113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE1620 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE1620  hypothetical protein  100 
 
 		 667 aa  1388    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0995  hypothetical protein  35.9 
 
 		 669 aa  411  1e-113  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.123233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3145  hypothetical protein  26.16 
 
 		 640 aa  139  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3542  UvrD/REP helicase  29.41 
 
 		 672 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.634729 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3271  UvrD/REP helicase  25.96 
 
 		 607 aa  94.4  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2573  hypothetical protein  26.59 
 
 		 260 aa  71.6  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.0000474072  normal  0.0702383 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0765  UvrD/REP helicase  27.31 
 
 		 669 aa  66.2  0.000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  unclonable  0.0000586014  normal  0.102674 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1645  UvrD/REP helicase  24.8 
 
 		 606 aa  59.3  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.417198  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  24.47 
 
 		 1033 aa  57.4  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1873  UvrD/REP helicase  24.76 
 
 		 591 aa  56.6  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.100548  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3223  UvrD/REP helicase  21.07 
 
 		 591 aa  55.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3483  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.91 
 
 		 673 aa  55.5  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0128  DNA-dependent helicase II  25 
 
 		 741 aa  55.5  0.000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000143952  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5487  putative ATP-dependent DNA helicase Rep  24 
 
 		 591 aa  55.1  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3407  UvrD/REP helicase  21.94 
 
 		 604 aa  53.1  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0218597  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  22.62 
 
 		 730 aa  53.1  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0497  DNA-dependent helicase II  23.31 
 
 		 726 aa  52.4  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.615928  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3373  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  52  0.00003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2767  UvrD/REP helicase  23.55 
 
 		 848 aa  52  0.00003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.053662 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3035  UvrD/REP helicase  21.35 
 
 		 814 aa  52  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1806  DNA-dependent helicase II  24.34 
 
 		 721 aa  51.6  0.00005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1807  DNA-dependent helicase II  24.34 
 
 		 721 aa  51.6  0.00005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 1132 aa  51.2  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0484  DNA-dependent helicase II  24.34 
 
 		 722 aa  50.8  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4444  UvrD/REP helicase  23.11 
 
 		 737 aa  50.8  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.805765  normal  0.0453578 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00200  DNA helicase II  24.24 
 
 		 723 aa  51.2  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.105669  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0469  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  50.8  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.154526  normal  0.949387 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  24.73 
 
 		 726 aa  50.8  0.00009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0467  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  50.8  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0473  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  50.8  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3558  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  50.8  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.231339  normal  0.569551 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.41 
 
 		 739 aa  50.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2756  UvrD/REP helicase  27.59 
 
 		 1183 aa  50.4  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  22.39 
 
 		 1244 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  22.9 
 
 		 707 aa  50.1  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  31.87 
 
 		 1162 aa  49.7  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  22.11 
 
 		 1127 aa  49.7  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2424  UvrD/REP helicase  21.83 
 
 		 725 aa  49.7  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0441  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.419194  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3385  DNA-dependent helicase II  23.19 
 
 		 726 aa  49.3  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3892  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0467  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 721 aa  50.1  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4015  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  50.1  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3818  DNA-dependent helicase II  23.95 
 
 		 722 aa  49.7  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  22.31 
 
 		 1027 aa  49.7  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1801  hypothetical protein  24.88 
 
 		 625 aa  48.9  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0468  DNA-dependent helicase II  23.55 
 
 		 721 aa  48.9  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000657213  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  22.31 
 
 		 723 aa  48.9  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  22.31 
 
 		 723 aa  48.9  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2478  UvrD/REP helicase  29.36 
 
 		 1167 aa  48.9  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000366481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5516  DNA helicase II  23.6 
 
 		 727 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1845  UvrD/REP helicase  26.02 
 
 		 620 aa  48.5  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3753  UvrD/REP helicase  26.79 
 
 		 1128 aa  48.5  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0304881  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4498  DNA-dependent helicase II  23.57 
 
 		 721 aa  48.5  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0025295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.3 
 
 		 785 aa  48.5  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5065  DNA-dependent helicase II  23.57 
 
 		 727 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  23.94 
 
 		 1032 aa  48.1  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  22.85 
 
 		 672 aa  47.8  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3397  DNA-dependent helicase II  23.97 
 
 		 727 aa  47.8  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1509  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 		 1073 aa  47.4  0.0009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.254062  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  25.83 
 
 		 773 aa  47  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71870  DNA-dependent helicase II  23.39 
 
 		 728 aa  47  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.186903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6233  DNA-dependent helicase II  23.39 
 
 		 728 aa  47  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  29.2 
 
 		 1162 aa  47  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0780  UvrD/REP helicase  29.67 
 
 		 1192 aa  47  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.15427  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  22.01 
 
 		 728 aa  47  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  24.72 
 
 		 706 aa  47.4  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0222  DNA-dependent helicase II  23.22 
 
 		 734 aa  47  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.211627  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0348  DNA helicase  24.31 
 
 		 698 aa  47  0.001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  decreased coverage  0.00900686  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0712  UvrD/REP helicase  33.71 
 
 		 1103 aa  46.6  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.08 
 
 		 756 aa  47.4  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0754  ATP-dependent DNA helicase Rep  24.59 
 
 		 587 aa  46.2  0.002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.643559  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  20.65 
 
 		 1089 aa  46.2  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  24.7 
 
 		 724 aa  46.6  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2812  UvrD/REP helicase  23.19 
 
 		 719 aa  46.2  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3656  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  25.78 
 
 		 637 aa  46.2  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.317383  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 		 787 aa  46.6  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4243  UvrD/REP helicase  26.61 
 
 		 1120 aa  46.6  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  23.48 
 
 		 689 aa  46.2  0.002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5130  DNA-dependent helicase II  23.19 
 
 		 729 aa  46.2  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.228367 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00520  DNA-dependent helicase II  24.7 
 
 		 726 aa  45.8  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.851543  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2665  UvrD/REP helicase  24.03 
 
 		 573 aa  46.2  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.997646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  26.17 
 
 		 753 aa  46.6  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  29.79 
 
 		 678 aa  45.4  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3300  double-strand break repair helicase AddA  24.36 
 
 		 1167 aa  45.8  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.107239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.73 
 
 		 794 aa  45.4  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2973  UvrD/REP helicase  31.71 
 
 		 1128 aa  45.4  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.707906 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002086  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA  21.8 
 
 		 724 aa  45.4  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0295  hypothetical protein  26.27 
 
 		 629 aa  45.4  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0199144 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0039  UvrD/REP helicase  20.23 
 
 		 599 aa  45.1  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.830062  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  24.36 
 
 		 678 aa  45.4  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  35.29 
 
 		 715 aa  45.1  0.004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5352  DNA-dependent helicase II  22.96 
 
 		 728 aa  44.7  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.138491 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.78 
 
 		 758 aa  44.7  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5260  DNA-dependent helicase II  22.96 
 
 		 728 aa  45.1  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.658271 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00351  DNA-dependent helicase II  21.8 
 
 		 724 aa  45.1  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4154  UvrD/REP helicase  23.64 
 
 		 545 aa  44.7  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0874139 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  23.64 
 
 		 678 aa  44.7  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0184  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.09 
 
 		 672 aa  44.7  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  23.08 
 
 		 817 aa  44.7  0.006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>