More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3370 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3370  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
208 aa  418  1e-116  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.316672 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  70.45 
 
 
314 aa  189  4e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  71.43 
 
 
321 aa  188  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  71.43 
 
 
321 aa  188  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  73.02 
 
 
311 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  69.17 
 
 
325 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  68.42 
 
 
313 aa  184  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  67.91 
 
 
316 aa  184  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  68.66 
 
 
319 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  68.66 
 
 
330 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  67.67 
 
 
316 aa  184  8e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  69.92 
 
 
321 aa  184  8e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  68.42 
 
 
320 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  68.42 
 
 
319 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  65.38 
 
 
316 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  65.38 
 
 
316 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  65.38 
 
 
316 aa  181  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  56.63 
 
 
311 aa  180  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  56.02 
 
 
313 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  65.93 
 
 
342 aa  177  8e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  66.42 
 
 
323 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  63.08 
 
 
318 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  62.31 
 
 
318 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  62.31 
 
 
318 aa  171  5.999999999999999e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  52.25 
 
 
312 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  62.96 
 
 
321 aa  171  9e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  64.66 
 
 
318 aa  170  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  65.15 
 
 
318 aa  169  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  63.08 
 
 
322 aa  170  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  60.45 
 
 
317 aa  169  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  60.45 
 
 
317 aa  168  6e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  63.91 
 
 
314 aa  167  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3166  AraC family transcriptional regulator  59.7 
 
 
312 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5202  AraC family transcriptional regulator  59.7 
 
 
312 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0605893 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  59.7 
 
 
326 aa  154  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4441  AraC family transcriptional regulator  58.78 
 
 
318 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  59.69 
 
 
339 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  57.89 
 
 
320 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  55.3 
 
 
312 aa  142  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  57.89 
 
 
320 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  54.61 
 
 
324 aa  139  1.9999999999999998e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  49.7 
 
 
315 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  49.7 
 
 
315 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 
315 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  55.22 
 
 
315 aa  138  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  49.4 
 
 
315 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  49.4 
 
 
315 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  54.89 
 
 
322 aa  135  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  53.33 
 
 
312 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  51.15 
 
 
317 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  53.54 
 
 
312 aa  124  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  50.71 
 
 
315 aa  122  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  49.61 
 
 
331 aa  119  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 
311 aa  115  6e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 
311 aa  115  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  48.06 
 
 
310 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  44.27 
 
 
332 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1615  transcriptional regulator  43.85 
 
 
333 aa  98.6  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  44.27 
 
 
339 aa  98.2  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 
362 aa  96.3  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 
336 aa  95.9  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  42.64 
 
 
341 aa  95.5  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  40.77 
 
 
321 aa  95.1  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0874  AraC family transcriptional regulator  40.3 
 
 
334 aa  94.7  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  41.09 
 
 
327 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 
324 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 
324 aa  94  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  44.12 
 
 
351 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 
327 aa  93.6  2e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 
324 aa  94  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  41.09 
 
 
338 aa  92.4  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  41.09 
 
 
338 aa  92  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3892  transcriptional regulator, AraC family  42.64 
 
 
332 aa  91.7  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5514  transcriptional regulator, AraC family  40.3 
 
 
334 aa  91.7  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.75242  normal  0.0584888 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  41.35 
 
 
338 aa  91.3  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  39.23 
 
 
335 aa  91.3  9e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  39.26 
 
 
330 aa  91.3  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  41.09 
 
 
322 aa  89.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3021  transcriptional regulator, AraC family  38.81 
 
 
372 aa  89.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4484  transcriptional regulator  38.46 
 
 
361 aa  89.7  3e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0513  AraC family transcriptional regulator  41.09 
 
 
387 aa  89.7  3e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 
336 aa  89.4  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  39.85 
 
 
334 aa  89  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 
322 aa  88.6  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  43.08 
 
 
334 aa  89  5e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 
322 aa  88.6  6e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1215  transcriptional regulator, AraC family  38.85 
 
 
356 aa  87.8  9e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.836684  normal  0.0161998 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2287  transcriptional regulator, AraC family  41.61 
 
 
328 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322568  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  41.22 
 
 
319 aa  87  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0231  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 
343 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0955  DarR  40.31 
 
 
369 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2526  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 
369 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374888  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0268  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 
346 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  42.54 
 
 
342 aa  85.9  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2667  DarR  40.31 
 
 
374 aa  86.3  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1414  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 
346 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1610  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 
346 aa  86.3  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  40.3 
 
 
319 aa  85.9  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  41.22 
 
 
317 aa  85.5  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1218  transcriptional regulator, AraC family  40.3 
 
 
323 aa  85.5  5e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>