145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3344 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3344  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 
202 aa  393  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.685113 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2700  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
200 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2670  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
214 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.545748  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2715  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
214 aa  79.7  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.180608  normal  0.0320009 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3714  transcriptional regulator, TetR family  31.87 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0893  regulatory protein TetR  30.9 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2402  transcriptional regulator, TetR family  28.83 
 
 
204 aa  68.2  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1561  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.478798  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1585  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1275  transcriptional regulator, TetR family  28.95 
 
 
214 aa  67.4  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1531  TetR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
200 aa  67  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.556905 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4603  regulatory protein TetR  29.1 
 
 
211 aa  66.2  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.204139  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1870  TetR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
200 aa  66.2  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.524009  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4219  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4496  TetR family transcriptional regulator  30.65 
 
 
202 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0468943  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3333  transcriptional regulator, TetR family  31.98 
 
 
211 aa  65.5  0.0000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.618946 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1821  TetR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
199 aa  62  0.000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5223  TetR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
197 aa  61.6  0.000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.325156 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2037  transcriptional regulator, TetR family  30.11 
 
 
234 aa  60.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1370  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 
199 aa  59.3  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2758  TetR family transcriptional regulator  29.34 
 
 
231 aa  59.7  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20410  transcriptional regulator, tetR family  26.32 
 
 
222 aa  59.7  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.539092  normal  0.887832 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3771  transcriptional regulator, TetR family  28.48 
 
 
223 aa  59.3  0.00000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13188  TetR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
208 aa  59.3  0.00000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.166406 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4348  transcriptional regulator, TetR family  28.14 
 
 
198 aa  58.9  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3270  transcriptional regulator, TetR family  22.28 
 
 
199 aa  58.5  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2827  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 
186 aa  58.2  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.05215  normal  0.803833 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3153  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
215 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.755786  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5089  putative transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 
210 aa  57.8  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.627316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3818  transcriptional regulator, TetR family  24.29 
 
 
212 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.104466  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3063  TetR family transcriptional regulator  25.15 
 
 
192 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.857011  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3303  TetR family transcriptional regulator  24.71 
 
 
191 aa  57  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.916403  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3006  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
194 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.313875  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3052  TetR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
194 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3148  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 
231 aa  56.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.647957  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5564  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 
201 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5233  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
184 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.494471  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5321  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
184 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.868815 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5613  TetR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
184 aa  55.8  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal  0.405211 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3021  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
194 aa  55.1  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.49231  normal  0.167388 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3176  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 
193 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00199059 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0364  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
209 aa  55.1  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4851  TetR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
209 aa  55.1  0.0000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000188922 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1467  hypothetical protein  26.42 
 
 
213 aa  54.7  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.165444  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1252  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
202 aa  54.7  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0581191  normal  0.11609 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1763  TetR family transcriptional regulator  27.71 
 
 
287 aa  54.7  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686866 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0011  transcriptional regulator, putative  20.33 
 
 
179 aa  54.3  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0061  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 
224 aa  53.9  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5207  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
216 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5295  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
216 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.334601  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0778  TetR family transcriptional regulator  28.02 
 
 
199 aa  53.9  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.308556  normal  0.547023 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5587  TetR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
216 aa  54.7  0.000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.214408 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6292  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
210 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0872  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 
212 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.83423  normal  0.281851 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0075  transcriptional regulator, TetR family  27.38 
 
 
194 aa  53.9  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7472  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 
228 aa  53.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4384  TetR family transcriptional regulator  30.66 
 
 
208 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4339  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00746452  normal 
 
 
-
 
NC_013160  Cyan8802_4515  transcriptional regulator, TetR family  25.41 
 
 
191 aa  52.4  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2482  transcriptional regulator, TetR family  29.71 
 
 
230 aa  52.4  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3225  TetR family transcriptional regulator  30.21 
 
 
213 aa  51.6  0.000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.314279  normal  0.210871 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2593  putative transcriptional regulator, TetR family  27.67 
 
 
205 aa  51.6  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0854341 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2623  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
209 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0845142 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2652  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
200 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2697  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
200 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312459  normal  0.0316845 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2682  TetR family transcriptional regulator  24.07 
 
 
200 aa  51.2  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0327111  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2394  transcriptional regulator, TetR family  30.46 
 
 
188 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.469906  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4851  TetR family transcriptional regulator  34.78 
 
 
194 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0884  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 
237 aa  50.1  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.214434 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0388  transcriptional regulator, TetR family  25.28 
 
 
204 aa  50.1  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.654621 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 
215 aa  50.1  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4993  transcriptional regulator, TetR family  31.52 
 
 
202 aa  49.7  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.309228 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1961  TetR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
187 aa  49.7  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.797544  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1478  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 
217 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4818  transcriptional regulator, TetR family  23.76 
 
 
208 aa  49.7  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.945526  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1993  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 
210 aa  49.7  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.209055  normal  0.134866 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1975  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 
199 aa  49.3  0.00004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.382484  normal  0.828211 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5908  TetR family transcriptional regulator  23.98 
 
 
200 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.889059 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5159  transcriptional regulator, TetR family  24.43 
 
 
202 aa  49.3  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2727  TetR family transcriptional regulator  28.88 
 
 
192 aa  48.9  0.00005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.109313 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1030  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 
204 aa  48.9  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.468417  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2281  transcriptional regulator, TetR family  29.91 
 
 
215 aa  48.9  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1474  TetR family transcriptional regulator  31.79 
 
 
188 aa  48.9  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6530  transcriptional regulator, TetR family  34.57 
 
 
219 aa  48.5  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.051486 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0845  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 
200 aa  48.1  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4446  TetR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
210 aa  47.8  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4359  transcriptional regulator, TetR family  24.37 
 
 
205 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.23587 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5902  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1929  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 
214 aa  47.4  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.609447 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5008  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
201 aa  47.4  0.0001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_009338  Mflv_0492  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
193 aa  46.6  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.496213  normal  0.296626 
 
 
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NC_013440  Hoch_1387  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 
213 aa  47  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2792  transcriptional regulator, TetR family  32.98 
 
 
248 aa  47.4  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.41359  n/a   
 
 
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NC_010508  Bcenmc03_1121  TetR family transcriptional regulator  26.05 
 
 
210 aa  47  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0496337  normal 
 
 
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NC_007777  Francci3_0706  TetR family transcriptional regulator  26.67 
 
 
383 aa  46.2  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4255  TetR family transcriptional regulator  22.35 
 
 
216 aa  46.6  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.323719 
 
 
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NC_009565  TBFG_11588  regulatory protein  25.31 
 
 
202 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  7.8751e-36  normal 
 
 
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NC_010338  Caul_0409  TetR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
214 aa  46.2  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008699  Noca_4158  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 
205 aa  46.2  0.0004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  n/a   
 
 
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NC_013510  Tcur_3111  transcriptional regulator, TetR family  25.4 
 
 
203 aa  45.8  0.0004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.268901  n/a   
 
 
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