More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3324 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3324  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
248 aa  475  1e-133  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.057049  hitchhiker  0.000702749 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3738  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
253 aa  188  7e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
250 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.67 
 
 
256 aa  183  3e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3772  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
246 aa  181  1e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00117266  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3777  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.72 
 
 
246 aa  180  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.603966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
262 aa  179  4e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.351696  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.772329 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
255 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.746696  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.678887  normal  0.189586 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
268 aa  175  6e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.18 
 
 
240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
246 aa  172  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.8573 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.83 
 
 
248 aa  172  2.9999999999999996e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  41.76 
 
 
256 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.65 
 
 
253 aa  172  5e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
258 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
254 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.87 
 
 
258 aa  171  1e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.35 
 
 
256 aa  170  2e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.37 
 
 
254 aa  169  3e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
252 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.8 
 
 
252 aa  169  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0904  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
254 aa  169  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0346  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.63 
 
 
256 aa  169  4e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0244456  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
251 aa  168  7e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
267 aa  167  1e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.605436 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
250 aa  167  1e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
253 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
272 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  38.28 
 
 
272 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
257 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1861  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.49 
 
 
268 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651686  normal  0.848972 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
247 aa  166  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.53 
 
 
273 aa  165  5e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.19021  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5056  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.77 
 
 
249 aa  165  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  43.03 
 
 
253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 
253 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.66 
 
 
254 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0875  short chain dehydrogenase  43.85 
 
 
259 aa  164  9e-40  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0875261  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.9 
 
 
248 aa  164  9e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.82 
 
 
274 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138252  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
254 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  41.83 
 
 
250 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1425  short chain dehydrogenase  42.63 
 
 
253 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.857979  normal  0.357324 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4004  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
259 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.132038  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  42.29 
 
 
253 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0721  2-hydroxycyclohexanecarboxyl-CoA dehydrogenase  41.9 
 
 
255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.88 
 
 
268 aa  162  3e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.69 
 
 
246 aa  162  3e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.8 
 
 
267 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.75 
 
 
250 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.168106  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  41.83 
 
 
253 aa  162  7e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
269 aa  161  7e-39  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.86 
 
 
245 aa  161  8.000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
263 aa  161  9e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.609923  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
266 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4213  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
263 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000395  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  42.46 
 
 
252 aa  161  1e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.36672  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.06 
 
 
257 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
246 aa  160  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.19 
 
 
263 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
252 aa  160  1e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
250 aa  161  1e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3851  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.4 
 
 
256 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.575902  normal  0.466968 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.57 
 
 
255 aa  160  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0755029  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.04 
 
 
246 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
253 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.18 
 
 
246 aa  160  3e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1958  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.57 
 
 
251 aa  159  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.10898 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
265 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
250 aa  159  4e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.991261  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3499  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.34 
 
 
249 aa  159  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.330671  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.58 
 
 
252 aa  159  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.11 
 
 
260 aa  159  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
258 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0884  dehydrogenase  39.69 
 
 
257 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.89 
 
 
262 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1056  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  41.9 
 
 
254 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  43.03 
 
 
256 aa  158  6e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4407  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.27 
 
 
268 aa  158  6e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.78 
 
 
246 aa  158  6e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
258 aa  159  6e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.46 
 
 
251 aa  158  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
255 aa  159  6e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
272 aa  158  7e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.11 
 
 
259 aa  158  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
255 aa  158  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.23 
 
 
250 aa  157  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
250 aa  158  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7184  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.53 
 
 
249 aa  157  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
251 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  42.4 
 
 
252 aa  157  1e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3371  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
282 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.08 
 
 
248 aa  156  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
253 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.69 
 
 
264 aa  156  3e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.111652 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
253 aa  156  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.199274  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.17 
 
 
245 aa  156  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>