More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0701 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  100 
 
 		 359 aa  727    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  53.07 
 
 		 373 aa  354  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  45.86 
 
 		 351 aa  291  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2389  cytochrome c oxidase cbb3-type, subunit I  38.9 
 
 		 342 aa  217  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.12376  hitchhiker  0.0000606712 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0244  putative regulatory protein  37.58 
 
 		 345 aa  205  8e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3834  anti-FecI sigma factor, FecR  37.08 
 
 		 354 aa  192  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03905  putative regulatory protein  36.62 
 
 		 368 aa  186  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.425706  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  30.4 
 
 		 350 aa  155  8e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3504  anti-FecI sigma factor, FecR  28.23 
 
 		 348 aa  124  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2919  putative IRON transport-sensory transduction transmembrane protein  32.91 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  27.86 
 
 		 324 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  30.72 
 
 		 336 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2649  anti-FecI sigma factor, FecR  32.35 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1968  anti-FecI sigma factor, FecR  28.46 
 
 		 336 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.629928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  28.92 
 
 		 309 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1119  putative FecR  35.29 
 
 		 357 aa  109  6e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.52512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2244  anti-FecI sigma factor, FecR  26.72 
 
 		 333 aa  109  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.712365  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  27.61 
 
 		 324 aa  109  8.000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  25.07 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.584029  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0142  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 359 aa  109  1e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.26324  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  24.32 
 
 		 327 aa  106  6e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  26.67 
 
 		 339 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  28.08 
 
 		 345 aa  106  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  33.5 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3785  putative FecR  25.68 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4078  anti-FecI sigma factor, FecR  29.97 
 
 		 316 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.53105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1443  putative transcriptional regulator, putative  27.09 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  32.67 
 
 		 337 aa  102  8e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  30.73 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  27.49 
 
 		 320 aa  99.8  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2373  putative FecR  32.51 
 
 		 329 aa  97.8  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.518516  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1815  anti-FecI sigma factor, FecR  27.76 
 
 		 317 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  24.69 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0922  anti-FecI sigma factor, FecR  31.9 
 
 		 318 aa  97.4  3e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  31.37 
 
 		 334 aa  96.3  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1728  anti-FecI sigma factor, FecR  27.71 
 
 		 315 aa  95.5  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.59263 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  25.15 
 
 		 320 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1989  anti-FecI sigma factor, FecR  28.51 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  25.36 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  24.5 
 
 		 320 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40220  Anti-sigma factor protein, FecR family  27.57 
 
 		 264 aa  94.4  3e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  25.61 
 
 		 321 aa  94.4  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  27.96 
 
 		 328 aa  94  3e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1412  anti-FecI sigma factor, FecR  25.96 
 
 		 317 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  25 
 
 		 327 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  29.33 
 
 		 311 aa  94  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  28.57 
 
 		 350 aa  92.8  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5188  putative FecR  26.22 
 
 		 315 aa  92.4  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5853  anti-FecI sigma factor, FecR  23.26 
 
 		 375 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3272  anti-FecI sigma factor, FecR  26.38 
 
 		 327 aa  92  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.104014  normal  0.0390784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5618  putative transmembrane sensor  26.57 
 
 		 340 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.680128  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3252  anti-FecI sigma factor, FecR  31.53 
 
 		 308 aa  92  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.451984  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4020  putative transmembrane sensor  28.95 
 
 		 268 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.654919  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3326  anti-FecI sigma factor, FecR  29.66 
 
 		 444 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.468182  normal  0.167582 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  25.15 
 
 		 319 aa  90.1  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  24.15 
 
 		 328 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3721  anti-FecI sigma factor, FecR  27.19 
 
 		 342 aa  89.7  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.280211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  30.33 
 
 		 314 aa  89.4  8e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46650  putative transmembrane sensor  27.19 
 
 		 280 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000141667  hitchhiker  0.00000417147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  26.27 
 
 		 314 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0654  anti-FecI sigma factor, FecR  27.23 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.787898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  25.23 
 
 		 329 aa  88.6  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4751  anti-FecI sigma factor, FecR  27.83 
 
 		 344 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  29.25 
 
 		 320 aa  89.4  1e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2952  anti-FecI sigma factor, FecR  29.49 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633834 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4589  anti-FecI sigma factor, FecR  25.07 
 
 		 326 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  29.41 
 
 		 335 aa  87.4  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4090  putative transmembrane sensor  25.31 
 
 		 327 aa  87  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33780  putative transmembrane sensor  27.49 
 
 		 331 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00478537  hitchhiker  0.00622545 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  24.63 
 
 		 319 aa  86.3  7e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  24.4 
 
 		 328 aa  86.3  8e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  25.35 
 
 		 331 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  27.84 
 
 		 383 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01860  putative transmembrane sensor  24.92 
 
 		 331 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.305732  normal  0.808706 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2192  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  29.18 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  26.14 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1816  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 		 374 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64690  putative transmembrane sensor  28.51 
 
 		 340 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0240897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  22.94 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  25.61 
 
 		 329 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  24.09 
 
 		 315 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3958  putative regulatory protein  23.06 
 
 		 396 aa  83.6  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2358  hypothetical protein  30.61 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0172911  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  27.44 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3545  anti-FecI sigma factor, FecR  28.79 
 
 		 374 aa  83.2  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  27.23 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6567  anti-FecI sigma factor, FecR  26.95 
 
 		 365 aa  83.2  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0766801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2142  FecR protein  30.1 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0332173  normal  0.0487008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  26.67 
 
 		 315 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.25811 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  29.74 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10460  Anti-sigma factor, FecR family  27.87 
 
 		 328 aa  82  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.491124  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2674  putative FecR  26.39 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.249504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  25.24 
 
 		 338 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  27.27 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2882  FecR protein  27.37 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  25.54 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  26.01 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2872  putative transmembrane sensor  31.12 
 
 		 331 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.262603  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2076  anti-FecI sigma factor, FecR  25.74 
 
 		 336 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.773044  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3085  transmembrane sensor, putative  28.77 
 
 		 321 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>