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for query gene Swoo_0556 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



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Alignment on homolog gene

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0830  CzcA family heavy metal efflux protein  39.76 
 
 
1034 aa  736    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06366  hypothetical protein  36.54 
 
 
1059 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2135  CzcA family heavy metal efflux protein  38.31 
 
 
1034 aa  699    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2031  CzcA family heavy metal efflux protein  37.51 
 
 
1037 aa  645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0043  CzcA family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter permease  37.5 
 
 
1053 aa  698    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815586  hitchhiker  0.00000942954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2410  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcA  37.92 
 
 
1048 aa  690    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.90909  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3679  CzcA family heavy metal efflux protein  39.98 
 
 
1070 aa  728    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0973587  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0978  CzcA family heavy metal efflux protein  39.05 
 
 
1021 aa  677    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1239  CzcA family heavy metal efflux protein  38.13 
 
 
1032 aa  677    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1298  CzcA family heavy metal efflux protein  38.99 
 
 
1033 aa  718    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1525  CzcA family heavy metal efflux protein  40.05 
 
 
1077 aa  723    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3933  CzcA family heavy metal efflux protein  36.14 
 
 
1459 aa  674    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3285  CzcA family heavy metal efflux protein  38.01 
 
 
1048 aa  689    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.571532 
 
 
-
 
NC_003296  RS00409  putative cation efflux system transmembrane protein  38.63 
 
 
1049 aa  655    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0305789  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0518  CzcA family heavy metal efflux protein  84.6 
 
 
1070 aa  1811    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4684  heavy metal efflux pump CzcA  39.98 
 
 
1070 aa  728    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0493  cation efflux system transmembrane protein  39.17 
 
 
1064 aa  701    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2506  CzcA family heavy metal efflux protein  38.45 
 
 
1054 aa  707    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.213687  normal  0.043274 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1959  putative RND efflux system protein  37.72 
 
 
1038 aa  655    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2867  CzcA family heavy metal efflux protein  64.29 
 
 
1066 aa  1379    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.212232  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0057  CzcA family heavy metal efflux protein  37.5 
 
 
1053 aa  698    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.899246  hitchhiker  0.00920883 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0520  CzcA family heavy metal efflux protein  83.7 
 
 
1075 aa  1786    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0375  cation efflux family protein  37.58 
 
 
1053 aa  691    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1029  heavy metal efflux pump CzcA  39.96 
 
 
1077 aa  717    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0434658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31010  putative cation efflux system protein  38.72 
 
 
1045 aa  674    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160016  unclonable  6.07631e-21 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1849  CzcA family heavy metal efflux protein  38.8 
 
 
1062 aa  680    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.188693  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2371  HelA protein  38.63 
 
 
1049 aa  705    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1046  HelA protein  38.49 
 
 
1052 aa  694    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0225  CzcA family heavy metal efflux protein  40.09 
 
 
1040 aa  696    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4803  heavy metal efflux pump CzcA  37.67 
 
 
1054 aa  696    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.791013  decreased coverage  0.00147418 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0296  heavy metal efflux pump CzcA  37.97 
 
 
1036 aa  648    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.100092  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1178  heavy metal efflux pump CzcA  37.88 
 
 
1033 aa  637    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.659175  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0614  CzcA family heavy metal efflux protein  38.12 
 
 
1069 aa  658    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.97346 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2252  heavy metal efflux pump CzcA  41.91 
 
 
1032 aa  766    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4462  CzcA family heavy metal efflux protein  36.03 
 
 
1446 aa  692    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2319  CzcA family heavy metal efflux protein  42.38 
 
 
1035 aa  727    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2626  heavy metal efflux pump CzcA  41.3 
 
 
1032 aa  765    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.516302 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2358  RND OM permease  39.13 
 
 
1061 aa  676    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.650016  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3341  CzcA family heavy metal efflux protein  83.46 
 
 
1075 aa  1775    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3804  heavy metal efflux pump CzcA  38.89 
 
 
1038 aa  680    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.314763  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3968  heavy metal efflux pump CzcA  37.73 
 
 
1075 aa  696    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.108456  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5655  heavy metal efflux pump CzcA  38.01 
 
 
1037 aa  637    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657207  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11693  cation efflux system protein, AcrB/AcrD/AcrF family protein  34.94 
 
 
1481 aa  637    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1327  heavy metal efflux pump CzcA  38.59 
 
 
1059 aa  713    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.808518  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1457  heavy metal efflux pump CzcA  37.75 
 
 
1066 aa  636    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.40317  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0031  heavy metal efflux pump CzcA  40.05 
 
 
1077 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.399372  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0153  heavy metal efflux pump  40.46 
 
 
1045 aa  709    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1340  heavy metal efflux pump  39.49 
 
 
1047 aa  699    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.197837  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1418  heavy metal efflux pump  37.94 
 
 
1062 aa  670    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.765902  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2337  CzcA family heavy metal efflux protein  43.13 
 
 
1046 aa  783    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0037806  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3513  CzcA family heavy metal efflux protein  84.51 
 
 
1070 aa  1807    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3621  heavy metal efflux pump CzcA  37.47 
 
 
1050 aa  692    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.099788  normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4384  CzcA family heavy metal efflux protein  36.98 
 
 
1047 aa  666    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.55849  normal  0.35087 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2431  CzcA family heavy metal efflux protein  39.98 
 
 
1070 aa  730    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2717  RND divalent metal cation efflux transporter CzcA  38.36 
 
 
1051 aa  682    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.300642  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3509  heavy metal efflux pump CzcA  39.04 
 
 
1034 aa  719    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0008  heavy metal efflux pump CzcA  37.44 
 
 
1028 aa  639    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1428  heavy metal efflux pump CzcA  64.84 
 
 
1065 aa  1392    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.905049  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1856  heavy metal efflux pump CzcA  61.27 
 
 
1064 aa  1337    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2095  heavy metal efflux pump CzcA  36.68 
 
 
1037 aa  654    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.31475  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3868  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcA (cation efflux system protein CzcA)  37.04 
 
 
1044 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1113  heavy metal efflux pump CzcA  38.64 
 
 
1040 aa  704    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0401  heavy metal efflux pump CzcA  40.05 
 
 
1077 aa  720    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0626006  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1639  heavy metal efflux pump CzcA  38.32 
 
 
1019 aa  719    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.550101  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2108  heavy metal efflux pump CzcA  37.72 
 
 
1058 aa  659    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1375  heavy metal efflux pump CzcA  39.49 
 
 
1077 aa  714    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1020  heavy metal efflux pump CzcA  42 
 
 
1022 aa  723    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1968  CzcA family heavy metal efflux protein  40.46 
 
 
1040 aa  715    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.126074  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3369  CzcA family heavy metal efflux protein  37.88 
 
 
1060 aa  668    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.957207  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3984  CzcA family heavy metal efflux protein  37.64 
 
 
1069 aa  642    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.544325  normal  0.398907 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3188  CzcA family heavy metal efflux protein  81.26 
 
 
1066 aa  1730    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1955  cation efflux system protein  39.78 
 
 
1043 aa  714    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.180895  normal  0.172462 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3768  Co/Zn/Cd efflux system membrane component  38.72 
 
 
1038 aa  709    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.799569 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0518  CzcA family heavy metal efflux protein  84.51 
 
 
1070 aa  1805    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0504  heavy metal efflux pump CzcA  38.44 
 
 
1031 aa  738    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3360  CzcA family heavy metal efflux protein  38.35 
 
 
1032 aa  728    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.159877  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2551  heavy metal efflux pump CzcA  37.13 
 
 
1040 aa  667    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2566  heavy metal efflux pump CzcA  39.37 
 
 
1046 aa  700    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.609364 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0707  RND heavy metal efflux pump, CzcA subunit  40.29 
 
 
1083 aa  719    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768299  normal  0.553477 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0576  heavy metal efflux pump CzcA  80.39 
 
 
1077 aa  1716    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2144  heavy metal efflux pump CzcA  37.84 
 
 
1070 aa  663    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.212316 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3341  heavy metal efflux pump CzcA  37.91 
 
 
1070 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.197745 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3646  heavy metal efflux pump CzcA  38.23 
 
 
1056 aa  650    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.556421 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3995  CzcA family heavy metal efflux protein  36.2 
 
 
1047 aa  654    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7263  RND divalent metal cation efflux transporter CzcA  37.51 
 
 
1060 aa  656    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.24626 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0011  heavy metal efflux pump CzcA  40.05 
 
 
1077 aa  720    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.649062  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4533  heavy metal efflux pump CzcA  36.87 
 
 
1069 aa  670    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1850  heavy metal efflux pump CzcA  38.05 
 
 
1072 aa  660    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.252043  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1512  cation efflux protein  37.13 
 
 
1455 aa  723    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.631882  normal  0.42011 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1177  CzcA family heavy metal efflux protein  38.64 
 
 
1048 aa  676    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5980  heavy metal resistance protein CzcA  38.55 
 
 
1063 aa  701    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000345716  normal  0.120659 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0161  copper transport protein  37.64 
 
 
1456 aa  714    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.68268 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3586  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  80.5 
 
 
1062 aa  1708    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4123  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmyA  38.66 
 
 
1023 aa  694    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4468  heavy metal cation tricomponent efflux pump HmuA  38.06 
 
 
1043 aa  715    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.186725  normal  0.0193618 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0478  CzcA family heavy metal efflux protein  84.2 
 
 
1068 aa  1781    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4154  CzcA family heavy metal efflux protein  39.59 
 
 
1046 aa  657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.36883 
 
 
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NC_009079  BMA10247_A1181  heavy metal efflux pump CzcA  40.05 
 
 
1077 aa  720    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.263304  n/a   
 
 
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NC_009078  BURPS1106A_A1440  heavy metal efflux pump CzcA  40.05 
 
 
1077 aa  723    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009665  Shew185_3847  CzcA family heavy metal efflux protein  84.11 
 
 
1068 aa  1782    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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