More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2115 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2115  amidohydrolase  100 
 
 
426 aa  852    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2823  amidohydrolase  71.26 
 
 
422 aa  614  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.750141  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0935  amidohydrolase  63.95 
 
 
428 aa  511  1e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.755972  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0533  amidohydrolase  49.53 
 
 
444 aa  366  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.200592  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3982  amidohydrolase  45.1 
 
 
445 aa  333  4e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  41.58 
 
 
430 aa  318  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  39.58 
 
 
431 aa  301  1e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2368  amidohydrolase  39.3 
 
 
441 aa  295  1e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  43.18 
 
 
405 aa  290  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1062  amidohydrolase  41.18 
 
 
426 aa  277  3e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.574986 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1826  Pro-Hyp dipeptidase  41.78 
 
 
426 aa  274  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1238  amidohydrolase  43.05 
 
 
444 aa  266  4e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0871897  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0913  amidohydrolase  40.79 
 
 
438 aa  256  6e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.887966  normal  0.946432 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0087  amidohydrolase  37.94 
 
 
423 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0161193  normal  0.19517 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13368  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  36.13 
 
 
426 aa  252  1e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.256749  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2719  amidohydrolase  40.26 
 
 
440 aa  246  4e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  37.97 
 
 
455 aa  242  9e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0626  amidohydrolase  39.74 
 
 
433 aa  239  8e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.151482 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0681  amidohydrolase  40 
 
 
432 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.312549  normal  0.59002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  35.2 
 
 
437 aa  231  2e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  36.56 
 
 
433 aa  231  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  38.41 
 
 
459 aa  230  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1348  putative Xaa-Pro dipeptidase  36.64 
 
 
434 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  35.61 
 
 
444 aa  226  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2318  amidohydrolase  34.46 
 
 
428 aa  224  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.246502  normal  0.0431533 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2466  amidohydrolase  38.98 
 
 
424 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.357249  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  34.98 
 
 
430 aa  220  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  34.35 
 
 
431 aa  219  7e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2716  amidohydrolase  36.22 
 
 
407 aa  218  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4188  amidohydrolase  37.77 
 
 
421 aa  217  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3728  amidohydrolase  36.65 
 
 
417 aa  217  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3715  amidohydrolase  36.65 
 
 
417 aa  217  4e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.355417  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3308  amidohydrolase  38.65 
 
 
419 aa  216  4e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.692035  normal  0.417277 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3788  amidohydrolase  36.65 
 
 
417 aa  217  4e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.463322  normal  0.142834 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  38.56 
 
 
423 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2978  amidohydrolase  38.5 
 
 
429 aa  214  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  36.66 
 
 
433 aa  212  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1408  amidohydrolase  37.81 
 
 
402 aa  208  2e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.321357  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3973  amidohydrolase  34.24 
 
 
409 aa  206  5e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4292  amidohydrolase  38.88 
 
 
402 aa  204  2e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.756284 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3368  amidohydrolase  36.52 
 
 
414 aa  201  1.9999999999999998e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.929128  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4215  amidohydrolase  35.21 
 
 
412 aa  200  5e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33185  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  33.25 
 
 
407 aa  197  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3761  amidohydrolase  35.19 
 
 
408 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.225154  normal  0.880819 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4565  amidohydrolase  34.62 
 
 
423 aa  197  4.0000000000000005e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.244661  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3749  amidohydrolase  35.19 
 
 
408 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.468026  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2437  amidohydrolase  34.46 
 
 
411 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.885711 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3822  amidohydrolase  35.19 
 
 
408 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2646  amidohydrolase  35.99 
 
 
407 aa  195  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2377  amidohydrolase  33.64 
 
 
421 aa  194  2e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.134161  normal  0.652305 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  38.13 
 
 
426 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2711  amidohydrolase  31.14 
 
 
400 aa  187  3e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.959959  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0432  amidohydrolase  32.3 
 
 
421 aa  186  7e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0479  amidohydrolase  32.16 
 
 
401 aa  184  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4855  amidohydrolase  32.92 
 
 
403 aa  183  6e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.165345  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3237  amidohydrolase  33.74 
 
 
404 aa  182  7e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.136124  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5037  amidohydrolase  33.76 
 
 
432 aa  180  4.999999999999999e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2646  amidohydrolase  34.24 
 
 
391 aa  179  9e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  32.06 
 
 
413 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  31.82 
 
 
413 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1867  amidohydrolase  34.54 
 
 
480 aa  176  8e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.445197  normal  0.594609 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2529  amidohydrolase  31.37 
 
 
419 aa  176  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.403539  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4994  amidohydrolase  32.54 
 
 
413 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.939807 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2089  amidohydrolase  32.28 
 
 
416 aa  172  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.608536  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2801  prolidase, putative  31.01 
 
 
419 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00617614  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2354  amidohydrolase  31.34 
 
 
420 aa  170  4e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0436  amidohydrolase  31.86 
 
 
417 aa  169  8e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3028  putative prolidase (Xaa-Pro dipeptidase)  31.98 
 
 
436 aa  169  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0496396  normal  0.0296694 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2362  amidohydrolase  31.5 
 
 
413 aa  167  4e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  30.84 
 
 
470 aa  166  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  28.78 
 
 
413 aa  166  9e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3137  amidohydrolase  29.57 
 
 
411 aa  166  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1130  amidohydrolase  31.58 
 
 
425 aa  165  1.0000000000000001e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.524947  normal  0.474819 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2932  amidohydrolase  29.05 
 
 
431 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4622  amidohydrolase  32.81 
 
 
405 aa  163  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1549  amidohydrolase  32.09 
 
 
413 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.64121  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  30.12 
 
 
443 aa  158  2e-37  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4194  amidohydrolase  29.98 
 
 
406 aa  158  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.268221  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4208  amidohydrolase  30.98 
 
 
391 aa  158  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.309856  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0890  amidohydrolase  33.17 
 
 
412 aa  157  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.559583  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2756  amidohydrolase  33.24 
 
 
403 aa  157  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0215724  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1852  imidazolonepropionase related amidohydrolase  34.03 
 
 
410 aa  155  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4081  amidohydrolase  32.13 
 
 
425 aa  154  4e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.709022 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0331  Imidazolonepropionase  33.01 
 
 
448 aa  154  4e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0545  amidohydrolase  33.69 
 
 
415 aa  153  5.9999999999999996e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2193  hypothetical protein  27.94 
 
 
412 aa  151  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0420  amidohydrolase  31.7 
 
 
418 aa  149  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01184  conserved hypothetical protein  27.49 
 
 
445 aa  148  2.0000000000000003e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0159  amidohydrolase  32.23 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5427  amidohydrolase  30.07 
 
 
432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.726254  normal  0.0808338 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1727  amidohydrolase  30.46 
 
 
486 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3650  amidohydrolase  33.25 
 
 
428 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1717  amidohydrolase  31.62 
 
 
407 aa  145  9e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2221  hypothetical protein  27.6 
 
 
412 aa  145  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4704  amidohydrolase  30.32 
 
 
424 aa  144  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0167174 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2450  amidohydrolase  29.59 
 
 
478 aa  143  6e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1893  amidohydrolase  32.08 
 
 
409 aa  142  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.342109 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1913  amidohydrolase  32.08 
 
 
409 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.406706  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1959  amidohydrolase  32.08 
 
 
409 aa  142  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1060  amidohydrolase  29.44 
 
 
438 aa  141  3e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000132044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>