70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1696 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_2949  polysaccharide biosynthesis protein  72.67 
 
 
455 aa  661    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.484076  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1696  polysaccharide biosynthesis protein  100 
 
 
454 aa  913    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.235327  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1426  polysaccharide biosynthesis protein  60.71 
 
 
455 aa  553  1e-156  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2007  polysaccharide biosynthesis protein  58.18 
 
 
442 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2685  polysaccharide biosynthesis protein  36.75 
 
 
424 aa  260  3e-68  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.698647 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  33.83 
 
 
423 aa  249  8e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  32.32 
 
 
421 aa  222  8e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3801  polysaccharide biosynthesis export protein-like  24.79 
 
 
420 aa  109  8.000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3244  polysaccharide biosynthesis protein  26.39 
 
 
421 aa  91.7  3e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0109073  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  21.19 
 
 
507 aa  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  24.65 
 
 
487 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  22.72 
 
 
501 aa  63.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  22.09 
 
 
486 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  25.21 
 
 
501 aa  62.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  21.47 
 
 
509 aa  61.2  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  24.24 
 
 
467 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  22.13 
 
 
487 aa  59.3  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  24.46 
 
 
483 aa  58.2  0.0000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  21.91 
 
 
489 aa  58.2  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  22.55 
 
 
504 aa  57.8  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  23.38 
 
 
492 aa  57.8  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  24.38 
 
 
492 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  24.38 
 
 
492 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  24.38 
 
 
492 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  24.38 
 
 
492 aa  57  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  24.38 
 
 
492 aa  57.4  0.0000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  24.38 
 
 
492 aa  57  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  22.55 
 
 
504 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  23.59 
 
 
479 aa  56.6  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  23.23 
 
 
509 aa  56.6  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  21.87 
 
 
501 aa  56.2  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  25.23 
 
 
476 aa  56.6  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  23.88 
 
 
492 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  23.88 
 
 
492 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  20.87 
 
 
483 aa  53.1  0.000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  23.88 
 
 
504 aa  52.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  22.39 
 
 
510 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  22.39 
 
 
503 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  22.39 
 
 
510 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  22.39 
 
 
510 aa  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  22.39 
 
 
510 aa  52.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  24.4 
 
 
488 aa  51.2  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  22.8 
 
 
487 aa  50.8  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  23.76 
 
 
502 aa  50.8  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4254  polysaccharide biosynthesis protein  27.97 
 
 
465 aa  51.2  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.16434 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0177  polysaccharide biosynthesis protein  24 
 
 
446 aa  50.8  0.00005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89066  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  22.67 
 
 
448 aa  50.4  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  21.95 
 
 
482 aa  49.7  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  24.25 
 
 
493 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2823  polysaccharide biosynthesis protein  20.64 
 
 
472 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3528  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
481 aa  49.7  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000418203  normal  0.0383935 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  21.62 
 
 
493 aa  49.3  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  20.15 
 
 
474 aa  48.5  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  20.15 
 
 
475 aa  48.5  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  24.17 
 
 
497 aa  48.1  0.0004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  24.37 
 
 
498 aa  47.8  0.0004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0641  polysaccharide biosynthesis protein, putative  26.67 
 
 
508 aa  47  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  22.96 
 
 
499 aa  47  0.0006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  26.02 
 
 
480 aa  47  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0847  polysaccharide biosynthesis protein  26.05 
 
 
457 aa  45.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.875823  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  19.66 
 
 
483 aa  45.1  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  24.48 
 
 
512 aa  45.1  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  23.12 
 
 
493 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  22.73 
 
 
510 aa  44.3  0.004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  22.73 
 
 
510 aa  44.3  0.004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  21.19 
 
 
504 aa  44.3  0.005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  25.81 
 
 
508 aa  44.3  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  20 
 
 
479 aa  44.3  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  21.74 
 
 
490 aa  43.5  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  21.01 
 
 
502 aa  43.1  0.01  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>