89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Lys-1 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000411683  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0084  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0001  tRNA-Lys  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0487853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  54  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0040  tRNA-Lys  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.17215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1588  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 78 bp  54  0.000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0980285  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6048  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.019189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0062  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0047  tRNA-Lys  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0597  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0600  tRNA-Lys  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.212057  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0545  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  hitchhiker  0.00940655  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0021  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0160361  normal  0.0210498 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0016  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000293232  hitchhiker  0.00358578 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3123t  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000529436  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4548  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000034857  hitchhiker  0.00000000000110779 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna103  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000044405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3120t  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000534878  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3193t  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0908668  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3208t  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1108t  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna100  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000040947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna096  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna094  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000050133  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5441  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000104819  hitchhiker  0.00042936 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000703931  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1179  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960939  hitchhiker  0.000000000000835142 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03604  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00074  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000415552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0094  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168631  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2719  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000211587  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2867  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000032371  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2869  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000115507  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00237  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03595  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03598  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4383  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03606  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4717  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.16021e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.631552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0109  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000358604  hitchhiker  0.0022661 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4424  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165207  hitchhiker  0.0000465726 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0024  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000000288736  hitchhiker  0.0000000102811 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4505  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000183891  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4473  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  hitchhiker  0.00000000000000876352 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4470  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000595919 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4351  tRNA-Thr  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000576988  normal  0.728479 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>