More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1886 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1886  MiaB-like tRNA modifying enzyme  100 
 
 		 468 aa  955    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00000824769  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0352  RNA modification enzyme, MiaB family  35.08 
 
 		 458 aa  226  6e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.135679  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1996  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.96 
 
 		 451 aa  225  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.320678  normal  0.0920131 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0674  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.47 
 
 		 429 aa  219  7.999999999999999e-56  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33 
 
 		 434 aa  218  1e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.698002  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1728  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.79 
 
 		 438 aa  216  8e-55  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.479022  decreased coverage  0.00502843 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0097  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33 
 
 		 434 aa  216  8e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1790  RNA modification enzyme, MiaB family  32.1 
 
 		 452 aa  215  9.999999999999999e-55  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0115132  normal  0.0236064 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1857  putative MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.8 
 
 		 432 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000114049  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1643  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.28 
 
 		 429 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.119605  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0223  hypothetical protein  32.81 
 
 		 441 aa  210  4e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.180201 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3036  RNA modification protein  31.07 
 
 		 450 aa  210  5e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0366508  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2570  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.7 
 
 		 429 aa  208  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.005255 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1282  RNA modification enzyme, MiaB family  32.62 
 
 		 434 aa  209  1e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1490  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.11 
 
 		 444 aa  209  1e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0611  RNA modification enzyme, MiaB family  33.51 
 
 		 437 aa  206  6e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.920211  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0422  RNA modification protein  32.46 
 
 		 446 aa  205  1e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0536856  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0180  MiaB-like tRNA modifying enzyme  35.16 
 
 		 434 aa  204  3e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10340  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.05 
 
 		 409 aa  204  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0729922  unclonable  0.00000000167703 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2568  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.75 
 
 		 434 aa  204  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1333  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.7 
 
 		 449 aa  203  7e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4443  RNA modification enzyme, MiaB family  30.02 
 
 		 450 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4391  hypothetical protein  30.02 
 
 		 450 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.115711  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1992  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.37 
 
 		 471 aa  202  9.999999999999999e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.130467  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2316  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.33 
 
 		 427 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000240078  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4429  hypothetical protein  30.16 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.111241  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4209  hypothetical protein  30.16 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4535  hypothetical protein  30.16 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2937  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.18 
 
 		 439 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.673839  normal  0.173134 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0807  RNA modification enzyme, MiaB family  30.16 
 
 		 450 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0137858  decreased coverage  2.64257e-22 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2241  RNA modification enzyme, MiaB family  30.46 
 
 		 454 aa  201  3e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00150078  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4047  hypothetical protein  30.16 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4057  hypothetical protein  30.16 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4161  RNA modification protein  30.39 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.556145  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1211  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.63 
 
 		 495 aa  201  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.496163 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1050  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.45 
 
 		 438 aa  200  5e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_835  tRNA modification enzyme, MiaB family  33.51 
 
 		 416 aa  200  5e-50  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.258618  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4332  RNA modification enzyme, MiaB family  29.77 
 
 		 450 aa  200  5e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16472e-48 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1164  RNA modification enzyme, MiaB family  30.63 
 
 		 431 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12760  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.02 
 
 		 438 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00265105  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1770  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.29 
 
 		 435 aa  199  1.0000000000000001e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000207484  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0853  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.98 
 
 		 416 aa  198  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.230835  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1331  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.07 
 
 		 417 aa  197  3e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000562047  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2445  RNA modification enzyme, MiaB family  30.45 
 
 		 417 aa  197  3e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.839572  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0459  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.95 
 
 		 453 aa  197  3e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.240377  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1645  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.78 
 
 		 410 aa  197  4.0000000000000005e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.447021  hitchhiker  0.00298865 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0874  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.12 
 
 		 431 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249518 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  31.87 
 
 		 446 aa  197  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.52 
 
 		 441 aa  196  6e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0926  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.7 
 
 		 427 aa  194  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.084888  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2299  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.6 
 
 		 466 aa  193  5e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.198843  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1017  RNA modification enzyme, MiaB family  30.45 
 
 		 449 aa  193  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1560  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.19 
 
 		 411 aa  193  7e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1749  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.74 
 
 		 451 aa  192  8e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000349639  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0969  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.82 
 
 		 421 aa  192  1e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07660  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.22 
 
 		 409 aa  192  1e-47  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.738464 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1737  2-methylthioadenine synthetase  30.02 
 
 		 438 aa  192  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.131145 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1350  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.91 
 
 		 449 aa  191  2e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.306215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1182  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.78 
 
 		 441 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0484271  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2282  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.31 
 
 		 434 aa  191  2e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1997  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.31 
 
 		 434 aa  192  2e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5039  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.93 
 
 		 444 aa  191  2.9999999999999997e-47  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1144  hypothetical protein  30.45 
 
 		 448 aa  191  4e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0174  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.38 
 
 		 430 aa  189  8e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2433  RNA modification enzyme, MiaB family  30.32 
 
 		 451 aa  189  1e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000747616  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1634  RNA modification protein  31.53 
 
 		 448 aa  188  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.654078  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1414  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.14 
 
 		 420 aa  189  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3217  RNA modification enzyme, MiaB family  32.12 
 
 		 435 aa  189  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000221997  hitchhiker  0.000000785503 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1668  RNA modification protein  31.53 
 
 		 448 aa  188  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0166  RNA modification protein  30.5 
 
 		 440 aa  187  2e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.684419  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09066  putative Fe-S oxidoreductase  30.18 
 
 		 458 aa  187  2e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.276137  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0150  RNA modification protein  28.24 
 
 		 434 aa  187  5e-46  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.839753  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2221  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.25 
 
 		 444 aa  186  1.0000000000000001e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000670309 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.23 
 
 		 456 aa  186  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000454579  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0962  MiaB family tRNA modification protein  31.47 
 
 		 413 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1711  hypothetical protein  29.43 
 
 		 436 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6578  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.6 
 
 		 425 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.745679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1294  MiaB-like tRNA modifying enzyme  33.16 
 
 		 409 aa  184  2.0000000000000003e-45  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1933  hypothetical protein  31.99 
 
 		 427 aa  184  4.0000000000000006e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1860  hypothetical protein  31.99 
 
 		 427 aa  184  4.0000000000000006e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.17951  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0444  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.41 
 
 		 442 aa  183  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0474351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2492  RNA modification protein  30.77 
 
 		 436 aa  183  7e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00131013  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0566  hypothetical protein  35.42 
 
 		 470 aa  182  9.000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.59061  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3574  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.54 
 
 		 423 aa  179  7e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2843  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.38 
 
 		 410 aa  179  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.451673 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4866  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.81 
 
 		 449 aa  179  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2053  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.92 
 
 		 450 aa  178  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3229  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.67 
 
 		 416 aa  177  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0152656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0522  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.57 
 
 		 420 aa  177  4e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0018  MiaB family tRNA modification protein  31.55 
 
 		 427 aa  176  8e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0412  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.07 
 
 		 437 aa  176  9e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.908018  normal  0.498454 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2721  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.38 
 
 		 410 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2224  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.38 
 
 		 442 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.490633  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0795  RNA modification enzyme, MiaB family  29.4 
 
 		 423 aa  175  1.9999999999999998e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.134555  normal  0.773593 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0298  RNA modification enzyme, MiaB family  30.58 
 
 		 431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2731  MiaB-like tRNA modifying enzyme  28.95 
 
 		 441 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.549128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2948  MiaB-like tRNA modifying enzyme  32.38 
 
 		 410 aa  174  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.736746  hitchhiker  0.001764 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0319  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.9 
 
 		 419 aa  173  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2810  MiaB-like tRNA modifying enzyme  29.27 
 
 		 421 aa  172  7.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.756102  normal  0.266811 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0217  MiaB family tRNA modification protein  29.78 
 
 		 412 aa  172  9e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>