More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Syncc9605_0085 on replicon NC_007516
Organism: Synechococcus sp. CC9605



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007516  Syncc9605_0085  translation initiation factor IF-3  100 
 
 
217 aa  439  9.999999999999999e-123  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0131  translation initiation factor IF-3  89.4 
 
 
217 aa  384  1e-106  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.122365  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01551  translation initiation factor IF-3  90 
 
 
219 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1215  translation initiation factor IF-3  86.57 
 
 
202 aa  338  4e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20901  translation initiation factor IF-3  85.57 
 
 
202 aa  337  5.9999999999999996e-92  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.240556  normal  0.63143 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17631  translation initiation factor IF-3  85.57 
 
 
202 aa  337  9e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18251  translation initiation factor IF-3  84.62 
 
 
195 aa  324  8.000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.412706  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18271  translation initiation factor IF-3  84.66 
 
 
190 aa  319  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.125602  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1729  translation initiation factor IF-3  84.13 
 
 
190 aa  318  3e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18461  translation initiation factor IF-3  84.13 
 
 
190 aa  318  5e-86  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0065  translation initiation factor IF-3  68.13 
 
 
184 aa  264  1e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0441  translation initiation factor IF-3  69.64 
 
 
179 aa  255  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.077533  normal  0.427819 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2038  translation initiation factor IF-3  68.05 
 
 
177 aa  253  1.0000000000000001e-66  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.369536 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4675  translation initiation factor IF-3  68.05 
 
 
177 aa  252  3e-66  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.361003  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0830  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 
176 aa  249  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0802  translation initiation factor IF-3  72.57 
 
 
176 aa  249  2e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1924  translation initiation factor IF-3  70.59 
 
 
177 aa  244  8e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  62.72 
 
 
178 aa  237  1e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  46.81 
 
 
357 aa  181  5.0000000000000004e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_11652  predicted protein  53.25 
 
 
186 aa  178  4.999999999999999e-44  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.445238  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  47.78 
 
 
222 aa  176  2e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  51.52 
 
 
227 aa  176  2e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1624  translation initiation factor IF-3  47.51 
 
 
415 aa  176  2e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.640548 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  45.69 
 
 
212 aa  176  3e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  48 
 
 
204 aa  175  5e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  52.76 
 
 
171 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  52.44 
 
 
187 aa  173  1.9999999999999998e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  50.3 
 
 
329 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1103  translation initiation factor IF-3  45.99 
 
 
233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0433779  normal  0.928932 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  49.08 
 
 
164 aa  172  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 
250 aa  172  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  48.48 
 
 
199 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  51.81 
 
 
190 aa  171  9e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  41.83 
 
 
219 aa  170  1e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2054  translation initiation factor IF-3  51.97 
 
 
152 aa  170  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000423398  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  47.95 
 
 
239 aa  170  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  47.53 
 
 
179 aa  169  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
205 aa  169  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  41.9 
 
 
238 aa  169  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  47.85 
 
 
202 aa  168  5e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  45.36 
 
 
238 aa  168  5e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  45.36 
 
 
238 aa  168  5e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  46.63 
 
 
277 aa  168  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  45.36 
 
 
238 aa  168  6e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  47.24 
 
 
243 aa  167  9e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  48.52 
 
 
173 aa  167  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  48.77 
 
 
180 aa  166  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
173 aa  166  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  50.31 
 
 
172 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  47.37 
 
 
243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  49.35 
 
 
175 aa  166  4e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  43.5 
 
 
401 aa  165  5e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  47.53 
 
 
202 aa  164  5.9999999999999996e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  48.21 
 
 
192 aa  164  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  46.93 
 
 
197 aa  164  1.0000000000000001e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  49.07 
 
 
204 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2538  translation initiation factor IF-3  46.75 
 
 
173 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.838605  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  48.45 
 
 
174 aa  164  1.0000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  50.33 
 
 
165 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000758155  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  49.69 
 
 
198 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  46.39 
 
 
396 aa  163  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  46.78 
 
 
225 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  47.53 
 
 
190 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  44.51 
 
 
356 aa  162  4.0000000000000004e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000187235 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  47.93 
 
 
173 aa  162  4.0000000000000004e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  49.68 
 
 
159 aa  162  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1800  translation initiation factor 3  50.31 
 
 
163 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00939294  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  49.39 
 
 
178 aa  161  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  47.24 
 
 
201 aa  161  6e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1225  translation initiation factor 3  46.01 
 
 
164 aa  161  7e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000314962  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  46.95 
 
 
253 aa  161  8.000000000000001e-39  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  49.39 
 
 
178 aa  161  8.000000000000001e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  48.08 
 
 
179 aa  161  8.000000000000001e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  45.35 
 
 
194 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  45.35 
 
 
194 aa  161  8.000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  55.71 
 
 
145 aa  160  1e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000306668  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  46.95 
 
 
182 aa  160  1e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  45.4 
 
 
225 aa  160  1e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  48.47 
 
 
198 aa  160  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  44.19 
 
 
194 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  44.83 
 
 
182 aa  160  2e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  44.85 
 
 
351 aa  159  3e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  49.67 
 
 
154 aa  158  5e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2747  translation initiation factor IF-3  45.73 
 
 
169 aa  158  5e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128829 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  44.12 
 
 
174 aa  158  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  46.5 
 
 
173 aa  158  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  44.83 
 
 
178 aa  158  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  46.82 
 
 
193 aa  157  9e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  44.75 
 
 
207 aa  157  1e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  46.63 
 
 
249 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  45.4 
 
 
173 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0221  translation initiation factor IF-3  42.86 
 
 
186 aa  156  2e-37  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 
195 aa  156  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2172  translation initiation factor IF-3  49.67 
 
 
154 aa  156  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000864988  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 
195 aa  156  2e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 
195 aa  156  2e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 
195 aa  156  2e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  44.25 
 
 
204 aa  156  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  46.15 
 
 
173 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  45.68 
 
 
186 aa  156  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>