87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TK90_0645 on replicon NC_013889
Organism: Thioalkalivibrio sp. K90mix



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013889  TK90_0645  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  100 
 
 		 438 aa  888    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.54968  normal  0.132324 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2202  SalD  45.9 
 
 		 430 aa  370  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.476706  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  38.8 
 
 		 463 aa  320  3e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0576  putative long-chain fatty acid transport protein  37.07 
 
 		 400 aa  237  3e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00218092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1799  long-chain fatty acid transport protein  31.82 
 
 		 455 aa  195  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.471886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1346  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.48 
 
 		 391 aa  177  3e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000227507  hitchhiker  0.0000118499 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3199  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.34 
 
 		 394 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0555142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2203  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.85 
 
 		 422 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.92236  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0053  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.03 
 
 		 471 aa  120  3.9999999999999996e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2498  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.6 
 
 		 437 aa  119  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.953303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2776  putative transporter protein  28.1 
 
 		 384 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.356239  normal  0.507851 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4111  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.08 
 
 		 418 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.129657  normal  0.252995 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2180  long-chain fatty acid ABC transporter  25.48 
 
 		 381 aa  107  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000739013  hitchhiker  0.00000487757 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2053  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.31 
 
 		 400 aa  104  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.00000452049  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3896  hypothetical protein  24.34 
 
 		 442 aa  97.4  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0449  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.43 
 
 		 458 aa  92.8  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3997  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.41 
 
 		 410 aa  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0634877  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4038  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.41 
 
 		 410 aa  90.1  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.813812  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3106  hypothetical protein  25.78 
 
 		 392 aa  88.2  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0843  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.03 
 
 		 472 aa  82  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2170  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.76 
 
 		 447 aa  78.2  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000480388  decreased coverage  0.000000000685095 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2542  outer membrane protein, OMPP1/FadL/TodX family  25.76 
 
 		 447 aa  78.2  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0142574  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1467  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.42 
 
 		 468 aa  77.8  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.524718  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3558  Outer membrane protein (CymD)  25.08 
 
 		 460 aa  75.9  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0239673  normal  0.823203 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0428  OMPP1/FadL/TodX family toluene transport protein  23.09 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000260266  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5672  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.19 
 
 		 456 aa  70.5  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.224746  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1486  toluene transport protein, putative  22.32 
 
 		 473 aa  68.6  0.0000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000112602  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1307  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.41 
 
 		 464 aa  68.6  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.44634  normal  0.0300258 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2901  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.03 
 
 		 460 aa  67.8  0.0000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.875359  normal  0.623789 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0456  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.07 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000969908  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4639  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.52 
 
 		 458 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3563  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.52 
 
 		 458 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.811834  normal  0.361655 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0024  toluene transport protein, putative  32.41 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.137484  normal  0.133309 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  21.23 
 
 		 409 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.15 
 
 		 364 aa  57.8  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2883  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.13 
 
 		 453 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0398641 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0032  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.46 
 
 		 466 aa  57.4  0.0000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.02 
 
 		 453 aa  57  0.0000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.67 
 
 		 458 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1000  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  19.63 
 
 		 402 aa  55.1  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.768268  hitchhiker  0.00646641 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.46 
 
 		 434 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2330  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.45 
 
 		 475 aa  54.3  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402524  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.19 
 
 		 450 aa  53.9  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0747  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.24 
 
 		 435 aa  53.9  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  0.000000000000126668  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  23.81 
 
 		 422 aa  53.1  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.06 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.9 
 
 		 412 aa  52.4  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0821  long-chain fatty acid transport like protein  21.96 
 
 		 457 aa  52.4  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.37 
 
 		 400 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1535  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.73 
 
 		 453 aa  51.6  0.00003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.745918 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.85 
 
 		 429 aa  50.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.1 
 
 		 421 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  24.37 
 
 		 427 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.97 
 
 		 438 aa  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  22.67 
 
 		 421 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.39 
 
 		 421 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3814  aromatic hydrocarbon degradation protein  21.3 
 
 		 464 aa  49.3  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0090168  normal  0.0676668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.13 
 
 		 448 aa  48.9  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.13 
 
 		 448 aa  48.5  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  22.09 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.19 
 
 		 413 aa  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.31 
 
 		 429 aa  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  21.6 
 
 		 412 aa  47.8  0.0004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  23.53 
 
 		 428 aa  47.4  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  23.75 
 
 		 438 aa  47.4  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.29 
 
 		 449 aa  47.4  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.16 
 
 		 430 aa  46.6  0.0009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000931505 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.43 
 
 		 433 aa  46.6  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.19 
 
 		 440 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  22.25 
 
 		 414 aa  46.2  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  20.55 
 
 		 439 aa  46.2  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  20.69 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04350  outer membrane protein P1, putative  23.7 
 
 		 415 aa  45.4  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0256286  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.47 
 
 		 451 aa  45.8  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.79 
 
 		 450 aa  45.4  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3099  long-chain fatty acid transport protein, putative  21.07 
 
 		 440 aa  45.4  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.78 
 
 		 431 aa  45.1  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0135  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.9 
 
 		 405 aa  44.7  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  25.06 
 
 		 424 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.37 
 
 		 415 aa  44.3  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  23.42 
 
 		 442 aa  44.3  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.27 
 
 		 430 aa  43.9  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.11 
 
 		 426 aa  43.9  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  21.37 
 
 		 423 aa  43.5  0.008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.53 
 
 		 436 aa  43.1  0.009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.1 
 
 		 430 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.53 
 
 		 431 aa  43.1  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>