115 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0024 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0024  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.640159  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0022  tRNA-Tyr  92.59 
 
 		 86 bp  113  7.000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.537051  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0009  tRNA-Tyr  92.59 
 
 		 86 bp  113  7.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.193083  normal  0.394655 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0037  tRNA-Tyr  91.46 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.499961 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0002  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  89.7  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  91.94 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.074992  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0058  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.90337 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0048  tRNA-Tyr  87.65 
 
 		 86 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.012398  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0050  tRNA-Tyr  86.59 
 
 		 86 bp  75.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11931  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0054  tRNA-Tyr  97.5 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000280744  decreased coverage  0.00224891 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0056  tRNA-Tyr  97.37 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000675719  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0022  tRNA-Tyr  97.37 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.4432900000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0035  tRNA-Tyr  95 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.641797  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0405  tRNA-Tyr  95 
 
 		 83 bp  63.9  0.000000006  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  hitchhiker  0.00881766  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0033  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000103069  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0048  tRNA-Tyr  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106937  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0023  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0238179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0028  tRNA-Tyr  94.74 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000249872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  83.95 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  83.95 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0015  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000216156  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0035  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 86 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000283862  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  96.77 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0010  tRNA-Tyr  94.29 
 
 		 85 bp  54  0.000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000639751  normal  0.164042 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0263  tRNA-Tyr  92.11 
 
 		 83 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000617224  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  82.93 
 
 		 86 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0053  tRNA-Tyr  87.76 
 
 		 83 bp  50.1  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0014  tRNA-Tyr  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000000194257  hitchhiker  0.00490505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  96.55 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0009  tRNA-Tyr  90 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0047  tRNA-Tyr  90 
 
 		 86 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  86.54 
 
 		 83 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01508  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.162951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna126  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000620596  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0044  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0026    96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0760613  normal  0.460066 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna049  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000729989  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  84.13 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0822  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 87 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0037  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.624734  normal  0.0421417 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0006  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 84 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000157538  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0008  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0033  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90982  normal  0.487146 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA21  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.213698  normal  0.11304 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  84.13 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00236  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01440  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01441  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01442  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 82 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  89.74 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0022  tRNA-Ser  96.3 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0037  tRNA-Ser  93.55 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.182504  normal  0.716043 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  84.13 
 
 		 83 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3167t  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000658084  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3168t  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3169t  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0000963537  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3207t  tRNA-Tyr  91.43 
 
 		 81 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0563071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>