More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0033 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0033  sodium/hydrogen exchanger  100 
 
 		 400 aa  778    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0463776  normal  0.0829508 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3028  sodium/hydrogen exchanger  42.64 
 
 		 421 aa  256  4e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.708162  normal  0.0606309 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3326  sodium/hydrogen exchanger  38.99 
 
 		 413 aa  233  5e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3070  Na(+)/H(+) antiporter  38.42 
 
 		 436 aa  218  2e-55  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.251122  normal  0.564487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0607  sodium/hydrogen exchanger  40.1 
 
 		 435 aa  211  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.979638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1580  sodium/hydrogen exchanger  37 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.19525 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17191  Na+/H+ antiporter, CPA1 family protein  35.34 
 
 		 396 aa  182  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1460  sodium/hydrogen exchanger  36.46 
 
 		 430 aa  171  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00261039 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0416  sodium/hydrogen exchanger  37.53 
 
 		 406 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2449  sodium/hydrogen exchanger  37.68 
 
 		 393 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.382346 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0398  sodium/hydrogen exchanger  35.91 
 
 		 415 aa  152  7e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4930  sodium/hydrogen exchanger  30.77 
 
 		 410 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4547  sodium/hydrogen exchanger  30.77 
 
 		 410 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4634  sodium/hydrogen exchanger  30.77 
 
 		 410 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1375  sodium/hydrogen exchanger  32.33 
 
 		 403 aa  142  9e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.64138  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3668  sodium/hydrogen exchanger  33.95 
 
 		 408 aa  139  7.999999999999999e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.976885  normal  0.14919 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2613  sodium/hydrogen exchanger  32.35 
 
 		 400 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000000102886  normal  0.0926259 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1741  sodium/hydrogen exchanger  35.16 
 
 		 393 aa  127  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0450765  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1844  sodium/hydrogen exchanger  34.51 
 
 		 460 aa  126  7e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1837  sodium/hydrogen exchanger  33.86 
 
 		 412 aa  121  3e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.990768 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3971  sodium/hydrogen exchanger  30.05 
 
 		 413 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3316  sodium/hydrogen exchanger  29.31 
 
 		 420 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5351  sodium/hydrogen exchanger  32.24 
 
 		 424 aa  110  5e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.822179 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1073  sodium/hydrogen exchanger  29.54 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.585232 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1305  CPA1 family Na(+)/H(+) antiporter  30.02 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.382768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2102  Sodium/hydrogen exchanger  26.7 
 
 		 432 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00754085 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4701  sodium/hydrogen exchanger  30.63 
 
 		 408 aa  103  6e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1385  sodium/hydrogen exchanger  29.72 
 
 		 419 aa  102  1e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00199294  hitchhiker  0.0000000115486 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3355  sodium/hydrogen exchanger  34.73 
 
 		 424 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1720  sodium/hydrogen exchanger  27.19 
 
 		 423 aa  99.8  7e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0638  sodium/hydrogen exchanger  30.34 
 
 		 410 aa  98.6  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1079  potassium/proton antiporter  30.13 
 
 		 610 aa  97.1  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4348  sodium/hydrogen exchanger  30.79 
 
 		 413 aa  93.6  6e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0443638  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5291  sodium/hydrogen exchanger  30.32 
 
 		 444 aa  93.2  7e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0939139 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3078  Na(+)/H(+) antiporter  37.97 
 
 		 173 aa  93.2  8e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00966198  normal  0.34465 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3692  potassium/proton antiporter  33.62 
 
 		 500 aa  91.7  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000164721  normal  0.675965 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1350  Sodium/hydrogen exchanger  29.92 
 
 		 421 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.786276  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4010  sodium/hydrogen exchanger  31.65 
 
 		 423 aa  92  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.474858 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0298  potassium/proton antiporter  31.82 
 
 		 505 aa  90.9  3e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12158  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0746  potassium/proton antiporter  31.52 
 
 		 498 aa  90.9  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1466  sodium/hydrogen exchanger  28.87 
 
 		 487 aa  90.5  5e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.576685  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0381  potassium/proton antiporter  26.67 
 
 		 506 aa  89.7  9e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1264  sodium/hydrogen exchanger  29.89 
 
 		 425 aa  89.4  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.307266  hitchhiker  0.00798224 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1844  sodium/hydrogen exchanger  28.87 
 
 		 410 aa  87  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6115  sodium/hydrogen exchanger  32.21 
 
 		 424 aa  87  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.126584 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2477  sodium/hydrogen exchanger  29.77 
 
 		 457 aa  86.3  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0160  potassium/proton antiporter  30.47 
 
 		 498 aa  86.3  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.719209 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3897  sodium/hydrogen exchanger  26.92 
 
 		 429 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.415148  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2406  sodium/hydrogen exchanger  29.43 
 
 		 491 aa  84.7  0.000000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.908088  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1700  sodium/hydrogen exchanger  27.08 
 
 		 429 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.464722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0056  potassium/proton antiporter  28.06 
 
 		 597 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5023  sodium/hydrogen exchanger family protein  29.33 
 
 		 598 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0502  potassium/proton antiporter  29.33 
 
 		 580 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2072  Sodium/hydrogen exchanger  26.96 
 
 		 449 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.64025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3272  sodium/hydrogen exchanger  27.34 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0768  potassium/proton antiporter  24.67 
 
 		 478 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0154146  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3191  potassium/proton antiporter  26.88 
 
 		 580 aa  81.3  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.943195  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1002  sodium/hydrogen exchanger  28.5 
 
 		 408 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.503293 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1590  potassium/proton antiporter  27.23 
 
 		 498 aa  80.1  0.00000000000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.609323  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3197  potassium/proton antiporter  34.03 
 
 		 497 aa  79.7  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000394197  hitchhiker  0.000278383 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1955  sodium/hydrogen exchanger  24.31 
 
 		 437 aa  77.8  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.659696  normal  0.571935 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5283  sodium/hydrogen exchanger  26.19 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3438  potassium/proton antiporter  29.39 
 
 		 616 aa  78.2  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5575  sodium/hydrogen exchanger  26.19 
 
 		 413 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3634  potassium/proton antiporter  26.32 
 
 		 626 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3454  potassium/proton antiporter  29.58 
 
 		 509 aa  75.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00729546  normal  0.358 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2399  sodium/hydrogen exchanger  29.36 
 
 		 530 aa  75.5  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00231654 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1171  sodium/hydrogen exchanger  30.72 
 
 		 490 aa  75.1  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.246697 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0157  potassium/proton antiporter  28.57 
 
 		 596 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5448  sodium/hydrogen exchanger  27.23 
 
 		 441 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.963014 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3728  sodium/hydrogen exchanger  27.04 
 
 		 496 aa  74.7  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0122  sodium/hydrogen exchanger  26.98 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0908  potassium/proton antiporter  27.34 
 
 		 497 aa  73.9  0.000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.709599  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0757  potassium/proton antiporter  26.57 
 
 		 481 aa  74.3  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00299818  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2252  sodium/hydrogen exchanger  28.5 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.976938  normal  0.212899 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1363  sodium/hydrogen exchanger  24.38 
 
 		 610 aa  73.9  0.000000000005  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00040523  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3170  sodium/hydrogen exchanger  30.07 
 
 		 396 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1035  potassium/proton antiporter  29.33 
 
 		 483 aa  73.2  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7379  potassium/proton antiporter  27.36 
 
 		 597 aa  72.4  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0583  sodium/hydrogen exchanger  25.97 
 
 		 572 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1689  hypothetical protein  26.28 
 
 		 445 aa  72.8  0.00000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0349  sodium/hydrogen exchanger  26.1 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0119612  hitchhiker  0.00162584 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2276  potassium/proton antiporter  23.72 
 
 		 581 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0543146  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2255  sodium/hydrogen exchanger  25.82 
 
 		 573 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.272655  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0846  transporter-associated region:TrkA-C:Sodium/hydrogen exchanger  27.01 
 
 		 588 aa  72  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4033  sodium/hydrogen exchanger  26.47 
 
 		 445 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.697017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0407  potassium/proton antiporter  29.33 
 
 		 486 aa  71.2  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0762  potassium/proton antiporter  25 
 
 		 576 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0600  sodium/hydrogen exchanger  30.42 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00304357 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03170  cell volume regulation protein CvrA  26.22 
 
 		 485 aa  69.7  0.00000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002210  NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporter  23.16 
 
 		 581 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1158  CPA1 family Na+/H+ antiporter  27.7 
 
 		 451 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.801861  normal  0.413879 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8651  potassium/proton antiporter  31.49 
 
 		 501 aa  69.3  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0921  sodium/hydrogen exchanger  24.93 
 
 		 574 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0538395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1985  sodium/hydrogen exchanger  27.88 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0580  potassium/proton antiporter  27.52 
 
 		 598 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316248  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0661  Na+/H+ antiporter  32.47 
 
 		 548 aa  68.6  0.0000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0122747  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3583  sodium/hydrogen exchanger  27.37 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4559  potassium/proton antiporter  29.43 
 
 		 592 aa  68.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.875877  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0112  sodium/hydrogen exchanger  26.88 
 
 		 527 aa  68.2  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>