More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_1620 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013889  TK90_1620  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  100 
 
 
495 aa  962    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.596211 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.07 
 
 
482 aa  352  8e-96  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.72 
 
 
488 aa  325  9e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0583  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.45 
 
 
477 aa  275  2.0000000000000002e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.196176  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  38.35 
 
 
489 aa  271  2e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4072  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.37 
 
 
464 aa  264  2e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.153495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5505  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
496 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.130053  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.13 
 
 
504 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0649  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.64 
 
 
496 aa  262  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814679  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2663  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.26 
 
 
496 aa  253  7e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1164  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.79 
 
 
473 aa  248  2e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000188172  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.18 
 
 
486 aa  248  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3061  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.82 
 
 
482 aa  247  3e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0327532  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4150  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.48 
 
 
472 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.11 
 
 
495 aa  240  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.62 
 
 
489 aa  237  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.04 
 
 
504 aa  237  4e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.84 
 
 
474 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1994  outer membrane efflux protein  29.58 
 
 
495 aa  234  3e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.184092  normal  0.0261874 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2035  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.85 
 
 
486 aa  234  3e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.152355  normal  0.152355 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.45 
 
 
499 aa  234  4.0000000000000004e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3444  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
495 aa  233  5e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.960604 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1450  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.31 
 
 
471 aa  233  8.000000000000001e-60  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1941  RND efflux system outer membrane lipoprotein  29.49 
 
 
497 aa  232  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.211357  normal  0.0401761 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0412  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.12 
 
 
477 aa  229  7e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1077  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.62 
 
 
496 aa  229  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.512437  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2283  outer membrane efflux protein  31.39 
 
 
501 aa  229  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0628456 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0117  RND efflux system, outer membrane lipoprotein CmeC  30.08 
 
 
482 aa  229  1e-58  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.49 
 
 
480 aa  226  8e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1393  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.69 
 
 
461 aa  226  9e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.04 
 
 
481 aa  224  2e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  34.2 
 
 
512 aa  224  3e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.91 
 
 
470 aa  223  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3271  outer membrane efflux protein OprA  33.56 
 
 
467 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.47 
 
 
481 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2194  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.06 
 
 
518 aa  221  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0247365  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.04 
 
 
517 aa  221  3e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  32.77 
 
 
485 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  32.77 
 
 
485 aa  220  5e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2162  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.27 
 
 
475 aa  220  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0722212  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.87 
 
 
460 aa  219  7.999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.583273  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.82 
 
 
478 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.76 
 
 
499 aa  219  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.17 
 
 
480 aa  219  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0653  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.65 
 
 
460 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.191725  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.35 
 
 
486 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.85 
 
 
474 aa  216  5e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4297  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.55 
 
 
461 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00173675  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0590  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.44 
 
 
460 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0284493  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.32 
 
 
486 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  34.38 
 
 
479 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  34.12 
 
 
503 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3425  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  30.62 
 
 
461 aa  214  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.11 
 
 
500 aa  213  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  32.84 
 
 
499 aa  213  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000000707781  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.62 
 
 
501 aa  213  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0309  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  31.48 
 
 
531 aa  213  5.999999999999999e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.12 
 
 
470 aa  212  9e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0387  Fis family transcriptional regulator  31.97 
 
 
492 aa  212  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3923  outer membrane efflux protein  31.13 
 
 
569 aa  212  1e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.19723 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.84 
 
 
492 aa  212  1e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.14 
 
 
484 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1600  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.63 
 
 
483 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.375157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0259  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.6 
 
 
461 aa  211  3e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1891  outer membrane efflux protein OprA  31.2 
 
 
513 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.271004  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.61 
 
 
475 aa  210  5e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.12 
 
 
507 aa  210  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1666  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.02 
 
 
546 aa  210  5e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.13133 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3057  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  29.28 
 
 
457 aa  209  7e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0619  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.28 
 
 
457 aa  209  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3074  copper/silver efflux system outer membrane protein CusC  29.28 
 
 
457 aa  209  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.127852  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1703  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  31.06 
 
 
486 aa  209  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.416377  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.13 
 
 
477 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00533  copper/silver efflux system, outer membrane component  29.35 
 
 
457 aa  208  2e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  30.72 
 
 
484 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 
484 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2059  Outer membrane efflux protein  31.61 
 
 
513 aa  208  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.26387  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4769  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.26 
 
 
485 aa  208  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482827  normal  0.462892 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1905  outer membrane efflux protein OprA  31.61 
 
 
516 aa  208  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00522  hypothetical protein  29.35 
 
 
457 aa  208  2e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.17 
 
 
477 aa  208  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1660  hypothetical protein  31.61 
 
 
516 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.077421  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2713  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.06 
 
 
477 aa  207  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.249401  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.87 
 
 
475 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.87 
 
 
475 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.75 
 
 
505 aa  208  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1522  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.48 
 
 
485 aa  208  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  30.93 
 
 
489 aa  207  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.26 
 
 
510 aa  207  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3678  outer membrane efflux protein  31.48 
 
 
469 aa  207  4e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0849669  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  30.51 
 
 
484 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1624  RND efflux system outer membrane lipoprotein  33.55 
 
 
486 aa  207  5e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.55 
 
 
486 aa  207  5e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.804634  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  29.46 
 
 
486 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1614  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.48 
 
 
487 aa  206  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0245631 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2819  outer membrane protein OprJ  34.18 
 
 
468 aa  206  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.980235 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.63 
 
 
489 aa  206  7e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  31.91 
 
 
470 aa  206  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.75 
 
 
501 aa  206  8e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  31.33 
 
 
507 aa  206  8e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>