More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3834 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 
354 aa  726    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  43.42 
 
 
345 aa  268  8.999999999999999e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  41.86 
 
 
342 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  39.83 
 
 
368 aa  205  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  38.11 
 
 
351 aa  204  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  34.56 
 
 
373 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  37.08 
 
 
359 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  34.53 
 
 
350 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  28.66 
 
 
336 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  27.13 
 
 
324 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3504  anti-FecI sigma factor, FecR  26.99 
 
 
348 aa  109  8.000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4078  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 
316 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.53105  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  26.14 
 
 
342 aa  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
333 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  29.27 
 
 
318 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  31.95 
 
 
357 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  26.94 
 
 
339 aa  104  2e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  32.08 
 
 
316 aa  102  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  29.52 
 
 
327 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  30.57 
 
 
344 aa  100  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  27.63 
 
 
327 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  32.56 
 
 
320 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  26.83 
 
 
324 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  26.36 
 
 
327 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  26.8 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2367  anti-FecI sigma factor, FecR  27.6 
 
 
335 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  31.92 
 
 
328 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2564  putative FecR  25.52 
 
 
333 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34255  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  29.09 
 
 
311 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  27.16 
 
 
329 aa  94.7  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  25.62 
 
 
342 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  26.61 
 
 
328 aa  94  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1133  anti-FecI sigma factor, FecR  25.51 
 
 
322 aa  93.6  4e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  30.99 
 
 
336 aa  92.4  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  30.37 
 
 
320 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2219  anti-FecI sigma factor, FecR  25.69 
 
 
335 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3555  anti-FecI sigma factor, FecR  26.99 
 
 
335 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.170441  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  31.16 
 
 
274 aa  89.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  24.41 
 
 
320 aa  87.8  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.55 
 
 
317 aa  87.4  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  26.21 
 
 
336 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2771  transmembrane sensor  27.9 
 
 
332 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  24.46 
 
 
338 aa  87  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0445  regulatory protein, putative  27.14 
 
 
330 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.563383  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  28.83 
 
 
318 aa  86.7  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  29.33 
 
 
320 aa  87  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  24.5 
 
 
375 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  29.82 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  30 
 
 
327 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  27.47 
 
 
328 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  26.92 
 
 
323 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  26.92 
 
 
337 aa  83.2  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  25.81 
 
 
316 aa  82.8  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  28.95 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  26.28 
 
 
321 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  27.43 
 
 
342 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  24.93 
 
 
307 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  24.93 
 
 
326 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2952  anti-FecI sigma factor, FecR  28.69 
 
 
319 aa  82  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.633834 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0142  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 
359 aa  82  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26324  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  25.29 
 
 
320 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  30 
 
 
340 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  26.69 
 
 
377 aa  80.1  0.00000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  24.77 
 
 
319 aa  79.7  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4730  FecR protein  26.9 
 
 
327 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  30.18 
 
 
320 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  23.62 
 
 
396 aa  79.7  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1225  FecR protein  24.56 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.615104  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  24.43 
 
 
320 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1833  FecR protein  27.76 
 
 
306 aa  79  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.108836 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  27.23 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2125  anti-FecI sigma factor, FecR  24.71 
 
 
333 aa  78.2  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.32848 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  24 
 
 
327 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  27.19 
 
 
329 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  27.65 
 
 
268 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  27.11 
 
 
309 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  23.5 
 
 
331 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  25.23 
 
 
314 aa  78.2  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  24.85 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  23.51 
 
 
315 aa  77  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  30.84 
 
 
340 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  27.19 
 
 
280 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  29.86 
 
 
320 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  25.97 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  24.18 
 
 
318 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  26.97 
 
 
325 aa  76.3  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.11 
 
 
264 aa  75.9  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  28.38 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  28.22 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  27.44 
 
 
374 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  24.86 
 
 
342 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0873  anti-FecI sigma factor, FecR  26.69 
 
 
313 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0930  putative FecR  25.39 
 
 
329 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.127037  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0481  putative FecR  27.48 
 
 
327 aa  75.1  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.133336  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  23.6 
 
 
320 aa  74.7  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  25.94 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  25.97 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  25.65 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  27.46 
 
 
353 aa  74.3  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>