More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Lys-2 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00236112  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  89.71 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0027  tRNA-Lys  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000236545  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4575  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000569223  normal  0.0806914 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5142  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000365086  normal  0.814719 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0020  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0111108  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0049  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5046  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000244729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0228  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000829583  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5342  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00000000164653  hitchhiker  0.0000000000098497 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0039  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.595409  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0127  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.615577  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0100  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113325  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0152  tRNA-Lys  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0599  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0008  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.054171  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0009  tRNA-Lys  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000161944  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0096  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000250387  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5635  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.112483  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0148  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000555298  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0048  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000535943  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0039  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000453984  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0123  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0178168  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0097  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5653  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000242267  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5662  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000864801  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5690  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000246969  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5716  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0824235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5735a  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0302849  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000021981  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000539479  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00313762  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000455274  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106689  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000240794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000772108  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.30826e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Lys-6  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000899771  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000316756  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000759811  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000000525379  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000187971  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000712241  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5803  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0081474  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5728  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000897911  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0020  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00467445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5833  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00233495  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000787215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000045502  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-3  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146093  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-4  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.067054  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Lys-5  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00169345  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0275  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0066  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00163637  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0194  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000250761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0856  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000473646  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5018  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00214823  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0297  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000294732  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5654  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000664356  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5656  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000763421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5670  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000995233  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4987  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0781  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.66086e-30 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5576  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5317200000000003e-28 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0173  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0567172 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0019  tRNA-Lys  85.92 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00557202  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0001  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0044    87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4583  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0571835  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0046  tRNA-Lys  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0002  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0453  tRNA-Lys  86.36 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000219585  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0104  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0062  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.100557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0063  tRNA-Lys  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.109202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1295  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t26  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0073  tRNA-Lys  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0024  tRNA-Lys  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.330999  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0022  tRNA-Lys  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0025  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.445908  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0030  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0132  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0291  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0035  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.292449  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>