 
 
204 aa  94.4  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3501  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.64 
 
 
207 aa  85.9  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.648819  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  30.05 
 
 
208 aa  85.5  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4191  homoserine/homoserine lactone efflux protein  28.23 
 
 
206 aa  85.1  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00349541 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0244  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.19 
 
 
206 aa  84.3  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3909  lysine exporter protein LysE/YggA  28.43 
 
 
210 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.806528  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3817  lysine exporter protein LysE/YggA  30.46 
 
 
207 aa  82.4  0.000000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.957378  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0092  lysine exporter protein LysE/YggA  28.92 
 
 
211 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4184  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.340963 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03703  neutral amino-acid efflux system  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4155  homoserine/threonine efflux pump  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4048  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03652  hypothetical protein  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4291  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5265  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.75 
 
 
206 aa  81.3  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.624144 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003581  probable homoserine/homoserine lactone efflux protein  31.75 
 
 
207 aa  80.1  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4345  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.75 
 
 
206 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3633  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.26 
 
 
207 aa  79.3  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4152  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  79  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000943916  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1191  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.14 
 
 
211 aa  79  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217594  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0704  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.69 
 
 
208 aa  77  0.0000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3462  lysine exporter protein LysE/YggA  29.76 
 
 
209 aa  76.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1045  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.73 
 
 
211 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0220  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29 
 
 
206 aa  76.3  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0938  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.28 
 
 
208 aa  75.9  0.0000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.283752  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0303  lysine exporter protein LysE/YggA  33.98 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.85144e-16  normal  0.0852573 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0557  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29 
 
 
206 aa  75.5  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0272  amino acid efflux pump, RhtB family protein  29.25 
 
 
211 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000337597  unclonable  0.000000635897 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3996  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29 
 
 
206 aa  75.5  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  30.68 
 
 
208 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2663  lysine exporter protein LysE/YggA  30.23 
 
 
211 aa  75.1  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0497346  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  35.88 
 
 
206 aa  75.1  0.0000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4402  lysine exporter protein LysE/YggA  30.29 
 
 
212 aa  74.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.649358  normal  0.816137 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2512  LysE family efflux protein  34.47 
 
 
209 aa  73.9  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77155  normal  0.629376 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0679  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.78 
 
 
207 aa  73.9  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000948495 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2266  lysine exporter protein LysE/YggA  31.96 
 
 
211 aa  72.8  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000228935  hitchhiker  0.000000285135 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2944  lysine exporter protein LysE/YggA  29.13 
 
 
203 aa  72.4  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.424969 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  29.76 
 
 
206 aa  72.8  0.000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.476612  normal  0.152884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  27.62 
 
 
209 aa  72.8  0.000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.35 
 
 
204 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4240  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.27 
 
 
206 aa  72  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.119305  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0918  lysine exporter protein LysE/YggA  31.19 
 
 
209 aa  72  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1166  lysine exporter protein LysE/YggA  28.16 
 
 
211 aa  72  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3962  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.24 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.149154  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4168  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.36 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4287  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.27 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.414866 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4347  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.27 
 
 
206 aa  71.6  0.000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.499409  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0577  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.59 
 
 
219 aa  71.6  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0193  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.93 
 
 
213 aa  71.6  0.000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.456922  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1739  lysine exporter protein LysE/YggA  28.37 
 
 
208 aa  71.2  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0365796  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.37 
 
 
213 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00495295 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.97 
 
 
208 aa  71.2  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3684  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.3 
 
 
211 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000829033  unclonable  0.00000000000000893025 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0024  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.67 
 
 
208 aa  70.5  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4189  homoserine/homoserine lactone efflux protein  27.27 
 
 
206 aa  70.5  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0494  LysE family protein  28.02 
 
 
204 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.515429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0195  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.28 
 
 
206 aa  70.5  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0042632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2660  lysine exporter protein LysE/YggA  27.49 
 
 
217 aa  70.5  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0329872  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  27.07 
 
 
212 aa  70.5  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0211  lysine exporter protein LysE/YggA  28.17 
 
 
212 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00252285  unclonable  0.00000000000676955 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1412  leucine export protein LeuE  32.81 
 
 
222 aa  69.7  0.00000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.250602 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0144  homoserine/threonine efflux protein, putative  29.29 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6011  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.44 
 
 
206 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.513568 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2277  LysE family translocator protein  29.29 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0348  homoserine/homoserine lactone efflux protein  33.86 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  33.86 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2355  LysE family translocator protein  29.29 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0153  LysE family translocator protein  33.86 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2803  LysE family translocator protein  29.29 
 
 
211 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3676  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.08 
 
 
218 aa  69.7  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06368  putative threonine efflux protein  24.39 
 
 
207 aa  69.3  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3201  LysE family protein  31.95 
 
 
207 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2383  lysine exporter protein LysE/YggA  29.25 
 
 
217 aa  68.9  0.00000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77882  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3353  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.31 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3544  lysine exporter protein LysE/YggA  33.14 
 
 
212 aa  68.6  0.00000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0116705  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0593  lysine exporter protein LysE/YggA  27.59 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  27.54 
 
 
204 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2456  lysine exporter protein LysE/YggA  30 
 
 
205 aa  68.9  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010294  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1667  lysine exporter protein LysE/YggA  32.74 
 
 
209 aa  68.6  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0073  transporter transmembrane protein  25.98 
 
 
215 aa  68.2  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163554  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2220  lysine exporter protein LysE/YggA  29.81 
 
 
213 aa  68.2  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000181241  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3206  lysine exporter protein LysE/YggA  29.35 
 
 
208 aa  68.2  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.84476  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5514  lysine exporter protein LysE/YggA  30.46 
 
 
209 aa  68.2  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3972  homoserine/homoserine lactone efflux protein  26.79 
 
 
206 aa  68.2  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.422052  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0891  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.9 
 
 
209 aa  68.2  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3099  LysE family protein  27.86 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0266  lysine exporter protein LysE/YggA  29.83 
 
 
210 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0288  lysine exporter protein LysE/YggA  27.83 
 
 
211 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00514446  hitchhiker  0.000000000772842 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2950  LysE family protein  27.86 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2107  lysine exporter protein LysE/YggA  29.81 
 
 
210 aa  67.8  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.314049 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0068  LysE family protein  27.86 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2356  lysine exporter protein LysE/YggA  29.22 
 
 
203 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139066  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1522  LysE family protein  27.86 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0774  LysE type translocator  27.8 
 
 
204 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2867  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.54 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>