269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0352 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0352  ribose 5-phosphate isomerase B  100 
 
 
150 aa  303  6e-82  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2597  ribose-5-phosphate isomerase  47.33 
 
 
149 aa  148  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0696545  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2463  ribose-5-phosphate isomerase B  45.33 
 
 
149 aa  143  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2173  ribose-5-phosphate isomerase B  45.33 
 
 
149 aa  143  8.000000000000001e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0388966  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03962  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
149 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3901  ribose 5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
149 aa  141  3e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03922  hypothetical protein  46.58 
 
 
149 aa  141  3e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3936  ribose-5-phosphate isomerase B  46.58 
 
 
149 aa  141  3e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0942  uracil phosphoribosyltransferase  45.21 
 
 
370 aa  138  3e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4556  ribose-5-phosphate isomerase B  45.21 
 
 
149 aa  138  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3431  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  45.58 
 
 
147 aa  135  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000280792  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2385  ribose 5-phosphate isomerase B  45.52 
 
 
149 aa  132  9.999999999999999e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000941182  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0259  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.52 
 
 
149 aa  132  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000129497  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1638  ribose-5-phosphate isomerase B  43.45 
 
 
149 aa  131  3.9999999999999996e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1922  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  43.24 
 
 
153 aa  130  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1263  ribose-5-phosphate isomerase  40.14 
 
 
152 aa  130  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.649363 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1182  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.38 
 
 
145 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0369  ribose 5-phosphate isomerase B  42.07 
 
 
148 aa  126  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0098  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.89 
 
 
148 aa  125  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0632  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  44.14 
 
 
148 aa  124  3e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2209  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  43.97 
 
 
143 aa  124  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.922372  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0790  ribose 5-phosphate isomerase B  43.45 
 
 
145 aa  123  7e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl105  ribose 5-phosphate isomerase  41.84 
 
 
146 aa  123  9e-28  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0357  ribose-5-phosphate isomerase  43.54 
 
 
166 aa  123  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0074  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  43.26 
 
 
165 aa  122  1e-27  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2392  ribose-5-phosphate isomerase  39.19 
 
 
181 aa  122  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.73759  normal  0.0712618 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1747  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  41.1 
 
 
148 aa  122  2e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0569698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4828  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.47 
 
 
149 aa  122  2e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000305549  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4178  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40 
 
 
149 aa  121  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811694  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3163  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.86 
 
 
152 aa  121  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000204659  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0488  ribose-5-phosphate isomerase B  41.22 
 
 
149 aa  121  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.136003  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2859  ribose-5-phosphate isomerase  37.67 
 
 
162 aa  120  6e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000346833 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0621  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.16 
 
 
152 aa  117  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17930  ribose-5-phosphate isomerase  41.1 
 
 
322 aa  117  3.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3131  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00448812 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0070  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.04 
 
 
149 aa  116  9e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.212167  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1441  ribose 5-phosphate isomerase B  38.85 
 
 
151 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0792  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40.85 
 
 
150 aa  115  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0447104  normal  0.0700549 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2148  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  37.84 
 
 
152 aa  115  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1880  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.19 
 
 
149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1359  ribose-5-phosphate isomerase  38.93 
 
 
158 aa  115  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.632474  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0809  ribose 5-phosphate isomerase B  40.69 
 
 
148 aa  114  3e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1933  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  40.14 
 
 
149 aa  114  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000691154  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0559  ribose 5-phosphate isomerase B  39.42 
 
 
150 aa  114  5e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2692  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.57 
 
 
157 aa  114  5e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0651624  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1117  ribose-5-phosphate isomerase B  38.93 
 
 
150 aa  114  6e-25  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3315  ribose-5-phosphate isomerase B  35.14 
 
 
148 aa  112  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.16807  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0757  ribose-5-phosphate isomerase B  41.1 
 
 
148 aa  112  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4584  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  38.36 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.782125  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3427  ribose-5-phosphate isomerase B  36.49 
 
 
149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1604  ribose-5-phosphate isomerase  38.62 
 
 
148 aa  111  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0025055  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2239  ribose-5-phosphate isomerase  41.55 
 
 
145 aa  110  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0952  ribose-5-phosphate isomerase B  34.93 
 
 
151 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3289  ribose-5-phosphate isomerase B  34.93 
 
 
151 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3422  ribose-5-phosphate isomerase B  34.93 
 
 
151 aa  110  7.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.208549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1460  ribose-5-phosphate isomerase  37.93 
 
 
149 aa  110  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.293951 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1042  ribose 5-phosphate isomerase B  36.81 
 
 
148 aa  110  8.000000000000001e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2593  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  35.86 
 
 
153 aa  108  2.0000000000000002e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4874  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.96 
 
 
143 aa  108  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.585109 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0972  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  34.25 
 
 
149 aa  108  3e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1307  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  38.03 
 
 
154 aa  108  3e-23  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.833866  normal  0.257706 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1446  ribose 5-phosphate isomerase B  39.29 
 
 
144 aa  108  3e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.396381  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2450  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  41.22 
 
 
149 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.618106 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2026  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  39.19 
 
 
161 aa  107  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.359244  normal  0.295669 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3103  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  36.05 
 
 
151 aa  106  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00677478  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1864  ribose 5-phosphate isomerase B  41.01 
 
 
149 aa  106  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1815  ribose 5-phosphate isomerase  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.12125  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1791  ribose 5-phosphate isomerase B  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0813  ribose 5-phosphate isomerase  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1104  ribose 5-phosphate isomerase  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0454  ribose 5-phosphate isomerase B  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0359  ribose 5-phosphate isomerase B  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.167619  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2077  ribose 5-phosphate isomerase  35.1 
 
 
164 aa  106  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1159  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  36.73 
 
 
151 aa  106  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.832991 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0934  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  40.15 
 
 
161 aa  106  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.759422  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1376  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  37.5 
 
 
146 aa  106  1e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1553  RpiB/LacA/LacB family sugar-phosphate isomerase  36.43 
 
 
147 aa  106  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2621  ribose/galactose isomerase  36.73 
 
 
150 aa  105  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1116  ribose-5-phosphate isomerase B  37.93 
 
 
145 aa  105  2e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.177801  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2837  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  39.72 
 
 
147 aa  105  2e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0652  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.16 
 
 
149 aa  105  3e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.867126  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1034  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  37.41 
 
 
146 aa  104  4e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.257274 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3746  ribose-5-phosphate isomerase B  38.51 
 
 
148 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.307071  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0643  ribose-5-phosphate isomerase B  38.17 
 
 
152 aa  104  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0677  ribose-5-phosphate isomerase B  38.17 
 
 
152 aa  104  5e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2314  ribose-5-phosphate isomerase  36.81 
 
 
149 aa  104  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2734  ribose 5-phosphate isomerase B  39.72 
 
 
147 aa  104  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1130  ribose-5-phosphate isomerase  40.71 
 
 
152 aa  103  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.590654  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03435  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  36.62 
 
 
143 aa  103  8e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0370371  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2745  ribose-5-phosphate isomerase  38.3 
 
 
147 aa  103  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1026  ribose 5-phosphate isomerase B  41.78 
 
 
148 aa  102  1e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1737  ribose 5-phosphate isomerase B  36.11 
 
 
143 aa  102  1e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_583  ribose-5-phosphate isomerase-like protein  38.17 
 
 
154 aa  103  1e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1105  ribose 5-phosphate isomerase  38.36 
 
 
152 aa  103  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.79146  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1664  ribose 5-phosphate isomerase B  36.11 
 
 
143 aa  102  1e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1606  ribose 5-phosphate isomerase B, putative  36.55 
 
 
148 aa  102  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.350324  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2929  ribose 5-phosphate isomerase B  38.3 
 
 
147 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2572  ribose/galactose isomerase  36.3 
 
 
153 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5648  sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family  42.76 
 
 
160 aa  102  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.609634  normal  0.681058 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22120  Ribose 5-phosphate isomerase B protein  34.25 
 
 
157 aa  102  2e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>