More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0004 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0004  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 		 206 aa  393  1e-108  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.309415  normal  0.377015 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0365  RhtB family transporter  32.85 
 
 		 205 aa  83.6  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1305  lysine exporter protein LysE/YggA  29.28 
 
 		 204 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3492  lysine exporter protein LysE/YggA  30.17 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.724976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3100  lysine exporter protein LysE/YggA  33.14 
 
 		 212 aa  82.8  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.397202 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4341  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.54 
 
 		 205 aa  81.6  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.791137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4606  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.25 
 
 		 242 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.118982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4540  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.69 
 
 		 205 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529468  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8095  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.67 
 
 		 225 aa  76.3  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3363  lysine exporter protein LysE/YggA  35.62 
 
 		 203 aa  73.6  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0656798  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1001  lysine exporter protein LysE/YggA  29.65 
 
 		 206 aa  72  0.000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.953537  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0286  lysine exporter protein LysE/YggA  29.55 
 
 		 211 aa  71.6  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2698  putative threonine efflux protein  29.3 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.575587  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4806  lysine exporter protein LysE/YggA  29.89 
 
 		 203 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.135415  normal  0.130992 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1031  hypothetical protein  32.14 
 
 		 212 aa  70.5  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.332162  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0945  lysine exporter protein LysE/YggA  31.41 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2641  hypothetical protein  32.8 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.774137 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0010  lysine exporter protein LysE/YggA  29.47 
 
 		 207 aa  69.3  0.00000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.803659 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4152  lysine exporter protein LysE/YggA  32.8 
 
 		 203 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4677  lysine exporter protein LysE/YggA  32.61 
 
 		 203 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532936  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3016  lysine exporter protein LysE/YggA  29.82 
 
 		 205 aa  65.9  0.0000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1345  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.31 
 
 		 208 aa  65.5  0.0000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.123136  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2151  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  26.09 
 
 		 230 aa  65.1  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2754  lysine exporter protein LysE/YggA  35.16 
 
 		 205 aa  64.7  0.0000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.679259  normal  0.0643821 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4486  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.64 
 
 		 211 aa  64.3  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000642  transporter LysE family  27.41 
 
 		 204 aa  63.2  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2130  lysine exporter protein LysE/YggA  28.71 
 
 		 202 aa  63.5  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  unclonable  0.00000391872  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1558  hypothetical protein  36.76 
 
 		 206 aa  63.9  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02476  hypothetical protein  28.21 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1744  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.43 
 
 		 204 aa  62.8  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0186  amino acid transporter LysE  31.63 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3434  lysine exporter protein LysE/YggA  30.37 
 
 		 203 aa  62  0.000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1798  amino acid transport protein, LysE type  23.76 
 
 		 213 aa  61.2  0.000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.701098  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4719  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.16 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0980  hypothetical protein  28.67 
 
 		 207 aa  60.8  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00272416  normal  0.0487785 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3092  lysine exporter protein LysE/YggA  29.35 
 
 		 208 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0606278  hitchhiker  0.00000000000145641 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1470  lysine exporter protein LysE/YggA  29.79 
 
 		 207 aa  61.2  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1728  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.49 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000259292  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0277  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.34 
 
 		 208 aa  60.5  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1344  putative threonine efflux protein  22.29 
 
 		 205 aa  60.1  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.115554  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1394  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  25.81 
 
 		 207 aa  59.7  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29500  putative threonine efflux protein  23.83 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.585854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2985  lysine exporter protein LysE/YggA  26.29 
 
 		 208 aa  59.3  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.120871  normal  0.440031 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2610  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  25.14 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.817626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1078  lysine exporter protein LysE/YggA  25.38 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4686  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.5 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.990518 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0131  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.86 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7098  RhtB family transporter  32.17 
 
 		 199 aa  58.2  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0322  lysine exporter protein LysE/YggA  33.33 
 
 		 209 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.279488  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3040  lysine exporter protein LysE/YggA  31.78 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.408857  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5326  lysine exporter protein LysE/YggA  31.78 
 
 		 208 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5476  lysine exporter protein LysE/YggA  28.92 
 
 		 210 aa  58.2  0.00000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741245 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1358  LysE family protein  36 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1071  putative RhtB protein  28.57 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2472  LysE family protein  36 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.082911  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0949  LysE family protein  36 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3865  lysine exporter protein LysE/YggA  32.85 
 
 		 210 aa  57.8  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.149729 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0342  LysE family protein  36 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4942  lysine exporter protein LysE/YggA  31.78 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.20679 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3434  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  30.92 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1208  LysE family translocator protein  36 
 
 		 233 aa  57  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.905359  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2416  RhtB family transporter  29.2 
 
 		 210 aa  57  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484393  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1281  LysE family translocator protein  36 
 
 		 203 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.18583  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2383  lysine exporter protein LysE/YggA  30.28 
 
 		 217 aa  57  0.0000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77882  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2300  lysine exporter protein LysE/YggA  31.69 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.735083  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2313  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.69 
 
 		 208 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00564099  hitchhiker  0.00590082 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2025  lysine exporter protein LysE/YggA  31.69 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.464731  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0621  LysE family protein  36 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3665  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.14 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2073  lysine exporter protein LysE/YggA  30.5 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.106619  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  28.39 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0905  hypothetical protein  29.66 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.772442  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0005  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.59 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.610199  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003307  putative threonine efflux protein  29.76 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  26.71 
 
 		 209 aa  56.2  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000194499  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0266  lysine exporter protein LysE/YggA  28.24 
 
 		 210 aa  55.8  0.0000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003627  putative threonine efflux protein  26.15 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1173  lysine exporter protein LysE/YggA  28.47 
 
 		 206 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.813849 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1504  RhtB family transporter  36.36 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.672768 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4137  lysine exporter protein LysE/YggA  30.77 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2243  amino acid efflux pump, RhtB family protein  32.61 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.810397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1009  lysine exporter protein LysE/YggA  25.49 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1147  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.54 
 
 		 208 aa  55.5  0.0000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02362  putative amino-acid efflux transmembrane protein  23.76 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0502342 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0144  homoserine/threonine efflux protein, putative  30.71 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0348  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.71 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2277  LysE family translocator protein  30.71 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1388  amino acid transporter LysE  27.4 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0501572  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2870  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  24.59 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.75176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3980  lysine exporter protein LysE/YggA  29.8 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2803  LysE family translocator protein  30.71 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  30.71 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0992  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2355  LysE family translocator protein  30.71 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0153  LysE family translocator protein  30.71 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3130  lysine exporter protein LysE/YggA  31.01 
 
 		 215 aa  54.3  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.376796 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1927  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  29.85 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.961366 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0005  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.5 
 
 		 203 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.325089 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2789  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  27.67 
 
 		 213 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.376522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1350  amino acid efflux pump, RhtB family protein  29.09 
 
 		 210 aa  53.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0641415  normal  0.0201928 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>