57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_5060 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_5060  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
149 aa  297  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.391119  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2388  MarR family transcriptional regulator  55.15 
 
 
168 aa  157  6e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4639  MarR family transcriptional regulator  44.87 
 
 
186 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0875  MarR family transcriptional regulator  43.42 
 
 
166 aa  117  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.445474 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3350  transcriptional regulator, MarR family  44.3 
 
 
164 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0764351  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4000  MarR family transcriptional regulator  43.62 
 
 
188 aa  114  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.869888 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5196  transcriptional regulator, MarR family  45.1 
 
 
161 aa  114  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.416383  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3949  transcriptional regulatory protein  42.28 
 
 
179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0356  MarR family transcriptional regulator  42.95 
 
 
193 aa  111  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.36145 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3957  MarR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
165 aa  107  4.0000000000000004e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.432771  normal  0.0893513 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4686  MarR family transcriptional regulator  40.27 
 
 
168 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000388035  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4123  MarR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
175 aa  68.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.00388815  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1500  transcriptional regulator, MarR family  30.53 
 
 
157 aa  67.4  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4409  transcriptional regulator, MarR family  28.15 
 
 
161 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2607  transcriptional regulator, MarR family  35.78 
 
 
158 aa  61.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.116422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4344  MarR family transcriptional regulator  36.67 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.747818  normal  0.0412659 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2302  MarR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1726  transcriptional regulator, MarR family  28.36 
 
 
144 aa  55.5  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.108071  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6524  transcriptional regulator, MarR family  27.27 
 
 
146 aa  52  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00893581  normal  0.0928109 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8206  MarR family  37.84 
 
 
156 aa  52  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17310  regulatory protein, MarR family  27.68 
 
 
135 aa  51.2  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3205  transcriptional regulator, MarR family  31.78 
 
 
147 aa  50.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000109713  hitchhiker  0.00541794 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1379  transcriptional regulator, MarR family  29.89 
 
 
149 aa  47.4  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.92932 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1596  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 
148 aa  47  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.665279  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7677  hypothetical protein  33.72 
 
 
162 aa  46.2  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00437604  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0862  MarR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
156 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1589  MarR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
169 aa  44.7  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0850023  normal  0.119457 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3890  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
144 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3964  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
144 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.528609  normal  0.520443 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3876  MarR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
144 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.156722 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2949  MarR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
150 aa  43.9  0.0007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7503  transcriptional regulator, MarR family  36.49 
 
 
156 aa  43.9  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4631  transcriptional regulator, MarR family  29.76 
 
 
162 aa  43.9  0.0008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0697845 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4810  MarR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
143 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0825  transcriptional regulator, MarR family  24.79 
 
 
156 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5333  transcriptional regulator, MarR family  26.61 
 
 
154 aa  42.7  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.828951 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0733  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
156 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0770  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
156 aa  42.7  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0910  MarR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
189 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.371157  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7239  transcriptional regulator, MarR family  41.38 
 
 
147 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4713  MarR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
150 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1316  transcriptional regulator, MarR family  31.43 
 
 
153 aa  42  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.061965 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4218  transcriptional regulator, MarR family  30.77 
 
 
128 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440858  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2575  MarR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
139 aa  42  0.003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000352452  normal  0.108495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4070  MarR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
185 aa  41.6  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15420  transcriptional regulator  29.73 
 
 
158 aa  41.6  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.481321  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0504  MarR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
154 aa  41.2  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.232466 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
164 aa  41.6  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3015  MarR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
173 aa  41.2  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0682  MarR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
157 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1847  MarR family transcriptional regulator  25.58 
 
 
178 aa  40.8  0.006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.603807  normal  0.333569 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5228  transcriptional regulator, MarR family  26.79 
 
 
143 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1683  MarR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
134 aa  40.4  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.857494 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2239  transcriptional regulator, MarR family  32 
 
 
146 aa  40.8  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.222685  normal  0.0457312 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0779  MarR family transcriptional regulator  29.84 
 
 
167 aa  40.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2118  transcriptional regulator, MarR family  25.86 
 
 
151 aa  40  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2817  transcriptional regulator, MarR family  33.33 
 
 
150 aa  40  0.01  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.90591  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>