32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3862 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3862  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
613 aa  1234    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4250  Radical SAM domain protein  37.54 
 
 
381 aa  246  6.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1835  hypothetical protein  36.39 
 
 
344 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000690534  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3385  Radical SAM domain protein  32.6 
 
 
843 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4182  Radical SAM domain protein  27.49 
 
 
367 aa  65.1  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3820  Radical SAM domain protein  29.57 
 
 
515 aa  63.2  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0613  glycosyl transferase, group 1 family protein / moaA/nifB/pqqE family protein  23.5 
 
 
778 aa  53.5  0.00001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.12808  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  24.42 
 
 
491 aa  53.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1057  radical SAM domain-containing protein  25.64 
 
 
354 aa  51.6  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.828068 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1914  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 
376 aa  51.2  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
325 aa  48.9  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 
389 aa  48.9  0.0003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0825  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 
384 aa  48.5  0.0004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000904645  hitchhiker  0.00000108839 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1206  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  32.26 
 
 
464 aa  48.1  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.65726  normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8972  Radical SAM domain protein  27.84 
 
 
364 aa  46.6  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0215472  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  23.4 
 
 
397 aa  46.6  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0349  radical SAM domain-containing protein  27.74 
 
 
427 aa  45.8  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
366 aa  45.4  0.003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  25 
 
 
399 aa  45.8  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0952  Radical SAM domain protein  23.08 
 
 
437 aa  45.1  0.004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00605498  hitchhiker  0.00000184095 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  23.61 
 
 
474 aa  45.1  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
398 aa  44.7  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  24.73 
 
 
422 aa  44.7  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1688  radical SAM family protein  26.97 
 
 
326 aa  44.3  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.52361  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2224  Radical SAM domain protein  22.64 
 
 
329 aa  44.3  0.007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  29.17 
 
 
349 aa  44.3  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11060  Radical SAM domain protein  33.33 
 
 
239 aa  44.3  0.007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00221485  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 
415 aa  43.9  0.008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2413  radical SAM domain-containing protein  25.13 
 
 
445 aa  43.9  0.008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336702  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1056  Radical SAM domain protein  28.81 
 
 
280 aa  43.5  0.01  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1873  Radical SAM domain protein  26.49 
 
 
450 aa  43.5  0.01  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6871  nitrogenase cofactor biosynthesis protein NifB  29.51 
 
 
655 aa  43.9  0.01  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.181485 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>