38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4521 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_4521  membrane-like protein  100 
 
 
656 aa  1310    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.180216  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2636  putative transmembrane signal peptide protein  36.27 
 
 
626 aa  320  6e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0534  hypothetical protein  33.28 
 
 
644 aa  292  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0577  hypothetical protein  33.33 
 
 
644 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.464541  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0465  putative transmembrane signal peptide protein  33.77 
 
 
644 aa  277  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.559326  normal  0.552522 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0514  membrane-like protein  41.26 
 
 
639 aa  249  8e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2702  hypothetical protein  29.1 
 
 
686 aa  195  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.728623  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3740  hypothetical protein  27.63 
 
 
685 aa  178  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0576  putative transmembrane signal peptide protein  28.48 
 
 
652 aa  173  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000285101  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0145  hypothetical protein  26.63 
 
 
633 aa  173  7.999999999999999e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1493  hypothetical protein  25.94 
 
 
679 aa  166  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0707557  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1381  hypothetical protein  26.57 
 
 
661 aa  164  5.0000000000000005e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0399  hypothetical protein  26.87 
 
 
438 aa  134  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.719971  normal  0.0793773 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1377  hypothetical protein  23.53 
 
 
631 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.469999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2360  hypothetical protein  23.66 
 
 
631 aa  105  3e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000648065 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1492  hypothetical protein  23.29 
 
 
631 aa  102  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2381  conserved hypothetical protein  23.13 
 
 
631 aa  98.6  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0833441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1865  hypothetical protein  26.17 
 
 
631 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000596823 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0818  hypothetical protein  26.96 
 
 
543 aa  94.4  7e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0165146  hitchhiker  0.0000000000172103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1900  hypothetical protein  28.25 
 
 
527 aa  89.7  2e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000762932 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2422  hypothetical protein  28.66 
 
 
606 aa  72  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.651701  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2428  hypothetical protein  28.66 
 
 
606 aa  72  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0554313  normal  0.337711 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2381  hypothetical protein  28.66 
 
 
606 aa  72  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2765  hypothetical protein  25.71 
 
 
634 aa  62.4  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.693712 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1259  membrane protein-like protein  23.5 
 
 
649 aa  61.2  0.00000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2301  hypothetical protein  26.13 
 
 
676 aa  61.2  0.00000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000179124  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0277  hypothetical protein  27.12 
 
 
586 aa  61.2  0.00000006  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0929  hypothetical protein  31.1 
 
 
547 aa  59.7  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0961263  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0484  hypothetical protein  32.32 
 
 
498 aa  59.7  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0480409  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1926  hypothetical protein  33.33 
 
 
239 aa  57.8  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0384615  normal  0.526622 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3732  hypothetical protein  25.86 
 
 
609 aa  57.4  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0265858  normal  0.0706106 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2685  hypothetical protein  24.21 
 
 
607 aa  55.1  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.561749  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2921  hypothetical protein  33.33 
 
 
581 aa  52.4  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0574  hypothetical protein  23.72 
 
 
607 aa  50.8  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.19913  normal  0.950103 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01254  hypothetical protein  23.67 
 
 
438 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0661  hypothetical protein  26.65 
 
 
573 aa  49.3  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1248  Protein of unknown function DUF2207, membrane  32.37 
 
 
652 aa  49.3  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3926  hypothetical protein  24.26 
 
 
360 aa  46.2  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>