167 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_0416 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008346  Swol_0416  ABC transporter integral membrane protein  100 
 
 		 338 aa  660    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2829  inner-membrane translocator  61.86 
 
 		 358 aa  407  1.0000000000000001e-112  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0123  inner-membrane translocator  42.39 
 
 		 367 aa  292  5e-78  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0049  inner-membrane translocator  47.01 
 
 		 354 aa  286  2.9999999999999996e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.562549  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0415  ABC transporter integral membrane protein  32.79 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2052  inner-membrane translocator  43.12 
 
 		 489 aa  137  2e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0827498  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2828  inner-membrane translocator  28.34 
 
 		 328 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0122  inner-membrane translocator  28.7 
 
 		 348 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0050  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.617843  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2053  inner-membrane translocator  27.65 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.377779  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  27.12 
 
 		 323 aa  61.6  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  27.68 
 
 		 322 aa  61.2  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  27.68 
 
 		 327 aa  61.6  0.00000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  27.68 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  27.12 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24370  ABC-type xylose transport system, permease component  27.2 
 
 		 472 aa  58.2  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132635  normal  0.131719 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  24.55 
 
 		 322 aa  57.4  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5970  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  26.53 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0370627  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  25.34 
 
 		 322 aa  56.6  0.0000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0389  ribose transport system permease protein rbsC  25.24 
 
 		 357 aa  54.3  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.995697 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4238  monosaccharide-transporting ATPase  27.93 
 
 		 420 aa  54.7  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0284678  normal  0.0915708 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  27.17 
 
 		 321 aa  53.5  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0783  monosaccharide-transporting ATPase  24.14 
 
 		 345 aa  53.5  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0369  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 354 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.823115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4114  ribose ABC transporter permease protein  25.42 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.32727  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3202  inner-membrane translocator  25.12 
 
 		 338 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.412227 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  27.87 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3229  monosaccharide-transporting ATPase  31.08 
 
 		 324 aa  50.4  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4655  inner-membrane translocator  24.79 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409858 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1273  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 308 aa  50.1  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64890  putative permease of ABC branched chain amino acid transporter  29.36 
 
 		 304 aa  49.3  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4618  inner-membrane translocator  27.6 
 
 		 328 aa  49.3  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.921966 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02438  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  31.3 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1122  Monosaccharide-transporting ATPase  31.3 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02402  hypothetical protein  31.3 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  26.23 
 
 		 322 aa  48.9  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3848  inner-membrane translocator  25.23 
 
 		 420 aa  49.3  0.0001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2698  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2831  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 		 332 aa  49.3  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4332  inner-membrane translocator  24.05 
 
 		 308 aa  48.9  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.797929  normal  0.146471 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0957  sugar ABC transporter, permease protein, putative  31.82 
 
 		 318 aa  48.1  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.192021  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4658  inner-membrane translocator  27.52 
 
 		 304 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0026431 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2139  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  24.83 
 
 		 308 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.270395  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1838  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  24.83 
 
 		 308 aa  48.5  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  24.29 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3779  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 		 332 aa  48.1  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4946  inner-membrane translocator  28.21 
 
 		 308 aa  47.8  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  24.29 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2607  inner-membrane translocator  25 
 
 		 308 aa  48.5  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00528539  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0033  sugar ABC transporter, permease  21.9 
 
 		 316 aa  48.5  0.0002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.696552  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  24.29 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3254  inner-membrane translocator  25 
 
 		 308 aa  48.5  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.25929 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0863  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  24.83 
 
 		 308 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.21729  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0773  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  24.83 
 
 		 308 aa  48.5  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 300 aa  48.5  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1602  monosaccharide-transporting ATPase  31.09 
 
 		 349 aa  48.5  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.195048  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  24.29 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2699  putative sugar ABC transporter, permease protein  31.3 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  24.29 
 
 		 321 aa  48.1  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1131  monosaccharide-transporting ATPase  31.3 
 
 		 332 aa  48.5  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  23.16 
 
 		 324 aa  48.1  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0165  monosaccharide-transporting ATPase  36.54 
 
 		 318 aa  48.1  0.0002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4918  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraD  28.44 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  27.04 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0598  inner-membrane translocator  28.44 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.34105  normal  0.520758 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  27.04 
 
 		 311 aa  47.8  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3349  inner-membrane translocator  28.21 
 
 		 319 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4431  inner-membrane translocator  28.21 
 
 		 308 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.964764  hitchhiker  0.00013091 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5018  inner-membrane translocator  28.21 
 
 		 319 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.52703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5269  inner-membrane translocator  28.21 
 
 		 308 aa  47.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.867489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  28.85 
 
 		 325 aa  47.8  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0103  monosaccharide-transporting ATPase  26.05 
 
 		 360 aa  47.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.628662  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2036  inner-membrane translocator  24.72 
 
 		 403 aa  47.4  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4922  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 304 aa  47.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.75867  hitchhiker  0.0000000000177319 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4866  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 304 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.445859  hitchhiker  0.000815383 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4744  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 304 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.579328  hitchhiker  0.000000155208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4338  inner-membrane translocator  29.73 
 
 		 411 aa  47  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3624  inner-membrane translocator  28.85 
 
 		 308 aa  47.4  0.0004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0652  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  27.35 
 
 		 319 aa  47  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.276019  normal  0.481307 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1871  inner-membrane translocator  28.85 
 
 		 308 aa  47  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.384431  normal  0.0224958 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2492  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 304 aa  47  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.366827  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1505  inner-membrane translocator  30.39 
 
 		 496 aa  47  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316264  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0553  inner-membrane translocator  30.85 
 
 		 304 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0455233  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1374  inner-membrane translocator  31.19 
 
 		 350 aa  46.6  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.161757  normal  0.147375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3321  inner-membrane translocator  29.87 
 
 		 293 aa  46.6  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451558  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  24.59 
 
 		 322 aa  46.6  0.0006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5341  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  24.24 
 
 		 348 aa  46.6  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1124  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 417 aa  46.2  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0301611  normal  0.175401 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  25.21 
 
 		 300 aa  46.2  0.0008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0070  monosaccharide-transporting ATPase  32.63 
 
 		 364 aa  46.2  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0675215  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1666  Monosaccharide-transporting ATPase  30.39 
 
 		 327 aa  46.2  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  23.46 
 
 		 331 aa  46.2  0.0009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  29.19 
 
 		 311 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>