More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2089 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE2089  signal recognition particle protein  100 
 
 
443 aa  882    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00342036  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1713  signal recognition particle protein  52.91 
 
 
446 aa  455  1e-127  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000859311  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0715  signal recognition particle protein  53.74 
 
 
444 aa  457  1e-127  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0967  signal recognition particle protein  52.79 
 
 
443 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000109658  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1027  signal recognition particle protein  52.06 
 
 
450 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.588339  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0770  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  52.04 
 
 
446 aa  431  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000241723  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1368  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  51.42 
 
 
447 aa  428  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000018858  normal  0.195447 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0709  signal recognition particle protein  50.95 
 
 
448 aa  429  1e-119  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000338232  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2056  signal recognition particle protein  49.53 
 
 
446 aa  427  1e-118  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000690531  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1417  signal recognition particle protein  50.11 
 
 
445 aa  427  1e-118  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  unclonable  0.0000000188375  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1498  signal recognition particle protein  48.83 
 
 
448 aa  421  1e-116  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.225316  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3390  signal recognition particle protein  50.23 
 
 
440 aa  421  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.202247  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1115  signal recognition particle protein  49.65 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.814901 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1155  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  46.12 
 
 
481 aa  417  9.999999999999999e-116  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000491114  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4758  signal recognition particle protein  50 
 
 
439 aa  416  9.999999999999999e-116  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.259533  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0966  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50 
 
 
447 aa  418  9.999999999999999e-116  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000570112  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2754  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  49.07 
 
 
443 aa  415  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3761  signal recognition particle protein  47.9 
 
 
453 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000277324  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1228  signal recognition particle protein  49.54 
 
 
433 aa  412  1e-114  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000301134  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07290  signal recognition particle protein  51.05 
 
 
444 aa  414  1e-114  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.3957e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1304  signal recognition particle protein  49.4 
 
 
445 aa  411  1e-114  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000911633  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05915  signal recognition particle protein  50.24 
 
 
442 aa  410  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.414308  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0785  Signal recognition particle GTPase  46.98 
 
 
476 aa  409  1e-113  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.000000000113263  unclonable  1.02574e-27 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1227  signal recognition particle protein  49.08 
 
 
433 aa  409  1e-113  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000121808  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1978  signal recognition particle protein  49.29 
 
 
469 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1327  signal recognition particle protein  49.55 
 
 
441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.609194 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1788  signal recognition particle protein  49.41 
 
 
442 aa  406  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0241232  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0777  signal recognition particle protein  46.19 
 
 
441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2225  signal recognition particle protein  47.67 
 
 
451 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000252662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2872  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  48.56 
 
 
452 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000107321  hitchhiker  0.00000141752 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0244  signal recognition particle protein  49.88 
 
 
450 aa  407  1.0000000000000001e-112  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.450094  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1804  signal recognition particle protein  47.54 
 
 
512 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0197886  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2310  signal recognition particle protein  47.8 
 
 
443 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0985246  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3764  signal recognition particle protein  48.33 
 
 
449 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000380679  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0803  signal recognition particle protein  48.26 
 
 
455 aa  403  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000079449  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0655  signal recognition particle protein  48.95 
 
 
452 aa  402  1e-111  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.0000000216081  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0067  signal recognition particle protein  48.86 
 
 
446 aa  403  1e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1667  signal recognition particle protein  46.58 
 
 
444 aa  404  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.000671364  hitchhiker  0.00227852 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1286  signal recognition particle protein  47.03 
 
 
444 aa  404  1e-111  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.524326  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1725  signal recognition particle protein  47.75 
 
 
518 aa  403  1e-111  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.862121  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1291  signal recognition particle protein  49.53 
 
 
449 aa  402  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.0012852  normal  0.892865 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1087  signal recognition particle protein  48.94 
 
 
446 aa  402  1e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000240128  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4073  signal recognition particle protein  49.1 
 
 
463 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.66452  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0982  signal recognition particle protein Ffh  45.69 
 
 
521 aa  399  9.999999999999999e-111  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1351  signal recognition particle protein  44.47 
 
 
479 aa  401  9.999999999999999e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0023431  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1418  signal recognition particle protein  46.21 
 
 
447 aa  398  9.999999999999999e-111  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000224408  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1773  hypothetical protein  47.72 
 
 
442 aa  400  9.999999999999999e-111  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.128152 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2671  signal recognition particle protein  46.87 
 
 
450 aa  399  9.999999999999999e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000192246  unclonable  0.0000000276763 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2497  signal recognition particle protein  47.1 
 
 
449 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000243009  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1321  signal recognition particle protein  48.27 
 
 
455 aa  401  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465855  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1196  signal recognition particle protein  48.14 
 
 
449 aa  398  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0364721  normal  0.124331 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1296  signal recognition particle protein  48.27 
 
 
455 aa  401  9.999999999999999e-111  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000399025  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4622  signal recognition particle protein  46.33 
 
 
449 aa  399  9.999999999999999e-111  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000364274  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0642  signal recognition particle protein  47.67 
 
 
452 aa  395  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0127185  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2477  signal recognition particle protein  48.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4358  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  47.81 
 
 
490 aa  396  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366323  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2409  signal recognition particle protein  48.17 
 
 
454 aa  398  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000225745  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2856  signal recognition particle protein  48.47 
 
 
458 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1493  signal recognition particle protein  48.6 
 
 
449 aa  397  1e-109  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000265163  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2535  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  48.04 
 
 
483 aa  397  1e-109  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.00293209  normal  0.012093 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0457  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  45.64 
 
 
507 aa  395  1e-109  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.135401  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0915  signal recognition particle  46.15 
 
 
520 aa  395  1e-109  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00279212  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2996  signal recognition particle protein  49.16 
 
 
454 aa  396  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000641047  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3038  signal recognition particle protein  49.16 
 
 
454 aa  396  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000193458  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1299  signal recognition particle protein  46.17 
 
 
449 aa  392  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000157828  unclonable  2.8199000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3887  signal recognition particle protein  46.4 
 
 
449 aa  393  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000347799  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3696  signal recognition particle protein  46.17 
 
 
449 aa  392  1e-108  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000361017  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3586  signal recognition particle protein  46.4 
 
 
449 aa  393  1e-108  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000116729  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3604  signal recognition particle protein  46.4 
 
 
449 aa  393  1e-108  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000432061  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2026  signal recognition particle protein  46.92 
 
 
493 aa  393  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000241588  hitchhiker  0.00894206 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0965  Signal recognition particle protein  47.9 
 
 
449 aa  392  1e-108  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000000805339  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0805  Signal recognition particle protein  48.13 
 
 
451 aa  393  1e-108  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.104742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3893  signal recognition particle protein  46.4 
 
 
449 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000128008  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1100  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  46.64 
 
 
512 aa  394  1e-108  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3304  signal recognition particle protein  46.44 
 
 
492 aa  392  1e-108  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3983  signal recognition particle protein  46.17 
 
 
449 aa  392  1e-108  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000408298  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3668  signal recognition particle protein  46.64 
 
 
449 aa  394  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000016406  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3944  signal recognition particle protein  46.17 
 
 
449 aa  392  1e-108  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000995401  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1399  signal recognition particle protein  47.9 
 
 
449 aa  394  1e-108  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000293601  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1967  signal recognition particle protein  50.25 
 
 
452 aa  393  1e-108  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000299479  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1685  signal recognition particle protein  50.25 
 
 
452 aa  393  1e-108  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000161061  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3859  signal recognition particle protein  46.4 
 
 
449 aa  393  1e-108  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  2.8952e-61 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1525  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  47.9 
 
 
449 aa  394  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000514832  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1014  signal recognition particle protein  48.13 
 
 
449 aa  390  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000130193  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0319  signal recognition particle protein  45.77 
 
 
439 aa  389  1e-107  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000288102  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1142  signal recognition particle protein  46.79 
 
 
485 aa  388  1e-107  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0433759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2888  signal recognition particle protein  46.05 
 
 
518 aa  389  1e-107  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.403346 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2861  signal recognition particle protein  47.19 
 
 
453 aa  389  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1099  signal recognition particle protein  45.5 
 
 
453 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000944997  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2141  signal recognition particle protein  46.31 
 
 
508 aa  388  1e-107  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0884  signal recognition particle protein  48.4 
 
 
453 aa  385  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.138728  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0853  signal recognition particle protein  46.3 
 
 
487 aa  385  1e-106  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1062  signal recognition particle protein  47.09 
 
 
457 aa  388  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0147174  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3230  signal recognition particle protein  48.4 
 
 
453 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0218227  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2543  signal recognition particle protein  45.23 
 
 
528 aa  388  1e-106  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.864266  normal  0.151879 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1538  signal recognition particle protein  48.62 
 
 
436 aa  387  1e-106  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000016303  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1427  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  50.12 
 
 
458 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0277163  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1561  signal recognition particle subunit FFH/SRP54 (srp54)  44.42 
 
 
491 aa  387  1e-106  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0888  signal recognition particle protein  46.59 
 
 
457 aa  387  1e-106  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000142989  normal  0.373446 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1806  signal recognition particle protein  48.44 
 
 
435 aa  387  1e-106  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000012194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>