More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1938 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008346  Swol_1938  PAS/PAC domain-containing protein  100 
 
 
632 aa  1293    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1420  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
1121 aa  205  3e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0817518  normal  0.492636 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1792  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 
984 aa  179  1e-43  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2379  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.01 
 
 
1509 aa  176  8e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2750  putative PAS/PAC sensor protein  26.86 
 
 
883 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3150  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.74 
 
 
1309 aa  174  5e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1320  HD-GYP domain-containing protein  29.88 
 
 
471 aa  171  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3740  putative PAS/PAC sensor protein  28.76 
 
 
1109 aa  159  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0384  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.53 
 
 
1692 aa  153  8.999999999999999e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1493  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 
761 aa  153  1e-35  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1120  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.02 
 
 
805 aa  153  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.37757  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.44 
 
 
1301 aa  152  3e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.012558 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3668  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.93 
 
 
650 aa  148  4.0000000000000006e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.38 
 
 
1413 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  24.88 
 
 
1113 aa  143  9e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.25 
 
 
968 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2266  putative PAS/PAC sensor protein  36.21 
 
 
906 aa  142  3e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1514  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.32 
 
 
1253 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.841858  normal  0.0475592 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1469  HD-GYP domain-containing protein  45.7 
 
 
803 aa  140  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.7 
 
 
1338 aa  138  2e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0402  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.07 
 
 
766 aa  138  4e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.371468  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2388  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.22 
 
 
535 aa  135  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.219764  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.76 
 
 
768 aa  133  1.0000000000000001e-29  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.103172  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3517  putative PAS/PAC sensor protein  44.94 
 
 
463 aa  133  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  42.68 
 
 
848 aa  131  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  37.24 
 
 
804 aa  128  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2967  putative PAS/PAC sensor protein  36.87 
 
 
376 aa  127  5e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2026  putative PAS/PAC sensor protein  40.59 
 
 
511 aa  126  1e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0685118  normal  0.11395 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3834  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  36.25 
 
 
908 aa  125  3e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0161  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.14 
 
 
1039 aa  125  3e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1353  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.41 
 
 
1078 aa  125  3e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1919  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.88 
 
 
862 aa  125  3e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.592004  normal  0.385421 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.49 
 
 
1158 aa  124  7e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1199  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
968 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0569956 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1525  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.52 
 
 
813 aa  120  6e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0417  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.65 
 
 
853 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2477  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.45 
 
 
1439 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.131363  normal  0.44536 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2611  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.81 
 
 
1134 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.413442  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1552  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.72 
 
 
971 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2963  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.92 
 
 
1251 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.246733 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1017  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 
1323 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0385374  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0236  putative PAS/PAC sensor protein  40.43 
 
 
468 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1348  putative PAS/PAC sensor protein  25.99 
 
 
888 aa  115  3e-24  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2003  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.18 
 
 
653 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.977312  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0936  signal transduction histidine kinase  24.29 
 
 
1177 aa  114  5e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.194621  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.65 
 
 
1278 aa  114  6e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3243  PAS sensor protein  39.76 
 
 
1323 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3022  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.78 
 
 
1101 aa  111  4.0000000000000004e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0538  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.86 
 
 
860 aa  111  5e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.883741  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0771  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.09 
 
 
880 aa  110  7.000000000000001e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.52 
 
 
1053 aa  109  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.18 
 
 
1959 aa  108  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.45 
 
 
1143 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.45 
 
 
1143 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.99 
 
 
891 aa  105  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00177504  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1287  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.33 
 
 
935 aa  105  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0339259  normal  0.305866 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  25.6 
 
 
1079 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.87 
 
 
1471 aa  103  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0981  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.76 
 
 
1791 aa  103  7e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  23.75 
 
 
1390 aa  103  1e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0689  putative PAS/PAC sensor protein  28.46 
 
 
836 aa  103  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000235898 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  23.82 
 
 
3706 aa  102  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.64 
 
 
693 aa  101  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000343207  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1267  putative PAS/PAC sensor protein  22.41 
 
 
849 aa  100  5e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0446298  normal  0.4297 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1658  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  26.64 
 
 
693 aa  101  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000881395  normal  0.485091 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2374  putative sensory box-containing diguanylate cyclase  26.64 
 
 
693 aa  101  5e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185954  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0052  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.89 
 
 
1080 aa  101  5e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.16 
 
 
1027 aa  100  7e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1825  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.4 
 
 
849 aa  100  8e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.101601  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0545  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.14 
 
 
896 aa  99  2e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.91043  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2680  sensory transduction histidine kinase  31.82 
 
 
886 aa  98.6  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.284871  normal  0.0837353 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0839  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.87 
 
 
1207 aa  99  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.25 
 
 
845 aa  98.6  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0716  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.87 
 
 
890 aa  98.6  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.78 
 
 
709 aa  97.1  8e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.84 
 
 
845 aa  97.1  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0877  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.98 
 
 
1050 aa  96.7  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.948624  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.24 
 
 
469 aa  96.3  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0120  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
1568 aa  95.5  2e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1797  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.28 
 
 
1419 aa  95.9  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1433  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.19 
 
 
974 aa  96.3  2e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.717996  normal  0.840517 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2014  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.27 
 
 
904 aa  94.4  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0157  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.77 
 
 
1329 aa  94  7e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1349  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.85 
 
 
1111 aa  94  7e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.444762  normal  0.501062 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.4 
 
 
1260 aa  94  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.47 
 
 
1260 aa  93.6  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0884  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.68 
 
 
807 aa  93.6  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.00331872  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0040  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.77 
 
 
1193 aa  92.8  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.802864 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2366  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.16 
 
 
901 aa  92.4  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.180969  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0440  putative PAS/PAC sensor protein  25.85 
 
 
686 aa  92.8  2e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.25 
 
 
808 aa  91.3  5e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0595  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
473 aa  90.9  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1070  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.73 
 
 
1426 aa  90.9  7e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.632131  normal  0.158919 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0795  putative PAS/PAC sensor protein  32.03 
 
 
458 aa  90.9  7e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0670898  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1405  sensor histidine kinase/response regulator  22.7 
 
 
1379 aa  90.5  8e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.73 
 
 
1134 aa  89.7  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2554  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.96 
 
 
844 aa  89.4  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1918  Signal transduction histidine kinase-like protein  22.46 
 
 
878 aa  89  2e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.95 
 
 
885 aa  88.6  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.17 
 
 
1363 aa  88.6  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>