28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3973 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3973  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 251 aa  500  1e-141  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.323006  normal  0.293955 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6219  transcriptional regulator  35.61 
 
 		 274 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0474635  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7160  putative transmembrane anti-sigma factor  37.85 
 
 		 255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.494902  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6012  putative transmembrane anti-sigma factor  36.92 
 
 		 255 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.784619  normal  0.0731526 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3672  hypothetical protein  38.15 
 
 		 255 aa  131  9e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.671386 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3094  putative transmembrane anti-sigma factor  38.21 
 
 		 255 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.334579  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3821  putative transmembrane anti-sigma factor  38.21 
 
 		 255 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.563425 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4551  putative transmembrane anti-sigma factor  33.2 
 
 		 257 aa  125  9e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.902003  decreased coverage  0.00125777 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4483  putative transmembrane anti-sigma factor  32.1 
 
 		 259 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.662421  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1369  putative transmembrane anti-sigma factor  34.03 
 
 		 256 aa  102  5e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1375  hypothetical protein  31.56 
 
 		 266 aa  101  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018937 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1649  putative transmembrane anti-sigma factor  31.43 
 
 		 256 aa  101  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0261743  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3927  putative transmembrane anti-sigma factor  30.77 
 
 		 255 aa  86.7  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.771731 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25 
 
 		 275 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  25 
 
 		 275 aa  53.5  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  30.42 
 
 		 266 aa  52.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  30.42 
 
 		 266 aa  52.8  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  26.98 
 
 		 266 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  24.9 
 
 		 256 aa  47.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  28.78 
 
 		 277 aa  47.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  25.6 
 
 		 264 aa  46.6  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25.75 
 
 		 260 aa  45.8  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  26.47 
 
 		 260 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  25.27 
 
 		 277 aa  45.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  25.81 
 
 		 268 aa  45.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  25.82 
 
 		 259 aa  43.5  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2379  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  29.51 
 
 		 271 aa  43.1  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  25 
 
 		 268 aa  42  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>