More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1980 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_1980  aminodeoxychorismate lyase  100 
 
 
271 aa  558  1e-158  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0416035  hitchhiker  0.00481294 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2650  aminotransferase, class IV  58.67 
 
 
271 aa  317  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.23684 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1921  aminodeoxychorismate lyase  51 
 
 
300 aa  302  4.0000000000000003e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2216  aminotransferase, class IV  52.61 
 
 
269 aa  297  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1890  aminodeoxychorismate lyase  51.31 
 
 
269 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0235041  normal  0.0459929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2454  aminotransferase class IV  50.94 
 
 
269 aa  289  4e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00581034  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2461  aminotransferase, class IV  51.31 
 
 
269 aa  288  7e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000415666  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2574  aminodeoxychorismate lyase  51.31 
 
 
269 aa  288  7e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.0405986 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1764  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  52.99 
 
 
269 aa  288  9e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.073629  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1734  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  52.99 
 
 
269 aa  285  7e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0256698  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1659  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  52.61 
 
 
269 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0501758  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2615  4-amino-4-deoxychorismate lyase  51.49 
 
 
269 aa  281  1e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2242  aminotransferase, class IV  50.91 
 
 
277 aa  279  4e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2053  aminotransferase, class IV  51.11 
 
 
294 aa  268  8e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1577  aminotransferase, class IV  46.21 
 
 
277 aa  261  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2045  aminodeoxychorismate lyase  47.74 
 
 
296 aa  242  3.9999999999999997e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2804  4-amino-4-deoxychorismate lyase  42.97 
 
 
265 aa  204  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00411818  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2500  4-amino-4-deoxychorismate lyase  41.41 
 
 
265 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00140105  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0432  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.22 
 
 
267 aa  194  9e-49  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.217429  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2243  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.87 
 
 
268 aa  192  5e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000604374  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1475  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  188  1e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000862113  hitchhiker  0.00000000000021335 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1217  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  186  3e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000222751  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01092  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000953076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2551  aminodeoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000103186  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2505  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0018668  unclonable  0.0000000105414 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01100  hypothetical protein  38.37 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000707213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1218  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  185  6e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000350688  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2228  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000140571  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2031  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.37 
 
 
269 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000010849  hitchhiker  0.00000935135 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1274  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.8 
 
 
269 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.131481  normal  0.593552 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1590  4-amino-4-deoxychorismate lyase  40.77 
 
 
267 aa  183  3e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0229807  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2119  aminotransferase, class IV  39.08 
 
 
271 aa  181  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00194364  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1909  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.7 
 
 
265 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472984  decreased coverage  0.000000690882 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02905  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.7 
 
 
271 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1626  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.84 
 
 
267 aa  178  8e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000172444  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1662  aminotransferase, class IV  36.94 
 
 
273 aa  176  4e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.101925  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1631  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.15 
 
 
271 aa  176  4e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2197  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.06 
 
 
271 aa  169  5e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1297  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.43 
 
 
269 aa  168  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0225014  hitchhiker  1.45704e-16 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25710  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.43 
 
 
271 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0077515  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002999  aminodeoxychorismate lyase  36.06 
 
 
271 aa  167  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0085011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1312  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.43 
 
 
269 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.614636  hitchhiker  0.0000000000000833328 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1418  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  36.4 
 
 
285 aa  168  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.711679 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2171  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.43 
 
 
269 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.216662  decreased coverage  0.000000000000025967 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1988  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.43 
 
 
269 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000218178  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14950  4-amino-4-deoxychorismate lyase  35.34 
 
 
271 aa  166  5e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1831  4-amino-4-deoxychorismate lyase  36.16 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1581  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.84 
 
 
268 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000587393  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1998  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.08 
 
 
276 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3495  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.84 
 
 
268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000429214  hitchhiker  0.00824664 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0004  aminotransferase, class IV  35.14 
 
 
288 aa  161  8.000000000000001e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000202983  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1604  4-amino-4-deoxychorismate lyase  32.82 
 
 
277 aa  161  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00120574  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1689  4-amino-4-deoxychorismate lyase  37.45 
 
 
268 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00992906  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1611  4-amino-4-deoxychorismate lyase  38.04 
 
 
271 aa  157  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000108731  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3829  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.46 
 
 
271 aa  155  7e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0203451  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1650  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.1 
 
 
271 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159709  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1092  aminotransferase, class IV  36.43 
 
 
278 aa  152  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1528  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.08 
 
 
271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.50633 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1917  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.72 
 
 
271 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307364  unclonable  0.000000254306 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3797  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34.1 
 
 
271 aa  148  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.172255  normal  0.333642 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1493  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.72 
 
 
271 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2300  4-amino-4-deoxychorismate lyase  34 
 
 
268 aa  147  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.187606  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4154  4-amino-4-deoxychorismate lyase  33.21 
 
 
271 aa  145  6e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0929284  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1502  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  32.96 
 
 
271 aa  144  1e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0156373  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2269  aminotransferase class IV  34.55 
 
 
275 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.4966  normal  0.194503 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02332  4-amino-4-deoxychorismate lyase  32.09 
 
 
282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.144635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1632  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  35.63 
 
 
289 aa  139  4.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.114958  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0716  aminotransferase, class IV  29.21 
 
 
295 aa  130  3e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0327665  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1545  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  33.21 
 
 
268 aa  129  7.000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.185803  normal  0.071665 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1255  aminodeoxychorismate lyase  31.05 
 
 
269 aa  123  4e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.489867  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1604  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  36.95 
 
 
271 aa  122  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0300662  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1586  aminodeoxychorismate lyase  32.19 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0753996 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1911  4-amino-4-deoxychorismate lyase, putative  32.19 
 
 
277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.129492  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1920  aminodeoxychorismate lyase  28.27 
 
 
305 aa  110  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130955  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1864  aminodeoxychorismate lyase  33.06 
 
 
272 aa  108  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.358986  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1562  aminotransferase class IV  27.6 
 
 
282 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.41201  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1654  branched-chain amino acid aminotransferase  28.63 
 
 
287 aa  97.1  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1545  aminotransferase class IV  28.36 
 
 
298 aa  96.3  5e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0525  putative branched-chain amino acid aminotransferase  28.22 
 
 
281 aa  95.1  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3581  aminotransferase class IV  28.46 
 
 
263 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000213768  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1220  aminotransferase class IV  27.9 
 
 
278 aa  90.5  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1897  aminotransferase class IV  31.65 
 
 
269 aa  89.4  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0193132 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09633  branched-chain amino acid aminotransferase  27.43 
 
 
279 aa  87.8  2e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.396462  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2109  branched chain amino acid: 2-keto-4-methylthiobutyrate aminotransferase  28.11 
 
 
277 aa  87.8  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4274  aminotransferase class IV  28.57 
 
 
285 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0781422  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2032  branched-chain-amino-acid transaminase  26.74 
 
 
285 aa  85.9  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000736742  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1195  branched-chain amino acid aminotransferase  26.53 
 
 
286 aa  85.5  9e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0760  aminotransferase, class IV  28.9 
 
 
296 aa  85.1  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00445325  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3708  aminotransferase, class IV  28.4 
 
 
288 aa  85.1  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.464528  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2597  branched-chain amino acid aminotransferase  26.24 
 
 
299 aa  84  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3905  aminotransferase class IV  28.15 
 
 
285 aa  84.3  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0129654  normal  0.244879 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1137  branched-chain amino acid aminotransferase  27.24 
 
 
286 aa  83.6  0.000000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0141  aminodeoxychorismate lyase apoprotein  27.82 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.186701  normal  0.0223264 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1546  branched-chain amino acid aminotransferase  25.36 
 
 
287 aa  83.2  0.000000000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.452382  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1280  branched-chain amino acid aminotransferase  27.35 
 
 
298 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.668596  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0412  branched chain amino acid: 2-keto-4-methylthiobutyrate aminotransferase  27.95 
 
 
266 aa  83.2  0.000000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1318  branched-chain amino acid aminotransferase  27.16 
 
 
298 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0438396  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1307  branched-chain amino acid aminotransferase  27.35 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.898461  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1281  branched-chain amino acid aminotransferase  27.35 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00322304  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1416  branched-chain amino acid aminotransferase  27.35 
 
 
298 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.493343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>