26 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4912 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009508  Swit_4912  hypothetical protein  100 
 
 		 81 aa  159  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448303 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1570  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.16 
 
 		 248 aa  97.8  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0358  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 254 aa  62.8  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.421382 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.29 
 
 		 245 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0042  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.25 
 
 		 251 aa  58.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4740  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 		 272 aa  53.5  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.86 
 
 		 255 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5854  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.94 
 
 		 249 aa  48.5  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02553  hypothetical protein  32.53 
 
 		 244 aa  47.4  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1781  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.64 
 
 		 250 aa  47  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0218692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 		 275 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.43455 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.16 
 
 		 249 aa  44.7  0.0005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.250499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 		 247 aa  43.9  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5646  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 		 256 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000512545 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2748  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 		 275 aa  43.5  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.710224  normal  0.547763 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.54 
 
 		 254 aa  42.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1147  short chain dehydrogenase  39.19 
 
 		 261 aa  42  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.86 
 
 		 250 aa  41.6  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.805502  normal  0.135775 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.44 
 
 		 248 aa  41.6  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20330  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.66 
 
 		 281 aa  41.6  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.82 
 
 		 251 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.350436  normal  0.454063 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.36 
 
 		 247 aa  40.8  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.973802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  33.85 
 
 		 240 aa  40.8  0.006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4012  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 276 aa  40.4  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  35.38 
 
 		 274 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1493  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 		 249 aa  40.4  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000373028  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>