More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2715 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007794  Saro_1696  fumarate hydratase  77.9 
 
 		 458 aa  698    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397787  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2715  fumarate hydratase  100 
 
 		 464 aa  933    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.554775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3152  fumarate hydratase  73.64 
 
 		 471 aa  658    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2664  fumarate hydratase, class II  66.3 
 
 		 472 aa  595  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.613599  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2891  fumarate hydratase, class II  66.3 
 
 		 472 aa  595  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.104385 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2030  fumarate hydratase  67.32 
 
 		 472 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_002978  WD0492  fumarate hydratase  61.99 
 
 		 464 aa  585  1e-166  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.212311  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0695  fumarate hydratase, class II  67.46 
 
 		 469 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1095  fumarate hydratase, class II  67.24 
 
 		 469 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0144003 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1452  fumarate hydratase  62.77 
 
 		 465 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.315875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6106  fumarate hydratase  64.71 
 
 		 474 aa  582  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1908  fumarate hydratase  62.93 
 
 		 465 aa  580  1e-164  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.856676  normal  0.217565 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0192  fumarate hydratase  64.05 
 
 		 463 aa  575  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2786  fumarate hydratase, class II  66.09 
 
 		 472 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.347801 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4014  fumarate hydratase  65.36 
 
 		 475 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4521  fumarate hydratase, class II  66.38 
 
 		 469 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0283  fumarate hydratase, class II  64.13 
 
 		 468 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.136542 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2334  fumarate hydratase  63.3 
 
 		 465 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00667023  normal  0.148736 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3022  fumarate hydratase  63.12 
 
 		 463 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0174  fumarate hydratase  64.05 
 
 		 478 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000137978  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1279  fumarate hydratase  64.21 
 
 		 461 aa  570  1e-161  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2138  fumarate hydratase  62.77 
 
 		 464 aa  571  1e-161  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0721  fumarate hydratase  62.55 
 
 		 464 aa  571  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.764225 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08707  fumarate hydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02470)  60.04 
 
 		 544 aa  567  1e-160  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3360  fumarate hydratase  66.45 
 
 		 472 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0876882  normal  0.0135144 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1576  fumarate hydratase  62.55 
 
 		 482 aa  565  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0866386  normal  0.827447 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1667  fumarate hydratase  62.31 
 
 		 462 aa  562  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0452593 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0812  fumarate hydratase  63.2 
 
 		 464 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.661312 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2445  fumarate hydratase  60.78 
 
 		 466 aa  561  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.890321  normal  0.353648 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0637  fumarate hydratase  60.26 
 
 		 461 aa  561  1e-158  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.536555  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2353  fumarate hydratase  63.62 
 
 		 469 aa  561  1e-158  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.499046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2394  fumarate hydratase  60.3 
 
 		 462 aa  560  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344054  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0355  fumarate hydratase  63.56 
 
 		 463 aa  558  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0771995  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0376  fumarate hydratase  60.48 
 
 		 461 aa  557  1e-157  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2047  fumarate hydratase  62.2 
 
 		 474 aa  556  1e-157  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57514  normal  0.0269276 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4127  fumarate hydratase  61.82 
 
 		 461 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.221641 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3242  fumarate hydratase, class II  60.69 
 
 		 465 aa  554  1e-156  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4239  fumarate hydratase  61.82 
 
 		 461 aa  554  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2732  fumarate hydratase  63.99 
 
 		 471 aa  552  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_46735  predicted protein  64.02 
 
 		 458 aa  552  1e-156  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.344273  normal  0.29017 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2016  fumarate hydratase  61.47 
 
 		 463 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2237  fumarate hydratase  61.26 
 
 		 463 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.416397 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_74587  Fumarase converts fumaric acid to L-malic acid in the TCA cycle  59.44 
 
 		 492 aa  547  1e-154  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.595402 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0889  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.445127  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2882  fumarate hydratase  61.26 
 
 		 463 aa  542  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.405622  normal  0.452741 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0493  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006685  CNC01700  fumarate hydratase, putative  58.52 
 
 		 510 aa  543  1e-153  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2940  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00014001  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2515  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.324013  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3271  fumarate hydratase  63.64 
 
 		 472 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.126919  normal  0.943861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0149  fumarate hydratase  62.04 
 
 		 460 aa  541  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2826  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.841054  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1057  fumarate hydratase  62.96 
 
 		 463 aa  541  1e-153  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0259  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 464 aa  543  1e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389024  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2886  fumarate hydratase  62.28 
 
 		 631 aa  542  1e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.205063  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2655  fumarate hydratase  60.39 
 
 		 463 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0321342  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1731  fumarate hydratase, class II  62.09 
 
 		 464 aa  538  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.31099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1685  fumarate hydratase  61.42 
 
 		 464 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3367  fumarate hydratase  60.09 
 
 		 463 aa  538  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.328502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0795  fumarate hydratase  59.91 
 
 		 466 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00749677  normal  0.0712325 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0975  fumarate hydratase  63.17 
 
 		 463 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.526915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3661  fumarate hydratase  62.09 
 
 		 464 aa  537  1e-151  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.42486 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4665  fumarate hydratase  62.96 
 
 		 464 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0614895  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34880  fumarate hydratase  63.62 
 
 		 464 aa  538  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.143963  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85745  fumarase  58.7 
 
 		 463 aa  537  1e-151  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1491  fumarate hydratase  61.17 
 
 		 461 aa  536  1e-151  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0535004  normal  0.876261 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2040  fumarate hydratase  60.61 
 
 		 465 aa  532  1e-150  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.938947  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2522  fumarate hydratase  60.09 
 
 		 465 aa  532  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53220  fumarate hydratase  62.75 
 
 		 464 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.492085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4795  fumarate hydratase, class II  61.77 
 
 		 464 aa  531  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2077  fumarate hydratase  60.17 
 
 		 463 aa  529  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2731  fumarate hydratase, class II  58.79 
 
 		 471 aa  530  1e-149  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.799595  normal  0.207959 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3005  fumarate hydratase  59.35 
 
 		 464 aa  528  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2341  fumarate hydratase  60.17 
 
 		 465 aa  529  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3215  fumarate hydratase, class II  61.03 
 
 		 468 aa  528  1e-149  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587959  normal  0.482278 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2866  fumarate hydratase  59.35 
 
 		 463 aa  527  1e-148  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2137  fumarate hydratase  59.74 
 
 		 465 aa  526  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2471  fumarate hydratase  60.87 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0970  fumarate hydratase  60.34 
 
 		 464 aa  525  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0966  fumarate hydratase  60.78 
 
 		 464 aa  527  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.399399  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1686  fumarate hydratase  59.48 
 
 		 467 aa  527  1e-148  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.569967  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1755  fumarate hydratase  61.44 
 
 		 464 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.208528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2947  fumarate hydratase  61.42 
 
 		 466 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.271381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2279  fumarate hydratase  59.69 
 
 		 465 aa  521  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4203  fumarate hydratase  59.91 
 
 		 464 aa  524  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2270  fumarate hydratase  59.35 
 
 		 465 aa  521  1e-147  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1049  fumarate hydratase  60.13 
 
 		 464 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.994408  normal  0.827821 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0611  fumarate hydratase  60.13 
 
 		 464 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91536  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1832  fumarate hydratase  58.87 
 
 		 464 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.87946  hitchhiker  0.00222416 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1090  fumarate hydratase  60.13 
 
 		 464 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.316185  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1174  fumarate hydratase  58.17 
 
 		 462 aa  523  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.715277  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1657  fumarate hydratase  58.66 
 
 		 467 aa  519  1e-146  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000112707  normal  0.675256 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1985  fumarate hydratase  59.13 
 
 		 465 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2918  fumarate hydratase, class II  58.86 
 
 		 464 aa  519  1e-146  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3959  fumarate hydratase  61.22 
 
 		 464 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.283136  normal  0.0650903 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3201  fumarate hydratase, class II  59.08 
 
 		 464 aa  520  1e-146  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1346  fumarate hydratase  61 
 
 		 464 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1328  fumarate hydratase  56.02 
 
 		 469 aa  518  1e-146  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal  0.832729 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2046  fumarase  60.17 
 
 		 464 aa  518  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.687279 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1873  fumarate hydratase  59.35 
 
 		 465 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0104019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>